Job Description P0A8T7 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:20:19 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 1159 % Identity 52% Template d1smyd_ SCOP info beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase RNA-polymerase beta-prime Resolution 2.70

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		15	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	E	F	D	A	I	K	I	A	L	A	S	P	D	M	I	R	S	W	S	F	G	E	V	K	K	P	E	T	I	N	Y	R	T	F	K	P	E	R	D	G	L	F	C	A	R	I	F	G	P	V	K	D	Y	E	C	L	C	G	K	Y	K	R	L	K	H	R	G	V	I	C	E	K	C	G	V	E	V	T	Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	E	V	R	K	V	R	I	A	L	A	S	P	E	K	I	R	S	W	S	Y	G	E	V	E	K	P	E	T	I	N	Y	R	T	L	K	P	E	R	D	G	L	F	D	E	R	I	F	G	P	I	K	D	Y	E	C	A	C	G	K	Y	K	R	Q	R	F	E	G	K	V	C	E	R	C	G	V	E	V	T	K
Template Known Secondary structure																											S				B		T	T	S	S	S	B		S	S	S	S	S								S	S	S	S	S		S	S		S			S	S	S	S	S	S				S	S	S					S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
		95	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	K	V	R	R	E	R	M	G	H	I	E	L	A	S	P	T	A	H	I	W	F	L	K	S	L	P	S	R	I	G	L	L	L	D	M	P	L	R	D	I	E	R	V	L	Y	F	E	S	Y	V	V	I	E	G	G	M	T	N	L	E	R	Q	Q	I	L	T	E	E	Q	Y	L	D	A	L	E	E	F	G	D
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		S	I	V	R	R	Y	R	M	G	H	I	E	L	A	T	P	A	A	H	I	W	F	V	K	D	V	P	S	K	I	G	T	L	L	D	L	S	A	T	E	L	E	Q	V	L	Y	F	S	K	Y	I	V	L	D	P	K	G	A	I	L	N	G	V	P	V	E	K	R	Q	L	L	T	D	E	E	Y	R	E	L	R
Template Known Secondary structure		T																			G	G	G	T	S	S	S	S							T	T	S		T	T								T	S							S				S		S	S	S	S			T	T		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
		175
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	G	K	Q	E	T	Y	P	L	P	P	G	V	D	A	L	V	K	D	G	E	E	V	V	K	G	Q	E	L	A	P	G	V	V	S	R	L	D	G	V	A	L	Y	R	F	P	R	R	V	R	V	E	Y	V	K	K	E	R	A	G	L	R	L	P	L	A	A	W	V	E	K	E	A	Y	K	P	G	E	I	L
Template Known Secondary structure		T		S								S	T	T	T						T	G	G	G	T	B	S					T	T					S	S	S						S		S									S	S				S			T	T	T	T	T	T	T	G	G	G	T	S	S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	E	L	P	E	P	Y	L	F	G	D	K	I	V	A	A	I	D	P	E	E	E	V	I	A	E	A	E	G	V	V	H	L	H	E	P	A	S	I	L	V	V	K	A	R	V	Y	P	F	E	D	D	V	E	V	S	T	G	D	R	V	A	P	G	D	V	L	A	D	G	G	K	V	K	S	D	V	Y	G	R
Template Known Secondary structure		T	T	S	T	T	T	T								S	S				S	S			B	T	T	B		S													S				S	S					T	T	S	S			S			S	S	S				S			S	S					S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
																			176	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	A	K	M	G	A	E	A	I	Q	A	L	L	K	S	M	D	L	E	Q	E	C	E	Q	L	R	E	E	L	N	E	T	N	S	E	T	K	R	K	K	L	T	K	R	I	K	L	L	E	A	F	V	Q	S	G	N	K	P	E	W	M	I
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Template Conservation																																																		.
Template Sequence		V	E	V	D	L	V	R	N	V	V	R	V	V	E	S	Y	D	I	D	A	R	M	G	A	E	A	I	Q	Q	L	L	K	E	L	D	L	E	A	L	E	K	E	L	L	E	E	M	K	.	H	P	S	R	A	R	R	A	K	A	R	K	R	L	E	V	V	R	A	F	L	D	S	G	N	R	P	E	W	M	I
Template Known Secondary structure						T	T	T	T															S										S																.	S	S																				T	T	S			G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																		.
Template SS confidence
		435	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.		.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.		.	.
Predicted Secondary structure																																																																															.
Query SS confidence																																																																															.
Query Sequence		L	T	V	L	P	V	L	P	P	D	L	R	P	L	V	P	L	D	G	G	R	F	A	T	S	D	L	N	D	L	Y	R	R	V	I	N	R	N	N	R	L	K	R	L	L	D	L	A	A	P	D	I	I	V	R	N	E	K	R	M	L	Q	E	A	V	D	A	L	L	D	N	G	R	R	G	R	A	.	I	T
Query Conservation																																																																															.
Alig confidence																																																																															.
Template Conservation
Template Sequence		L	E	A	V	P	V	L	P	P	D	L	R	P	M	V	Q	V	D	G	G	R	F	A	T	S	D	L	N	D	L	Y	R	R	L	I	N	R	N	N	R	L	K	K	L	L	A	Q	G	A	P	E	I	I	I	R	N	E	K	R	M	L	Q	E	A	V	D	A	L	L	D	N	G	R	R	G	A	P	V	T	N
Template Known Secondary structure										S	T	T	S						S	T	T						T																					T																								T	T	S	S				B		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		514	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.
		318	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.								.	.	.	.	.	390
Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																					.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	S	N	K	R	P	L	K	S	L	A	D	M	I	K	G	K	Q	G	R	F	R	Q	N	L	L	G	K	R	V	D	Y	S	G	R	S	V	I	T	V	G	P	Y	L	R	L	H	Q	C	G	L	P	K	K	M	A	L	E	L	F	K	P	F	I	Y	G	K	.	.	.	.	.	.	.	L	E	L	R	G	L
Query Conservation																																																																					.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																																					.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	G	S	D	R	P	L	R	S	L	T	D	I	L	S	G	K	Q	G	R	F	R	Q	N	L	L	G	K	R	V	D	Y	S	G	R	S	V	I	V	V	G	P	Q	L	K	L	H	Q	C	G	L	P	K	R	M	A	L	E	L	F	K	P	F	L	L	K	K	M	E	E	K	G	I	A	P	N	V	K	A	A
Template Known Secondary structure		T	T				B										T	T	T	T						T	T					S	S										T	T			T	T			B		B								T											S	T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		594	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.
		391	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	T	T	I	K	A	A	K	K	M	V	E	R	E	E	A	V	V	W	D	I	L	D	E	V	I	R	E	H	P	V	L	L	N	R	A	P	T	L	H	R	L	G	I	Q	A	F	E	P	V	L	I	E	G	K	A	I	Q	L	H	P	L	V	C	A	A	Y	N	A	D	F	D	G	D	Q	M	A	V	H	V
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.
Template Sequence		R	R	M	L	E	R	Q	R	D	I	K	D	E	.	.	.	.	V	W	D	A	L	E	E	V	I	H	G	K	V	V	L	L	N	R	A	P	T	L	H	R	L	G	I	Q	A	F	Q	P	V	L	V	E	G	Q	S	I	Q	L	H	P	L	V	C	E	A	F	N	A	D	F	D	G	D	Q	M	A	V	H	V
Template Known Secondary structure							S	G	G	G			T		.	.	.	.										S	S								S	S			S	G	G	G									B	S	S	S	S					S	G	G	G	T	T	T	T			S	S	S
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.
Template SS confidence
		674	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.					.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		471	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.		.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.
Query SS confidence																																														.
Query Sequence		P	L	T	L	E	A	Q	L	E	A	R	A	L	M	M	S	T	N	N	I	L	S	P	A	N	G	E	P	I	I	V	P	S	Q	D	V	V	L	G	L	Y	Y	M	T	.	R	D	C	V	N	A	K	G	E	G	M	V	L	T	G	P	K	E	A	E	R	L	Y	R	S	G	L	A	S	L	H	A	R	V	K
Query Conservation																																														.
Alig confidence																																														.																		.														.	.	.
Template Conservation																																																																.														.	.	.
Template Sequence		P	L	S	S	F	A	Q	A	E	A	R	I	Q	M	L	S	A	H	N	L	L	S	P	A	S	G	E	P	L	A	K	P	S	R	D	I	I	L	G	L	Y	Y	I	T	Q	V	R	K	E	K	K	G	A	G	L	E	F	A	T	P	E	E	.	A	L	A	A	H	E	R	G	E	V	A	L	N	.	.	.	A
Template Known Secondary structure				S											S	B	S	T	T			B		S	S	S	S	S	B	S	S				S										S									S				T	T	S		S		.											T	T	S	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure																																																																.														.	.	.
Template SS confidence
		750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.		.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.				.
		550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	580								.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	R	I	T	E	Y	E	K	D	A	N	G	E	L	V	A	K	T	S	L	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	T	T	V	G	R	A	I	L	W	.	.	.	.	.	.	.	M	I	V	P	K	G	L	P	Y	S	I	V	N	Q	A
Query Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	I	K	V	A	G	R	E	T	S	V	G	R	L	K	Y	V	F	A	N	P	D	E	A	L	L	A	V	A	H	G	I	V	D	L	Q	D	V	V	T	V	R	Y	M	G	K	R	L	E	T	S	P	G	R	I	L	F	A	R	I	V	A	E	A	V	E	D	E	K	V	A	W	E	L	I	Q	L	D	V	P
Template Known Secondary structure			S	S				S	S											S	S										T	T	S	S		T	T	S							T	T																				S	S								S			T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		826	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.
		596	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	G	K	K	A	I	S	K	M	L	N	T	C	Y	R	I	L	G	L	K	P	T	V	I	F	A	D	Q	I	M	Y	T	G	F	A	Y	A	A	R	S	G	A	S	V	G	I	D	D	M	V	I	P	E	K	K	H	E	I	I	S	E	A	E	A	E	V	A	E	I	Q	E	Q	F	Q	S	G	L	V	T	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Q	E	K	N	S	L	K	D	L	V	Y	Q	A	F	L	R	L	G	M	E	K	T	A	R	L	L	D	A	L	K	Y	Y	G	F	T	F	S	T	T	S	G	I	T	I	G	I	D	D	A	V	I	P	E	E	K	K	Q	Y	L	E	E	A	D	R	K	L	L	Q	I	E	Q	A	Y	E	M	G	F	L	T	D
Template Known Secondary structure																		T																								T					G	G	G	S				T																							T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		906	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.
		676	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	E	R	Y	N	K	V	I	D	I	W	A	A	A	N	D	R	V	S	K	A	M	M	D	N	L	Q	T	E	T	V	I	N	R	D	G	Q	E	E	K	Q	V	S	F	N	S	I	Y	M	M	A	D	S	G	A	R	G	S	A	A	Q	I	R	Q	L	A	G	M	R	G	L	M	A	K	P	D	G	S	I	I
Query Conservation
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	E	R	Y	D	Q	I	L	Q	L	W	T	E	T	T	E	K	V	T	Q	A	V	F	K	N	F	E	E	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	P	F	N	P	L	Y	V	M	A	Q	S	G	A	R	G	N	P	Q	Q	I	R	Q	L	C	G	L	R	G	L	M	Q	K	P	S	G	E	T	F
Template Known Secondary structure																														T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T									S	S	S	S										T	T						B		S	S	S		B
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		986	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.													.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.
		756	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	T	P	I	T	A	N	F	R	E	G	L	N	V	L	Q	Y	F	I	S	T	H	G	A	R	K	G	L	A	D	T	A	L	K	T	A	N	S	G	Y	L	T	R	R	L	V	D	V	A	Q	D	L	V	V	T	E	D	D	C	G	T	H	E	G	I	M	M	T	P	V	I	E	G	G	D	V	K	E	P	L
Query Conservation
Alig confidence																																																											.
Template Conservation																																																											.
Template Sequence		E	V	P	V	R	S	S	F	R	E	G	L	T	V	L	E	Y	F	I	S	S	H	G	A	R	K	G	G	A	D	T	A	L	R	T	A	D	S	G	Y	L	T	R	K	L	V	D	V	T	H	E	I	V	V	R	E	A	.	D	C	G	T	T	N	Y	I	S	V	P	L	F	Q	P	D	E	V	T	R	S	L
Template Known Secondary structure		S	S						S	S	S																										S		S										T	T	T	T		B				S	.			S													T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																											.
Template SS confidence
		1054	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110		.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.
		836	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.										.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	D	R	V	L	G	R	V	T	A	E	D	V	L	K	P	G	T	A	D	I	L	V	P	R	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	L	L	H	E	Q	W	C	D	L	L	E	E	N	S	V	D	A	V	K	V	R	S	V	V	S	C	D	T	D	F	G	V	C	A	H	C	Y	G	R	D	L	A	R	G
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	L	R	K	R	A	D	I	E	A	G	L	Y	G	R	V	L	A	R	E	V	E	V	L	G	V	R	L	E	E	G	R	Y	L	S	M	D	D	V	H	L	L	I	K	A	A	E	A	G	E	I	Q	E	V	P	V	R	S	P	L	T	C	Q	T	R	Y	G	V	C	Q	K	C	Y	G	Y	D	L	S	M	A
Template Known Secondary structure														T	T		B	B	S	S					S	S					T	T		B																S	S		S							G	G	G		S	S	T	T	B								S		S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1133	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.
		907	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940		.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.
Query SS confidence																																				.
Query Sequence		H	I	I	N	K	G	E	A	I	G	V	I	A	A	Q	S	I	G	E	P	G	T	Q	L	T	M	R	T	F	H	I	G	G	A	.	A	S	R	A	A	A	E	S	S	I	Q	V	K	N	K	G	S	I	K	L	S	N	V	K	S	V	V	N	S	S	G	K	L	V	I	T	S	R	N	T	E	L	K	L	I
Query Conservation																																				.
Alig confidence																																				.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	P	V	S	I	G	E	A	V	G	I	V	A	A	Q	S	I	G	E	P	G	T	Q	L	T	M	R	T	F	H	T	G	G	V	A	G	A	A	D	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	Q	G	L	P	R	V	I	E	L	F	E	A	R	R	P	K	A	K	A	V	I	S	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S				S	S																T	T	S			S		T	T		S		S	S	T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T	T				T	T	B			B		.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1213	.	.	.	.	.	.	1220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.												.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.
		986	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	E	F	G	R	T	K	E	S	Y	K	V	P	Y	G	A	V	L	A	K	G	D	G	E	Q	V	A	G	G	E	T	V	A	N	W	D	P	H	T	M	P	V	I	T	E	V	S	G	F	V	R	F	T	D	M	I	D	G	Q	T	I	T	R	Q	T	D	E	L	T	G	L	S	S	L	V	V	L	D	S	A
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1066	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	R	T	A	G	G	K	D	L	R	P	A	L	K	I	V	D	A	Q	G	N	D	V	L	I	P	G	T	D	M	P	A	Q	Y	F	L	P	G	K	A	I	V	Q	L	E	D	G	V	Q	I	S	S	G	D	T	L	A	R	I	P	Q	E	S	G	G	T	K	D	I	T	G	G	L	P	R	V	A	D	L	F
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1146	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	A	R	R	P	K	E	P	A	I	L	A	E	I	S	G	I	V	S	F	G	K	E	T	K	G	K	R	R	L	V	I	T	P	V	D	G	S	D	P	Y	E	E	M	I	P	K	W	R	Q	L	N	V	F	E	G	E	R	V	E	R	G	D	V	I	S	D	G	P	E	A	P	H	D	I	L	R	L	R	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	I	D	G	V	V	R	I	E	E	T	E	E	K	L	S	.	.	.	V	F	V	E	S	E	G	F	S	K	E	Y	K	L	P	K	E	A	R	L	L	V	K	D	G	D	Y	V	E	A	G	Q	P	L	T	R	G	A	I	D	P	H	Q	L	L	E	A	K	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S										S	S				.	.	.						S	S									T	T							T	T					T	T		B		S	S	S	B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.
Template SS confidence
														1276	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.				.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340
		1226	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	H	A	V	T	R	Y	I	V	N	E	V	Q	D	V	Y	R	L	Q	G	V	K	I	N	D	K	H	I	E	V	I	V	R	Q	M	L	R	K	A	T	I	V	N	A	G	S	S	D	F	L	E	G	E	Q	V	E	Y	S	R	V	K	I	A	N	R	E	L	E	A	N	G	K	V	G	A	T	Y	S	R	D
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		P	E	A	V	E	R	Y	L	V	E	E	I	Q	K	V	Y	R	A	Q	G	V	K	L	H	D	K	H	I	E	I	V	V	R	Q	M	M	K	Y	V	E	V	T	D	P	G	D	S	R	L	L	E	G	Q	V	L	E	K	W	D	V	E	A	L	N	E	R	L	I	A	E	G	K	T	P	V	A	W	K	P	L
Template Known Secondary structure																			T	T	T																T						S	S		S	S	S		S	S																		T	S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1341	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420
		1306	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.			.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																.	.
Query SS confidence																																																																.	.
Query Sequence		L	L	G	I	T	K	A	S	L	A	T	E	S	F	I	S	A	A	S	F	Q	E	T	T	R	V	L	T	E	A	A	V	A	G	K	R	D	E	L	R	G	L	K	E	N	V	I	V	G	R	L	I	P	A	G	T	G	Y	A	Y	H	Q	.	.	D	R	M	R	R	R	A	A	G	E	A	P	A	A	P	Q
Query Conservation																																																																.	.
Alig confidence																																																																.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	M	G	V	T	K	S	A	L	S	T	K	S	W	L	S	A	A	S	F	Q	N	T	T	H	V	L	T	E	A	A	I	A	G	K	K	D	E	L	I	G	L	K	E	N	V	I	L	G	R	L	I	P	A	G	T	G	S	D	F	V	R	F	T	Q	V	V	D	Q	K	T	L	K	A	I	E	E	A	R	K
Template Known Secondary structure											T		S						T	T	S	T	T												T							S							T	T				S	S	S	T	T		T	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1421	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1500
		1384	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	T	A	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	A	V	E
Template Known Secondary structure		T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1501	.	.	.