Job Description P05804 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:58:55 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 525 % Identity 23% Template c3bgaB_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:beta-galactosidase; PDBTitle: crystal structure of beta-galactosidase from bacteroides2 thetaiotaomicron vpi-5482 Resolution 2.10 Å

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		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.			.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.
Predicted Secondary structure																																	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	P	T	R	E	I	K	K	L	D	G	L	W	A	F	S	L	D	R	E	N	C	G	I	D	Q	R	W	W	E	S	.	.	A	L	Q	E	S	R	A	I	A	V	P	G	S	F	N	D	Q	F	A	D	A	D	I	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	Q	S	P	Y	Y	X	S	L	N	G	K	W	K	F	N	W	V	K	N	P	D	N	R	P	K	D	F	Y	Q	P	S	Y	Y	T	G	G	W	A	D	I	N	V	P	G	N	W	E	R	Q	G	Y	G	T	A	I	Y	V	N	E	T	Y	E	F	D	D	K	X	F	N	F	K	K	N	P	P	L	V	P	F
Template Known Secondary structure		G	G	S	T	T															S	G	G	G	S		G	G	G	G	S	T	T	S			T	T	S						S	S		G	G	G	G	T		S						S	S	S		T	T	S	S	G	G	G	T				B	T	T	B			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		63	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
		62	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	Y	A	G	N	V	W	Y	Q	R	E	V	F	I	P	K	G	W	A	G	Q	R	I	V	L	R	F	D	A	V	T	H	Y	G	K	V	W	V	N	N	Q	E	V	M	E	H	Q	G	G	Y	T	P	F	E	A	D	V	T	P	Y	V	I	A	G	K	S	V	R	I	T	V	C	V	N	N	E	L	N	W	Q
Query Conservation
Alig confidence																																																																		.
Template Conservation																																																																		.
Template Sequence		A	E	N	E	V	G	S	Y	R	R	T	F	K	V	P	A	D	W	K	G	R	R	V	V	L	C	C	E	G	V	I	S	F	Y	Y	V	W	V	N	G	K	L	L	G	Y	N	Q	G	S	K	T	A	A	E	W	D	I	T	D	V	L	S	E	G	.	E	N	V	V	A	L	E	V	Y	R	W	S	S	G	A
Template Known Secondary structure		T	T														G	G	G	T	T	S							S				S							T	T									S	S	S							G	G	G			S	S	.										S			G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																																		.
Template SS confidence
		143	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.		.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.
		142	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.				.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210					.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.																.	.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.																.	.	.	.
Query Sequence		T	I	P	P	G	M	V	I	T	D	E	N	G	K	K	K	Q	S	Y	F	H	D	F	F	N	Y	A	G	I	H	R	S	V	M	L	Y	T	T	P	N	T	W	V	D	D	I	T	V	V	T	H	V	A	Q	.	.	.	D	C	N	H	A	S	V	D	W	Q	V	V	A	N	G	.	.	.	.	D	V	S	V
Query Conservation																																																								.	.	.																.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.																.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	E	C	Q	D	X	W	R	L	S	G	I	E	R	D	V	Y	L	Y	S	T	P	K	Q	Y	I	A	D	Y	K	V	S	A	S	L	D	K	E	K	Y	K	E	G	I	F	N	L	E	V	T	V	E	G	P	S	A	T	A	S	S	I	A	Y
Template Known Secondary structure		G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	B			S									S									S	S													T	T	T	S		S											S			S	S
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		222																	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.
		215	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.												.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.			.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.
Query Sequence		E	L	R	D	A	D	Q	Q	V	V	A	T	G	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	S	G	T	L	Q	V	V	N	P	H	L	W	Q	P	G	E	G	Y	L	Y	E	L	C	V	T	A	K	S	.	.	Q	T	E	C	D	I	Y	P	L	R	V	G	I	R	S	V	A	V	K	G	E	Q	F
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	L	K	D	A	S	G	K	A	V	L	Q	D	A	I	N	I	K	S	R	G	L	S	N	F	I	A	F	D	E	K	K	I	A	E	V	K	A	W	N	A	E	H	P	N	L	Y	T	L	V	L	E	L	K	D	A	Q	G	K	V	T	E	L	T	G	C	E	V	G	F	R	T	S	E	I	K	D	G	R	F
Template Known Secondary structure						T	T	S													S	S	S												T	T			B	B		S	S	S	B												T	T	S												B							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		286	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
		282	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	I	N	H	K	P	F	Y	F	T	G	F	G	R	H	E	D	A	D	L	R	G	K	G	F	D	N	V	L	M	V	H	D	H	A	L	M	D	W	I	G	A	N	S	Y	R	T	S	H	Y	P	Y	A	E	E	M	L	D	W	A	D	E	H	G	I	V	V	I	D	E	T	A	A	V	G	F	N	L	S	L
Query Conservation
Alig confidence																		.
Template Conservation																		.
Template Sequence		C	I	N	G	V	P	V	L	V	K	G	T	N	R	H	E	.	H	S	Q	L	G	R	T	V	S	K	E	L	X	E	Q	D	I	R	L	X	K	Q	H	N	I	N	X	V	R	N	S	H	Y	P	T	H	P	Y	W	Y	Q	L	C	D	R	Y	G	L	Y	X	I	D	E	A	N	I	E	S	H	G	X	G	Y
Template Known Secondary structure				T	T													.		B	T	T	B	S																	T	T							T	T	S														T								S		B		G	G	G		S
Template Predicted Secondary structure																		.
Template SS confidence
		366	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.		.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.
		362	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	I	G	F	E	A	G	N	K	P	K	E	L	Y	S	E	E	A	V	N	G	E	T	Q	Q	A	H	L	Q	A	I	K	E	L	I	A	R	D	K	N	H	P	S	V	V	M	W	S	I	A	N	E	P	D	T	R	P	Q	G	A	R	E	Y	F	A	P	L	A	E	A	T	R	K	L	D	P	T	R	P	I
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.
Template Sequence		G	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	S	L	A	K	D	S	T	W	L	T	A	H	X	D	R	T	H	R	X	Y	E	R	S	K	N	H	P	A	I	V	I	W	S	Q	G	N	E	A	G	N	.	.	.	.	.	G	I	N	F	E	R	T	Y	D	W	L	K	S	V	E	K	G	R	P	V
Template Known Secondary structure		S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T		T	T	T		G	G	G																T	T		T	T								S	S	S			.	.	.	.	.	S															S	S	S
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.
Template SS confidence
		445	.													.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.						.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.
		442	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	C	V	N	V	M	F	C	D	A	H	T	D	T	I	S	D	L	F	D	V	L	C	L	N	R	Y	Y	G	W	Y	V	Q	S	G	D	L	E	T	A	E	K	V	L	E	K	E	L	L	A	W	Q	E	K	L	H	Q	P	I	I	I	T	E	Y	G	V	D	T	L	A	G	L	H	S	M	Y	T	D	M	W
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.													.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.													.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	Y	E	R	A	E	L	N	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	N	T	D	I	Y	C	R	X	Y	R	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	D	E	I	K	A	Y	V	G	K	K	.	.	D	I	Y	R	P	F	I	L	C	E	Y	L	.	.	.	.	.	.	.	H	A	X	G	N	S	C	G
Template Known Secondary structure				G	G	G	T	T	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	S		S	S	B			T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	S	T	.	.	T			S								S	.	.	.	.	.	.	.				S	S			T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.													.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		508	.	510	.	.	.	.	.	.									.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.													.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.			.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550								.	.	.	.	.	.	.	.
		522	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	E	E	Y	Q	C	A	W	L	D	M	Y	H	R	V	F	D	R	V	S	A	V	V	G	E	Q	V	W	N	F	A	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	A	T	S	Q	G	I	L	R	V	G	G	N	K	K	G	I	F	T	R	D	R	K	P	K	S	A	A	F
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	.	.	.	.	.	.	.	X	K	E	Y	W	E	V	F	E	N	E	P	X	A	Q	G	G	C	I	W	D	W	V	D	Q	N	F	R	E	I	D	K	D	G	K	W	Y	W	T	Y	G	G	D	Y	G	P	E	G	I	P	S	F	G	N	F	C	G	N	G	L	V	N	A	V	R	E	P	H	P	H	L	L
Template Known Secondary structure		T	.	.	.	.	.	.	.												T	T							S		S	B									T	T	S							T	T	S	S	S	S	T	T			B		G	G	G	G				S	B		T	T			B
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		559								560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.
		583	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	L	Q	K	R	W	T	G	M	N	F	G	E	K	P	Q	Q	G	G	K
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	V	K	K	I	Y	Q	N	I	K	A	T	L	S	D	R	K	N	L	K
Template Known Secondary structure									S								T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		632	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.