Job Description P05804 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:58:55 GMT 2012 Rank 10 Aligned Residues 543 % Identity 26% Template c1yq2C_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: C: PDB Molecule:beta-galactosidase; PDBTitle: beta-galactosidase from arthrobacter sp. c2-2 (isoenzyme c2-2 2-1) Resolution 1.90 Å

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		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.															.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	P	V	E	T	P	T	R	E	I	K	K	L	D	G	L	W	A	F	S	L	D	R	E	N	C	G	I	D	Q	R	W	W	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	A	L	Q	E	S	R	A	I	A	V	P	G	S	F	N	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	S	W	L	H	S	D	A	P	A	L	S	L	N	G	D	W	R	F	R	L	L	P	A	A	P	G	T	A	G	A	G	S	V	L	P	S	G	E	T	V	E	G	V	A	A	E	S	Y	D	D	A	A	W	D	T	L	P	V	P	S	H	W	V	M	G	Q	D	G	K	Y	G	R	P	I	Y	T	N	V	Q
Template Known Secondary structure									S															S	S		T	T	S	G	G	G	T	T		S		T	T			T	T	G	G	G	S	T	T				T	T							S	S		T	T	S	S	S	T	T	T	T							S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		23	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.
					54	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.				80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.																											.	.	.
Query SS confidence		.	.	.																											.	.	.
Query Sequence		.	.	.	Q	F	A	D	A	D	I	R	N	Y	A	G	N	V	W	Y	Q	R	E	V	F	I	P	K	G	W	.	.	.	A	G	Q	R	I	V	L	R	F	D	A	V	T	H	Y	G	K	V	W	V	N	N	Q	E	V	M	E	H	Q	G	G	Y	T	P	F	E	A	D	V	T	P	Y	V	I	A	G	K	S
Query Conservation		.	.	.																											.	.	.
Alig confidence		.	.	.																											.	.	.																																															.
Template Conservation																																																																																.
Template Sequence		Y	P	F	P	I	D	P	P	H	V	P	D	A	N	P	T	G	D	F	R	R	R	F	D	V	P	A	Q	W	F	E	S	T	T	A	A	L	T	L	R	F	D	G	V	E	S	R	Y	K	V	W	V	N	G	Q	E	I	G	V	G	S	G	S	R	L	A	Q	E	F	D	V	S	D	A	L	R	A	G	.	S
Template Known Secondary structure			S	S		S		T	T				S															G	G	G	G	S	T	T									S				S							T	T									T	T	S							T	T	T			S		.
Template Predicted Secondary structure																																																																																.
Template SS confidence
		103	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180		.
		128	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	R	I	T	V	C	V	N	N	E	L	N	W	Q	T	I	P	P	G	M	V	I	T	D	E	N	G	K	K	K	Q	S	Y	F	H	D	F	F	N	Y	A	G	I	H	R	S	V	M	L	Y	T	T	P	N	T	W	V	D	D	I	T	V	V	T	H	V	A	Q	D	C	N	H	A	S	V	D	W	Q	V	V
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	L	L	V	V	R	V	H	Q	W	S	A	A	S	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	E	D	Q	D	Q	W	W	L	P	G	I	F	R	D	V	T	L	Q	A	R	P	A	G	G	I	T	D	A	W	L	R	T	G	W	S	A	R	S	G	A	G	T	G	T	I	D	P	E
Template Known Secondary structure										S	S		G	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	B			S									S									T	T															S	T	T
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.
							208	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	A	N	G	D	V	S	V	E	L	R	D	A	D	Q	Q	V	V	A	T	G	Q	G	T	S	G	T	L	Q	V	V	N	P	H	L	W	Q	P	G	E	G	Y	L	Y	E	L	C	V	T	A	K	S	Q	T	E	C	D	I	Y	P	L	R	V	G	I	R	S	V	A	V	K	G	E	Q	F	L
Query Conservation		.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.
Template Conservation																																																										.	.	.	.
Template Sequence		I	T	A	D	A	T	A	F	P	V	T	L	S	V	P	E	L	G	V	N	V	T	W	K	S	A	E	E	V	A	P	L	A	L	E	N	V	E	P	W	S	A	E	V	P	R	L	Y	E	A	S	V	S	S	A	A	.	.	.	.	E	S	I	S	V	R	L	G	F	R	T	V	R	I	V	G	D	Q	F	L
Template Known Secondary structure						G	G	G		S						G	G	G	T						S	S	G	G	G							S	S				B		S	S	S	B										S	S	.	.	.	.																T	T
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.
Template SS confidence
		246	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.					.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
		283	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	N	H	K	P	F	Y	F	T	G	F	G	R	H	E	D	A	D	L	R	G	K	G	F	D	N	V	L	M	V	H	D	H	A	L	M	D	W	I	G	A	N	S	Y	R	T	S	H	Y	P	Y	A	E	E	M	L	D	W	A	D	E	H	G	I	V	V	I	D	E	T	A	A	V	G	F	N	L	S	L	G
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V	N	G	R	R	V	V	F	H	G	V	N	R	H	E	T	H	P	D	R	G	R	V	F	D	E	A	G	A	R	E	D	L	A	L	M	K	R	F	N	V	N	A	I	R	T	S	H	Y	P	P	H	P	R	L	L	D	L	A	D	E	M	G	F	W	V	I	L	E	C	D	L	E	T	H	G	F	E	A	G
Template Known Secondary structure			T	T															T	T	T	T	T																	T	T							T	T	S				T										T								S		B		G	G	G	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.
		363	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	G	F	E	A	G	N	K	P	K	E	L	Y	S	E	E	A	V	N	G	E	T	Q	Q	A	H	L	Q	A	I	K	E	L	I	A	R	D	K	N	H	P	S	V	V	M	W	S	I	A	N	E	P	D	T	R	P	Q	G	A	R	E	Y	F	A	P	L	A	E	A	T	R	K	L	D	P	T	R	P	I	T
Query Conservation
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.
Template Sequence		G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	V	E	N	P	S	D	V	P	A	W	R	D	A	L	V	D	R	M	E	R	T	V	E	R	D	K	N	H	P	S	I	V	M	W	S	L	G	N	E	S	G	T	.	.	.	.	.	G	S	N	L	A	A	M	A	A	W	A	H	A	R	D	S	S	R	P	V	H
Template Known Secondary structure		T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T		G	G	G		G	G	G																T	T		T	T								S	S				.	.	.	.	.																T	T	S
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.
Template SS confidence
		402											.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.						.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.
		443	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.		470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.
Predicted Secondary structure																													.
Query SS confidence																													.
Query Sequence		C	V	N	V	M	F	C	D	A	H	T	D	T	I	S	D	L	F	D	V	L	C	L	N	R	Y	Y	.	G	W	Y	V	Q	S	G	D	L	E	T	A	E	K	V	L	E	K	E	L	L	A	W	Q	E	K	L	H	Q	P	I	I	I	T	E	Y	G	V	D	T	L	A	G	L	H	S	M	Y	T	D	M	W
Query Conservation																													.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.																	.																																						.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.																																																							.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	E	G	.	.	.	.	.	.	.	.	D	Y	T	G	A	Y	T	D	V	Y	S	R	M	Y	S	S	I	P	E	T	D	S	I	G	R	N	D	S	H	A	L	L	L	G	C	D	S	A	E	S	A	R	Q	R	T	K	P	F	I	L	C	E	Y	V	.	.	.	.	.	.	.	H	A	M	G	N	G	P	G
Template Known Secondary structure			T	T	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T		S	S		S	S					S												S	S						T	T										T	T	S								S	.	.	.	.	.	.	.				S	S
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.																																																							.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		467	.	.									470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.								.	.	.	.	.	.	530	.
		522	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	E	E	Y	Q	C	A	W	L	D	M	Y	H	R	V	F	D	R	V	S	A	V	V	G	E	Q	V	W	N	F	A	D	F	A	T	S	Q	G	I	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	V	G	G	N	K	K	G	I	F	T	R	D	R	K	P	K	S	A	A	F	L	L
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	.	.	.	.	.	.	.	M	D	Q	Y	E	A	L	V	D	K	Y	P	R	L	H	G	G	F	V	W	E	W	R	D	H	G	I	R	T	R	T	A	E	G	M	E	F	F	A	Y	G	G	D	F	G	E	V	V	H	D	S	N	F	V	M	D	G	M	V	L	S	D	S	T	P	T	P	G	L	Y	E	F
Template Known Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.												T	T							S		S	B									T	T								T	T	T	T			S	S			G	G	G	G				S	B		T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		532								.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.
		585	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	K	R	W	T	G	M	N	F	G	E	K	P	Q	Q	G	G	K	Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	Q	I	V	S	P	I	R	L	G	L	S	L	P	A	G	G	K	P
Template Known Secondary structure					T		S									T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		605	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.