Job Description P05804 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:58:55 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 534 % Identity 18% Template c2je8B_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:beta-mannosidase; PDBTitle: structure of a beta-mannosidase from bacteroides2 thetaiotaomicron Resolution 1.7 Å

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		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.															.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	R	E	I	K	K	L	D	G	L	W	A	F	S	L	D	R	E	N	C	G	I	D	Q	R	W	W	E	S	A	L	Q	E	S	R	A	I	A	V	P	G	S	F	N	D	Q	F	A	D	A	D	I	R	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	A	G	N	V	W	Y	Q	R	E	V	F
Query Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	S	E	V	M	L	L	D	T	G	W	E	F	S	Q	S	G	T	E	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	M	P	A	T	V	P	G	T	V	H	Q	D	L	I	S	H	E	L	L	P	N	P	F	Y	G	M	N	E	K	K	I	Q	W	V	E	N	E	D	W	E	Y	R	T	S	F	I
Template Known Secondary structure		S								S	S						T	T	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						S	S										T	T	S	S			T	T	S	T	T	T	T	G	G	G	G	G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.														50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.
		75	.	.	.	.	80	.	.		.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.															.	.	.
Predicted Secondary structure										.																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	P	K	G	W	A	G	Q	.	R	I	V	L	R	F	D	A	V	T	H	Y	G	K	V	W	V	N	N	Q	E	V	M	E	H	Q	G	G	Y	T	P	F	E	A	D	V	T	P	Y	V	I	A	G	K	S	V	R	I	T	V	C	V	N	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	N
Query Conservation										.																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.																																												.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																						.
Template Sequence		V	S	E	E	Q	L	N	R	D	G	I	Q	L	I	F	E	G	L	D	T	Y	A	D	V	Y	L	N	G	S	L	L	L	K	A	D	N	M	F	V	G	Y	T	L	P	V	K	S	V	L	R	K	G	.	E	N	H	L	Y	I	Y	F	H	S	P	I	R	Q	T	L	P	Q	Y	A	S	N	G	F	N	Y	P
Template Known Secondary structure								T	S	S							S				S							T	T								B	T	T								G	G	G			S		.																							S	S
Template Predicted Secondary structure																																																						.
Template SS confidence
		97	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.		.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.
		140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.				.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.		.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210
Predicted Secondary structure																											.	.	.																												.																				.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.																												.																				.	.	.	.	.
Query Sequence		W	Q	T	I	P	P	G	M	V	I	T	D	E	N	G	K	K	K	Q	S	Y	F	H	D	F	.	.	.	F	N	Y	A	G	I	H	R	S	V	M	L	Y	T	T	P	N	T	W	V	D	D	I	T	V	V	T	.	H	V	A	Q	D	C	N	H	A	S	V	D	W	Q	V	V	A	N	G	.	.	.	.	.
Query Conservation																											.	.	.																												.																				.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.																												.																				.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	D	N	D	H	H	E	K	H	L	S	V	F	S	R	K	A	P	Y	S	Y	G	W	D	W	G	I	R	M	V	T	S	G	V	W	R	P	V	T	L	R	F	Y	D	I	A	T	I	S	D	Y	Y	V	R	Q	L	S	L	T	D	E	N	A	R	L	S	N	E	L	I	V	N	Q	I	V	P	Q	K	I	P
Template Known Secondary structure			T	T	S		S	S	S		G	G	G	G	S	B	S		G	G	G	G		B	T	T	B										S								S	S															S	S														S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		176	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.
			211	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.										.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.				.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.		.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.															.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.													.
Query SS confidence		.															.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.													.
Query Sequence		.	D	V	S	V	E	L	R	D	A	D	Q	Q	V	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	T	G	Q	G	T	S	G	T	L	Q	V	V	N	P	H	L	W	Q	P	.	.	.	G	E	G	Y	L	Y	E	L	C	V	T	A	.	K	S	Q	T	E	C	D	I	Y	P	L	R	V	G	I	R	S	V	A	V
Query Conservation		.															.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.													.
Alig confidence		.															.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.													.
Template Conservation
Template Sequence		A	E	V	R	V	N	V	S	L	N	G	T	T	V	T	E	V	K	Q	Q	V	T	L	Q	P	G	I	N	H	I	T	L	P	A	E	V	T	N	P	V	R	W	M	P	N	G	W	G	T	P	T	L	Y	D	F	S	A	Q	I	A	C	G	D	R	I	V	A	E	Q	S	H	R	I	G	L	R	T	I	R	V
Template Known Secondary structure											T	T														S													S				B			T	T	S	S		B												T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		256	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.
		277	.	.	280									.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.			.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.
Query Sequence		K	G	E	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	F	L	I	N	H	K	P	F	Y	F	T	G	F	G	R	H	E	D	A	D	L	R	G	K	G	F	D	N	V	L	M	V	H	D	H	A	L	M	D	W	I	G	A	N	S	Y	R	T	.	.	S	H	Y	P	Y	A	E	E	M	L	D	W	A	D	E	H	G	I
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.																								.																									.	.
Template Conservation																																					.
Template Sequence		V	N	E	K	D	K	D	G	E	S	F	Y	F	E	V	N	G	I	P	M	F	A	K	G	A	N	Y	I	P	Q	D	A	L	L	P	.	N	V	T	T	E	R	Y	Q	T	L	F	R	D	M	K	E	A	N	M	N	M	V	R	I	W	G	G	G	T	Y	E	N	N	L	F	Y	D	L	A	D	E	N	G	I
Template Known Secondary structure							T	T									T	T													S		S	S	G	G	.	G																T	T								T	T	S															T
Template Predicted Secondary structure																																					.
Template SS confidence
		336	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370		.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420
Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																												.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	V	I	D	E	T	A	A	V	G	F	N	L	S	L	G	I	G	F	E	A	G	N	K	P	K	E	L	Y	S	E	E	A	V	N	G	E	T	Q	Q	A	H	L	Q	A	I	K	E	L	I	A	R	D	K	N	H	P	S	V	V	M	W	S	I	A	N	E	P	D	T	R	P	Q	G	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																												.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	V	W	Q	D	F	M	F	A	C	T	P	Y	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	P	T	F	L	K	R	V	E	A	E	A	V	Y	N	I	R	R	L	R	N	H	A	S	L	A	M	W	C	G	N	N	E	I	L	E	A	L	K	Y	W	G	F	E	K	K
Template Known Secondary structure								S		B	S	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					T	T		T	T						S		B	S								S			T	T	S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		415	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.
															421	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	R	E	Y	F	A	P	L	A	E	A	T	R	K	L	D	P	T	R	P	I	T	C	V	N	V	M	F	C	D	A	H	T	D	T	I	S	D	L	F	D	V	L	C	L	N	R	Y	Y	G	W	Y	V	Q	S	G	D	L	E	T	A	E	K	V	L	E	K
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																												.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	T	P	E	V	Y	Q	G	L	M	H	G	Y	D	K	L	F	R	E	L	L	P	S	T	V	K	E	F	D	S	D	R	F	Y	V	H	S	S	P	Y	L	A	N	W	G	R	P	E	S	W	G	T	G	D	S	H	N	W	G	V	W	Y	G	K	K	P	F	E	S	L	D	T	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S																	T	T											T	T	S				S	S	B	S	S	S			T	T		G	G	G	T	T	B	S						T	T	T	T	T				T	T					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		476	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.
		488	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.																																													.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	L	L	A	W	Q	E	K	L	H	Q	P	I	I	I	T	E	Y	G	V	D	T	L	A	G	L	H	S	M	Y	T	D	M	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	E
Query Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	P	R	F	M	S	E	F	G	F	Q	S	F	P	E	M	K	T	I	A	A	F	A	A	P	E	D	Y	Q	I	E	S	E	V	M	N	A	H	Q	K	S	S	I	G	N	S	L	I	R	T	Y	M	E	R	D	Y	I	I	P	E	S	F	E	D	F	V	Y	V	G	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	S			S	S								B													G	G	G		S	T	T	S						T	B		S	S	S													S				S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
											548	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.
		524	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.		540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.
Predicted Secondary structure																		.
Query SS confidence																		.
Query Sequence		E	Y	Q	C	A	W	L	D	M	Y	H	R	V	F	D	R	.	V	S	A	V	V	G	E	Q	V	W	N	F	A	D	F	A	T	S	Q	G	I	L	R	V	G	G	N	K	K	G	I	F	T	R	D	R	K	P	K	S	A	A	F	L	L	Q	K	R	W	T	G	M	N	F	G	E	K	P	Q	Q	G	G
Query Conservation																		.
Alig confidence																		.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	L	Q	G	Q	G	M	R	H	G	L	E	A	H	R	R	N	R	P	Y	C	M	G	T	L	Y	W	Q	L	N	D	S	W	P	V	V	S	W	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	I	D	Y	Y	G	N	W	K	A	L	H	Y	Q	A	K	R	A	F	A	P	V	L	I	N	P	I	Q	Q	N	D	S
Template Known Secondary structure																		T	T	T	T							S		S			S	S	S		B	B	S	.	.	.	.	.	.	.	.		S	B		T	T			B											T		S									T	T
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		619	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.									.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.