Job Description P0A8T7 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:20:19 GMT 2012 Rank 8 Aligned Residues 902 % Identity 58% Template d1ynjd1 SCOP info beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase RNA-polymerase beta-prime Resolution 3.20

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		15	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	E	F	D	A	I	K	I	A	L	A	S	P	D	M	I	R	S	W	S	F	G	E	V	K	K	P	E	T	I	N	Y	R	T	F	K	P	E	R	D	G	L	F	C	A	R	I	F	G	P	V	K	D	Y	E	C	L	C	G	K	Y	K	R	L	K	H	R	G	V	I	C	E	K	C	G	V	E	V	T	Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	E	V	R	K	V	R	I	A	L	A	S	P	E	K	I	R	S	W	S	Y	G	E	V	E	K	P	E	T	I	N	Y	R	T	L	K	P	E	R	D	G	L	F	D	E	R	I	F	G	P	I	K	D	Y	E	C	A	C	G	K	Y	K	R	Q	R	F	E	G	K	V	C	E	R	C	G	V	E	V	T	R
Template Known Secondary structure																						S	S	B			S						S	S	S					S	S	S	T	T		T	T	T	S			S	S	S	S	S		S	S						S	S	S						S	S	S					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
		95	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.						.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																												.	.	.	.	.
Query Sequence		T	K	V	R	R	E	R	M	G	H	I	E	L	A	S	P	T	A	H	I	W	F	L	K	S	L	P	S	R	I	G	L	L	L	D	M	P	L	R	D	I	E	R	V	L	Y	F	E	S	Y	V	V	I	E	G	G	M	T	.	.	.	.	.	N	L	E	R	Q	Q	I	L	T	E	E	Q	Y	L	D	A	L
Query Conservation																																																												.	.	.	.	.
Alig confidence																																																												.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	I	V	R	R	Y	R	M	G	H	I	E	L	A	T	P	A	A	H	I	W	F	V	K	D	V	P	S	K	I	G	T	L	L	D	L	S	A	T	E	L	E	Q	V	L	Y	F	N	K	Y	I	V	L	D	P	K	G	A	V	L	D	G	V	P	V	E	K	R	Q	L	L	T	D	E	E	Y	R	E	L	R
Template Known Secondary structure		G	G	G	G	G	T								S	S			B		T					S	S	S		S	S	T	T	T	S		T	T	T	T	T	S	T	G	G	G	S	S	S	S						S					B	S	S	S	B			S	S					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
		170	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	E	F	G	D	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	G	K	Q	E	T	Y	P	L	P	A	G	V	D	A	L	V	K	D	G	E	E	V	V	K	G	Q	E	L	A	P	G	V	V	S	R	M	D	G	V	A	L	Y	R	F	P	R	R	V	R	V	D	Y	L	R	K	E	R	A	A	L	R	I	P	L	S	A	W	V	E	K	E	A	Y	R	P	G	E	V	L
Template Known Secondary structure		T										T	T				S	S		S	S					T	T	S	B	S	S	S	S		B			S							S	S																				G	G	G	B				S		B		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	E	L	S	E	P	Y	L	F	R	A	E	E	S	G	V	V	E	L	K	D	L	A	E	G	H	L	I	Y	L	R	Q	E	E	E	V	V	A	R	Y	F	L	P	A	G	M	T	P	L	V	V	E	G	E	I	V	E	V	G	Q	P	L	A	E	G	K	G	L	L	R	L	P	R	H	M	T	A	K	E	V
Template Known Secondary structure					S	S							S	S										T	T									T	T																S		T	T					T	T														T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	A	E	E	E	G	D	S	V	H	L	T	L	F	L	E	W	T	E	P	K	D	Y	K	V	A	P	H	M	N	V	I	V	P	E	G	A	K	V	Q	A	G	E	K	I	V	A	A	I	D	P	E	E	E	V	I	A	E	A	E	G	V	V	H	L	H	E	P	A	S	I	L	V	V	K	A	R	V	Y	P
Template Known Secondary structure							T	T																	B			T	T					S		T	T					T	T							S	S	T	T	T						S	S									S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
																																																			176	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	A	K	M	G	A	E	A	I	Q	A	L	L	K	S	M	D	L	E	Q	E	C	E	Q	L	R	E	E	L	N
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	E	D	D	V	E	V	T	T	G	D	R	V	A	P	G	D	V	L	A	D	G	G	K	V	K	S	E	I	Y	G	R	V	E	V	D	L	V	R	N	V	V	R	V	V	E	S	Y	D	I	D	A	R	M	G	A	E	A	I	Q	E	L	L	K	E	L	D	L	E	K	L	E	R	E	L	L	E	E	M	K
Template Known Secondary structure			S	S		B				T	T					T	T					T	T	T	T					S								T	T	T	T													B		S										S													T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		403	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.
		207	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	T	N	S	E	T	K	R	K	K	L	T	K	R	I	K	L	L	E	A	F	V	Q	S	G	N	K	P	E	W	M	I	L	T	V	L	P	V	L	P	P	D	L	R	P	L	V	P	L	D	G	G	R	F	A	T	S	D	L	N	D	L	Y	R	R	V	I	N	R	N	N	R	L	K	R	L	L	D	L	A
Query Conservation
Alig confidence			.
Template Conservation			.
Template Sequence		H	.	P	S	R	A	R	R	A	K	A	R	K	R	L	E	V	V	R	A	F	L	D	S	G	N	R	P	E	W	M	I	L	E	A	V	P	V	L	P	P	D	L	R	P	M	V	Q	V	D	G	G	R	F	A	T	S	D	L	N	D	L	Y	R	R	L	I	N	R	N	N	R	L	K	K	L	L	A	Q	G
Template Known Secondary structure		S	.	S		S	S	T	T	T	T													T	T	S			T	T	T	T	B		S							G	G	G	S						T	T	T						S															T	T	T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure			.
Template SS confidence
		483		.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.
		287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.
Query SS confidence																																			.
Query Sequence		A	P	D	I	I	V	R	N	E	K	R	M	L	Q	E	A	V	D	A	L	L	D	N	G	R	R	G	R	A	I	T	G	S	.	N	K	R	P	L	K	S	L	A	D	M	I	K	G	K	Q	G	R	F	R	Q	N	L	L	G	K	R	V	D	Y	S	G	R	S	V	I	T	V	G	P	Y	L	R	L	H	Q
Query Conservation																																			.
Alig confidence																																			.
Template Conservation
Template Sequence		A	P	E	I	I	I	R	N	E	K	R	M	L	Q	E	A	V	D	A	V	I	D	N	G	R	R	G	S	P	V	T	N	P	G	S	E	R	P	L	R	S	L	T	D	I	L	S	G	K	Q	G	R	F	R	Q	N	L	L	G	K	R	V	D	Y	S	G	R	S	V	I	V	V	G	P	Q	L	K	L	H	Q
Template Known Secondary structure																								T	T	S	S	S						S	S								T	T	T	T	T	S	S	S	S	S	T	T	S									S	S					B					T	T	S		T	T	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		562	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.
		366	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.				.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.
Query SS confidence																																												.	.	.
Query Sequence		C	G	L	P	K	K	M	A	L	E	L	F	K	P	F	I	Y	G	K	L	E	L	R	G	L	A	T	T	I	K	A	A	K	K	M	V	E	R	E	E	A	V	.	.	.	V	W	D	I	L	D	E	V	I	R	E	H	P	V	L	L	N	R	A	P	T	L	H	R	L	G	I	Q	A	F	E	P	V	L	I
Query Conservation																																												.	.	.
Alig confidence																																												.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		C	G	L	P	K	R	M	A	L	E	L	F	K	P	F	L	L	K	K	M	E	E	K	A	F	A	P	N	V	K	A	A	R	R	M	L	E	R	Q	R	D	I	K	D	E	V	W	D	A	L	E	E	V	I	H	G	K	V	V	L	L	N	R	A	P	T	L	H	R	L	G	I	Q	A	F	Q	P	V	L	V
Template Known Secondary structure					B																			T	S	S		S	S							T	T	T	S	S	S															T	T								S	S			S	G	G	G					B				B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		642	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.
		443	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.		.	.	.	.	.	520	.
Predicted Secondary structure																																																																										.
Query SS confidence																																																																										.
Query Sequence		E	G	K	A	I	Q	L	H	P	L	V	C	A	A	Y	N	A	D	F	D	G	D	Q	M	A	V	H	V	P	L	T	L	E	A	Q	L	E	A	R	A	L	M	M	S	T	N	N	I	L	S	P	A	N	G	E	P	I	I	V	P	S	Q	D	V	V	L	G	L	Y	Y	M	T	.	R	D	C	V	N	A	K
Query Conservation																																																																										.
Alig confidence																																																																										.
Template Conservation
Template Sequence		E	G	Q	S	I	Q	L	H	P	L	V	C	E	A	F	N	A	D	F	D	G	D	Q	M	A	V	H	V	P	L	S	S	F	A	Q	A	E	A	R	I	Q	M	L	S	A	H	N	L	L	S	P	A	S	G	E	P	L	A	K	P	S	R	D	I	I	L	G	L	Y	Y	I	T	Q	V	R	K	E	K	K	G
Template Known Secondary structure		S	S	S	S					G	G	G					T			T	T	T		B								S											T	B	G	G	G			B		S	S	S	S	S	B	S	S				T	T									T	S						S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		722	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.
		522	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570																												.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	E	G	M	V	L	T	G	P	K	E	A	E	R	L	Y	R	S	G	L	A	S	L	H	A	R	V	K	V	R	I	T	E	Y	E	K	D	A	N	G	E	L	V	A	K	T	S	L	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	T	T	V
Query Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.																					.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.																					.	.	.
Template Sequence		A	G	M	.	A	F	A	T	P	E	E	A	L	A	A	Y	E	R	G	E	V	A	L	N	.	.	.	A	P	I	V	V	A	G	R	E	T	S	V	G	R	L	K	F	V	F	A	N	P	D	E	A	L	L	A	V	A	H	G	L	L	D	L	Q	D	V	V	T	V	R	Y	L	G	R	R	L	E	T	S	P
Template Known Secondary structure		S	S		.			S	S		S	S											S	S	S	.	.	.	S		T	T			S	S	S											S	S										T	T	S			S	S	S							T	T
Template Predicted Secondary structure					.																					.	.	.
Template SS confidence
		802	.	.		.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.				.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.
		575	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.								590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	R	A	I	L	W	M	I	V	P	K	G	L	P	Y	.	.	.	.	.	.	.	S	I	V	N	Q	A	L	G	K	K	A	I	S	K	M	L	N	T	C	Y	R	I	L	G	L	K	P	T	V	I	F	A	D	Q	I	M	Y	T	G	F	A	Y	A	A	R	S	G	A	S	V	G	I	D	D	M	V	I	P
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	R	I	L	F	A	R	I	V	G	E	A	V	G	D	E	K	V	A	Q	E	L	I	Q	M	D	V	P	Q	E	K	N	S	L	K	D	L	V	Y	Q	A	F	L	R	L	G	M	E	K	T	A	R	L	L	D	A	L	K	Y	Y	G	F	T	L	S	T	T	S	G	I	T	I	G	I	D	D	A	V	I	P
Template Known Secondary structure													T	T	S									S		T	T	S																		S																							T	T					G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		878	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.
		648	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	K	K	H	E	I	I	S	E	A	E	A	E	V	A	E	I	Q	E	Q	F	Q	S	G	L	V	T	A	G	E	R	Y	N	K	V	I	D	I	W	A	A	A	N	D	R	V	S	K	A	M	M	D	N	L	Q	T	E	T	V	I	N	R	D	G	Q	E	E	K	Q	V	S	F	N	S	I	Y	M	M	A	D
Query Conservation
Alig confidence																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	E	K	Q	R	Y	L	E	E	A	D	R	K	L	R	Q	I	E	Q	A	Y	E	M	G	F	L	T	D	R	E	R	Y	D	Q	V	I	Q	L	W	T	E	T	T	E	K	V	T	Q	A	V	F	K	N	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	E	N	Y	P	F	N	P	L	Y	V	M	A	Q
Template Known Secondary structure		T	T																						T	S	S																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S		T	T
Template Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		958	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.													.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.
		728	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	G	A	R	G	S	A	A	Q	I	R	Q	L	A	G	M	R	G	L	M	A	K	P	D	G	S	I	I	E	T	P	I	T	A	N	F	R	E	G	L	N	V	L	Q	Y	F	I	S	T	H	G	A	R	K	G	L	A	D	T	A	L	K	T	A	N	S	G	Y	L	T	R	R	L	V	D	V	A	Q	D	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		S	G	A	R	G	N	P	Q	Q	I	R	Q	L	C	G	M	R	G	L	M	Q	K	P	S	G	E	T	F	E	V	P	V	R	S	S	F	R	E	G	L	T	V	L	E	Y	F	I	S	S	H	G	A	R	K	G	G	A	D	T	A	L	R	T	A	D	S	G	Y	L	T	R	K	L	V	D	V	A	H	E	I
Template Known Secondary structure		S	S	S	S											S			B			B		T	T	S		B		S	S		B				T	T	S										T	T	T													T	T	S	S	S											T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1026	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.
		808	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.									.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.		860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Query Sequence		V	V	T	E	D	D	C	G	T	H	E	G	I	M	M	T	P	V	I	E	G	G	D	V	K	E	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	R	D	R	V	L	G	R	V	T	A	E	D	V	L	K	P	G	T	A	D	I	L	V	P	.	R	N	T	L	L	H	E	Q	W	C	D	L	L	E	E	N	S	V	D
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Alig confidence												.																.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Template Conservation												.
Template Sequence		V	V	R	E	A	D	C	G	T	T	.	N	Y	I	S	V	P	L	F	Q	M	D	E	V	T	R	T	L	R	L	R	K	R	S	D	I	E	S	G	L	Y	G	R	V	L	A	R	E	V	E	A	L	G	R	R	L	E	E	G	R	Y	L	S	L	E	D	V	H	F	L	I	K	A	A	E	A	G	E	V	R
Template Known Secondary structure					S	S						.							S					T	T	T																T	T				S	S					T	T					T	T		B															T	T	S		S
Template Predicted Secondary structure												.
Template SS confidence
		1106	.	.	.	1110	.	.	.	.	.		.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.
		879	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	V	K	V	R	S	V	V	S	C	D	T	D	F	G	V	C	A	H	C	Y	G	R	D	L	A	R	G	H	I	I	N	K	G	E	A	I	G	V	I	A	A	Q	S	I	G	E	P	G	T	Q	L	T	M	R	T
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	V	P	V	R	S	P	L	T	C	Q	T	R	Y	G	V	C	Q	K	C	Y	G	Y	D	L	S	M	A	R	P	V	S	I	G	E	A	V	G	V	V	A	A	E	S	I	G	E	P	G	T	Q	L	T	M	R	T
Template Known Secondary structure								T	T	T				S	S	S			S	T	T	T				S	S	S	S	S				T	T													G	G	G	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1185	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240