Job Description P05804 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:58:55 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 537 % Identity 23% Template c3obaA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:beta-galactosidase; PDBTitle: structure of the beta-galactosidase from kluyveromyces lactis Resolution 2.75 Å

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		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.			.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	60	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																					.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	V	E	T	P	T	R	E	I	K	K	L	D	G	L	W	A	F	S	L	D	R	E	N	C	G	I	D	Q	R	W	W	E	S	A	.	.	L	Q	E	S	R	A	I	A	V	P	G	S	F	N	D	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	A	D	A	D	I	R	N	Y
Query Conservation																																					.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																					.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	Y	Y	Y	D	Q	D	I	F	E	S	L	N	G	P	W	A	F	A	L	F	D	A	P	L	D	A	P	D	A	K	N	L	D	W	E	T	A	K	K	W	S	T	I	S	V	P	S	H	W	E	L	Q	E	D	W	K	Y	G	K	P	I	Y	T	N	V	Q	Y	P	I	P	I	D	I	P	N	P	P	T	V
Template Known Secondary structure							T	T	T														S	S	G	G	G	S			T	T	S							T	T	S						S			T	T	S	S	G	G	G	T	T							S	S	S		S	S			B	T	T	B			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		24	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.
		64	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.		.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
Predicted Secondary structure															.
Query SS confidence															.
Query Sequence		A	G	N	V	W	Y	Q	R	E	V	F	I	P	.	K	G	W	A	G	Q	R	I	V	L	R	F	D	A	V	T	H	Y	G	K	V	W	V	N	N	Q	E	V	M	E	H	Q	G	G	Y	T	P	F	E	A	D	V	T	P	Y	V	I	A	G	K	S	V	R	I	T	V	C	V	N	N	E	L	N	W	Q	T
Query Conservation															.
Alig confidence															.																																																		.
Template Conservation																																																																	.
Template Sequence		N	P	T	G	V	Y	A	R	T	F	E	L	D	S	K	S	I	E	S	F	E	H	R	L	R	F	E	G	V	D	N	C	Y	E	L	Y	V	N	G	Q	Y	V	G	F	N	K	G	S	R	N	G	A	E	F	D	I	Q	K	Y	V	S	E	G	.	E	N	L	V	V	V	K	V	F	K	W	S	D	S	T	Y
Template Known Secondary structure																												S				S							T	T									T	T	S							T	T	T			S		.										S			G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																																	.
Template SS confidence
		104	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.		.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.
		143	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180		.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.						.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.														.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.														.	.	.	.	.
Query Sequence		I	P	P	G	M	V	I	T	D	E	N	G	K	K	K	Q	S	Y	F	H	D	F	F	N	Y	A	G	I	H	R	S	V	M	L	Y	T	T	P	.	N	T	W	V	D	D	I	T	V	V	T	H	V	.	.	.	.	.	A	Q	D	C	N	H	A	S	V	D	W	Q	V	V	A	N	G	D	V	S	V	E	L
Query Conservation																																								.														.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.														.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	E	D	Q	D	Q	W	W	L	S	G	I	Y	R	D	V	S	L	L	K	L	P	K	K	A	H	I	E	D	V	R	V	T	T	T	F	V	D	S	Q	Y	Q	D	A	E	L	S	V	K	V	D	V	Q	G	S	S	Y	D	H	I	N	F	T	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	B			S									S									S	S													S	S	T	T			S												S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																		183	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.
																		217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.												.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.			.	260	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	D	A	D	Q	Q	V	V	A	T	G	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	S	G	T	L	Q	V	V	N	P	H	L	W	Q	P	G	E	G	Y	L	Y	E	L	C	V	T	A	K	S	.	.	Q	T	E	C	D	I	Y	P	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	E	P	E	D	G	S	K	V	Y	D	A	S	S	L	L	N	E	E	N	G	N	T	T	F	S	T	K	E	F	I	S	F	S	T	K	K	N	E	E	T	A	F	K	I	N	V	K	A	P	E	H	W	T	A	E	N	P	T	L	Y	K	Y	Q	L	D	L	I	G	S	D	G	S	V	I	Q	S	I	K	H
Template Known Secondary structure					B		T	T		B												S	S															T	T	S		S							S	S			B	B		S	S	S	B		B										T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		247	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.
		268	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	V	G	I	R	S	V	A	V	K	G	E	Q	F	L	I	N	H	K	P	F	Y	F	T	G	F	G	R	H	E	D	A	D	L	R	G	K	G	F	D	N	V	L	M	V	H	D	H	A	L	M	D	W	I	G	A	N	S	Y	R	T	S	H	Y	P	Y	A	E	E	M	L	D	W	A	D	E	H	G	I	V
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		H	V	G	F	R	Q	V	E	L	K	D	G	N	I	T	V	N	G	K	D	I	L	F	R	G	V	N	R	H	D	H	H	P	R	F	G	R	A	V	P	L	D	F	V	V	R	D	L	I	L	M	K	K	F	N	I	N	A	V	R	N	S	H	Y	P	N	H	P	K	V	Y	D	L	F	D	K	L	G	F	W
Template Known Secondary structure					B							T	T					T	T														B	T	T	T	B	T																	T	T							T	T	S				T	T									T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		327	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.
		348	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.											360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	I	D	E	T	A	A	V	G	F	N	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	G	I	G	F	E	A	G	N	K	P	K	E	L	Y	S	E	E	A	V	N	G	E	T	Q	Q	A	H	L	Q	A	I	K	E	L	I	A	R	D	K	N	H	P	S	V	V	M	W	S	I	A	N	E	P	D	T	R
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.
Template Conservation																																																																																	.
Template Sequence		V	I	D	E	A	D	L	E	T	H	G	V	Q	E	P	F	N	R	H	T	N	L	E	A	E	Y	P	D	T	K	N	K	L	Y	D	V	N	A	H	Y	L	S	D	N	P	E	Y	E	V	A	Y	L	D	R	A	S	Q	L	V	L	R	D	V	N	H	P	S	I	I	I	W	S	L	G	N	E	A	C	Y	.
Template Known Secondary structure							S		B		G	G	G	G							T	T						T	T	T	T					T	T	T	G	G	G	T	T	T		G	G	G																T	T		T	T								B	S				.
Template Predicted Secondary structure																																																																																	.
Template SS confidence
		407	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.
		418	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	Q	G	A	R	E	Y	F	A	P	L	A	E	A	T	R	K	L	D	P	T	R	P	I	T	C	V	N	V	M	F	C	D	A	H	T	D	T	I	S	D	L	F	D	V	L	C	L	N	R	Y	Y	G	W	Y	V	Q	S	G	D	L	E	T	A	E	K	V	L	E	K	E	L	L	A	W	Q	E	K	L	H
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	G	R	N	H	K	A	M	Y	K	L	I	K	Q	L	D	P	T	R	L	V	H	Y	E	G	D	L	N	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	S	A	D	I	F	S	F	M	Y	P	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	E	I	M	E	R	W	R	K	N	H	T	D	E	N	G	K	F	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.																T	T	S					T	T		T	T		T	.	.	.	.	.	.	.	.	T		S	S					S			.	.	.	.	.	.	.	.	.												B		T	T	S		B	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
						486	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.									.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.										.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.
		498	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	P	I	I	I	T	E	Y	G	V	D	T	L	A	G	L	H	S	M	Y	T	D	M	W	S	E	E	Y	Q	C	A	W	L	D	M	Y	H	R	V	F	D	R	V	S	A	V	V	G	E	Q	V	W	N	F	A	D	F	A	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	P	L	I	L	C	E	Y	G	.	.	.	.	.	.	.	H	A	M	G	N	G	P	G	S	.	.	.	.	.	.	.	L	K	E	Y	Q	E	L	F	Y	K	E	K	F	Y	Q	G	G	F	I	W	E	W	A	N	H	G	I	E	F	E	D	V	S	T	A	D	G	K	L	H	K	A	Y	A	Y	G	G	D
Template Known Secondary structure		S								S	.	.	.	.	.	.	.				S	S					.	.	.	.	.	.	.												T	T							S		S	B											T	T	T	S	S								T	T	T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		545	.	.	.	.	550	.	.	.								.	.	.	.	.	.	560	.	.								.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610
				558	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.
Query SS confidence		.	.
Query Sequence		.	.	Q	G	I	L	R	V	G	G	N	K	K	G	I	F	T	R	D	R	K	P	K	S	A	A	F	L	L	Q	K	R	W	T	G	M	N	F
Query Conservation		.	.
Alig confidence		.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	K	E	E	V	H	D	G	V	F	I	M	D	G	L	C	N	S	E	H	N	P	T	P	G	L	V	E	Y	K	K	V	I	E	P	V	H	I
Template Known Secondary structure		T			S	S			G	G	G	G				S	B		T	T	S		B											T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		611	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.