Job Description P05804 Confidence 98.15% Date Thu Jan 5 10:58:55 GMT 2012 Rank 151 Aligned Residues 235 % Identity 20% Template c3fw6A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:cellulase; PDBTitle: crystal structure of celm2, a bifunctional glucanase-2 xylanase protein from a metagenome library Resolution 2.30 Å

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		315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	A	L	M	D	W	I	G	A	N	S	Y	R	T	S	H	Y	P	Y	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	E	M	L	D	W	A	D	E	H	G	I	V	V	I	D	E	T	A	A	V	G	F	N	L	S	L	G
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.
Template Sequence		T	A	T	L	A	D	L	N	V	P	L	H	R	Y	.	G	G	N	N	T	S	R	Y	N	W	Q	L	N	A	D	N	R	G	A	D	W	Y	F	E	S	I	G	E	A	S	S	V	A	G	E	R	G	D	T	F	I	A	N	S	Q	A	A	G	A	Q	A	M	I	T	I	P	T	I	G	W	V	A	R	L	G
Template Known Secondary structure								T	T							.		S	G	G	G	G	G		B	T	T	T	T					G	G	G	T	T	T						S			S	T	T												T	T	T										S	S						B
Template Predicted Secondary structure																.
Template SS confidence
		60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.		.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.
		363	.	.																																		.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	G	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	G	N	K	P	K	E	L	Y	S	E	E	A	V	N	G	E	T	Q	Q	A	H	L	Q	A	I	K	E	L	I	A	R	D	K	N	H	P	S	V	V	M	W	S
Query Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.
Template Conservation																																																																												.
Template Sequence		A	N	R	S	K	L	A	S	F	S	I	A	K	Y	G	A	Q	S	G	N	D	W	Q	W	F	P	D	A	G	N	G	V	L	T	S	G	Q	N	V	T	G	N	N	P	N	D	A	N	T	L	V	D	S	T	F	Q	Q	G	W	A	Q	H	L	V	S	Q	W	G	T	A	A	G	G	G	.	L	R	Y	Y	I
Template Known Secondary structure		G	G	G	B				T	T	B							B	S				T	T	T							S	B	B	T	T	S		B			S			G	G	G	T																							T	T	T	T	S	.
Template Predicted Secondary structure																																																																												.
Template SS confidence
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.		.	.	.	.	.
		410	.	.	.	.	.	.														.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	A	N	E	P	D	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	P	Q	G	A	R	E	Y	F	A	P	L	A	E	A	T	R	K	L	D	P	T	R	P	I	T	C	V	N	V	M	F	C	D	A	H	T	D	T	I	S	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	D	N	E	P	S	I	W	F	S	T	H	R	D	V	H	P	V	G	P	T	M	D	E	I	R	D	K	M	L	D	Y	G	A	K	I	K	T	V	D	P	S	A	L	I	V	G	P	E	E	W	G	W	S	G	Y	T	L	S	G	Y	D	Q	Q	Y	G	G	L	H	G	W	S	F	M	P	D	R	N	N	H
Template Known Secondary structure				S		G	G	G					T	T	T	T			S																							T	T	S									S	T					S													S	S							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		218	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
																									459	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	F	D	V	L	C	L	N	R	Y	Y	G	W	Y	V	Q	S	G	D	L	E	T	A	E	K	V	L	E	K	E	L	L	A	W	Q	E	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	G	W	D	Y	L	P	W	L	L	D	Q	L	R	Q	N	N	L	S	T	G	R	R	L	L	D	V	F	S	V	H	Y	Y	P	Q	G	G	E	F	G	N	D	T	S	S	A	M	Q	L	R	R	N	R	S	T	R	S	L	W	D	P	N	Y	I	D	E	T	W	I	N	D	K	V	Q	L	I	P	R	L	K
Template Known Secondary structure		T	T																			S														S	S	S		S	S	S														G	G	G	G	T		T	T				S	S	T	T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
									496	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	L	H	Q	P	I	I	I	T	E	Y	G	V	D	T	L	A	G	L	H	S	M	Y	T	D	M	W	S	E	E	Y	Q	C	A	W	L	D	M	Y	H	R	V	F	D	R	V	S	A	V	V	G	E	Q	V	W	N	F	A	D	F	A	T	S	Q	G	I	L	R	V	G	G	N	K	K
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	W	V	S	T	Y	Y	P	G	T	L	T	A	I	T	E	Y	N	W	G	A	E	S	H	I	N	.	.	.	.	.	.	.	G	A	T	T	Q	A	D	I	L	G	I	F	G	R	E	.	.	.	.	.	G	L	D	M	A	A	R	W	T	T	P	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								S	T	T											S		T	T	S			.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	T							S	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.								.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.						.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430
		569	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	I	F	T	R	D	R	K	P	K	S	A	A	F	L	L	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	T	A	T	P	T	Y	K	A	I	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
									431	.	.	.	.	.	.	.	.	440

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
© Structural Bioinformatics Group, Imperial College, London Lawrence Kelley, Benjamin Jefferys   Disclaimer Terms and Conditions