Job Description P05804 Confidence 99.23% Date Thu Jan 5 10:58:55 GMT 2012 Rank 139 Aligned Residues 263 % Identity 19% Template d1cbga_ SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Family 1 of glycosyl hydrolase Resolution 2.15

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		309	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.						330	.	.	.	.															.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	L	M	V	H	D	H	A	L	M	D	W	I	G	A	N	S	Y	R	T	S	.	.	.	.	.	H	Y	P	Y	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	E	M	L	D	W	A	D	E	H	G	I	V	V	I	D	E	T	A	A	V	G	F	N	L	S	L	G	I	G	F	E	A	G	N
Query Conservation																							.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.
Template Conservation																																																																																.	.
Template Sequence		H	R	Y	K	E	D	I	G	I	M	K	D	M	N	L	D	A	Y	R	F	S	I	S	W	P	R	V	L	P	K	G	K	L	S	G	G	V	N	R	E	G	I	N	Y	Y	N	N	L	I	N	E	V	L	A	N	G	M	Q	P	Y	V	T	L	F	H	W	D	V	P	Q	A	L	E	D	E	Y	R	G	.	.
Template Known Secondary structure														T	T														S	T	T	S	S	G	G	G																				T	T									S	S			B									G	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Template SS confidence
		73	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150
		370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	P	K	E	L	Y	S	E	E	A	V	N	G	E	T	Q	Q	A	H	L	Q	A	I	K	E	L	I	A	R	D	K	N	H	P	S	V	V	M	W	S	I	A	N	E	P	D	T	R	P	Q	G	A	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	L	G	R	N	I	V	D	D	F	R	D	Y	A	E	L	C	F	K	E	F	G	D	R	V	K	.	.	H	W	I	T	L	N	E	P	W	G	V	S	M	N	A	Y	A	Y	G	T	F	A	P	G	R	C	S	D	W	L	K	L	N	C	T	G	G	D	S	G	R	E	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	S	T	T																	T	T	T			.	.																	T	S			S	T	T					G	G	G		S			S	S			T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.
Template SS confidence
											151	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.			.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.
													423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	Y	F	A	P	L	A	E	A	T	R	K	L	D	P	T	R	P	I	T	C	V	N	V	M	F	C	D	A	H	T	D	T	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	L	A	A	H	Y	Q	L	L	A	H	A	A	A	A	R	L	Y	K	T	K	Y	Q	A	S	Q	N	G	I	I	G	I	T	L	V	S	H	W	F	E	P	A	S	K	E	K	A	D	V	D	A	A	K	R	G	L	D	F	M	L	G	W	F	M	H	P	L	T	K	G	R	Y	P	E	S	M	R	Y	L	V
Template Known Secondary structure																							T																				S	S	S	S															T										S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																	457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	L	F	D	V	L	C	L	N	R	Y	Y	G	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	V	Q	S	G	D	L	E	T	A	E	K	V	L	E	K
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	K	R	L	P	K	F	S	T	E	E	S	K	E	L	T	G	S	F	D	F	L	G	L	N	Y	Y	S	S	Y	Y	A	A	K	A	P	R	I	P	N	A	R	P	A	I	Q	T	D	S	L	I	N	A	T	F	E	H	N	G	K	P	L	G	P	M	A	A	S	S	W	L	C	I	Y	P	Q	G	I	R	K
Template Known Secondary structure		G	G	G	S												T	T			S																			T	T									T						S			T	T			S	S		B		S	S	T	T		B			T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		488	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.		500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540					.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.
Predicted Secondary structure														.																																										.	.	.	.
Query SS confidence														.																																										.	.	.	.
Query Sequence		E	L	L	A	W	Q	E	K	L	H	Q	P	.	I	I	I	T	E	Y	G	V	D	T	L	A	G	L	H	S	M	Y	T	D	M	W	S	E	E	Y	Q	C	A	W	L	D	M	Y	H	R	V	F	D	R	V	.	.	.	.	S	A	V	V	G	E	Q	V	W	N	F	A	D	F	A	T	S	Q	G	I	L	R
Query Conservation														.																																										.	.	.	.
Alig confidence														.																																										.	.	.	.														.	.	.
Template Conservation																																																																									.	.	.
Template Sequence		L	L	L	Y	V	K	N	H	Y	N	N	P	V	I	Y	I	T	E	N	G	R	N	E	F	N	D	P	T	L	S	L	Q	E	S	L	L	D	T	P	R	I	D	Y	Y	Y	R	H	L	Y	Y	V	L	T	A	I	G	D	G	V	N	V	K	G	Y	F	A	W	S	L	F	D	.	.	.	N	M	E	W	D	S
Template Known Secondary structure										T	T																	T	T	S																												T	T									S		S	B		.	.	.				G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																																									.	.	.
Template SS confidence
		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450				.	.	.	.	.	.
		563	.	.	.	.	.	.	570	.							.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	G	G	N	K	K	G	I	F	.	.	.	.	.	.	T	R	D	R	K	P	K	S	A	A	F	L	L	Q	K	R
Query Conservation											.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	Y	T	V	R	F	G	L	V	F	V	D	F	K	N	N	L	K	R	H	P	K	L	S	A	H	W	F	K	S	F
Template Known Secondary structure		T	T	S					S					T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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