Job Description P0A8T7 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:20:19 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 1279 % Identity 24% Template c3h0gA_ PDB info PDB header:transcription Chain: A: PDB Molecule:dna-directed rna polymerase ii subunit rpb1; PDBTitle: rna polymerase ii from schizosaccharomyces pombe Resolution 3.65 Å

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		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	F	L	K	A	Q	T	K	T	E	E	F	D	A	I	K	I	A	L	A	S	P	D	M	I	R	S	W	S	F	G	E	V	K	K	P	E	T	I	N	Y	R	T	F	K	P	E	R	D	G	L	F	C	A	R	I	F	G	P	V	K	D	Y	E	C	L	C	G	K	Y	K	R	L	K	H	R	G	V	I	C
Query Conservation
Alig confidence																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	F	S	P	S	S	V	P	L	R	R	V	E	E	V	Q	F	G	I	L	S	P	E	E	I	R	S	M	S	V	A	K	I	E	F	P	E	T	M	D	E	S	G	Q	R	P	R	V	G	G	L	L	D	P	R	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	I	D	R	Q	F	K	C
Template Known Secondary structure		S	S				S	S								B																					T	T		T	T		S	S	S	S	S			S	S	S	S	S	S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60																.	.	.	.	.	.	.	.	.
		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	K	C	G	V	E	V	T	Q	T	K	V	R	R	E	R	M	G	H	I	E	L	A	S	P	T	A	H	I	W	F	L	K	S	L	P	S	R	I	G	L	L	L	D	M	P	L	R	D	I	E	R	V	L	Y	F	E	S	Y	V	V	I	E	G	G	M	T	N	L	E	R	Q	Q	I	L	T	E	E	Q	Y
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	T	C	G	E	T	M	A	D	C	P	.	.	.	G	H	F	G	H	I	E	L	A	K	P	V	F	H	I	G	F	L	S	K	I	K	K	I	L	E	C	V	C	W	N	C	G	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	K	I	D	S	S	N	P	K	F	N	D	T	Q	R	Y	R	D	P	K	N	R
Template Known Secondary structure		T	T	S			S	S	S	S			.	.	.										S		B													S	S	S	S		T	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S			S		S									S	S		T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure													.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80				.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.											.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.
		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.											200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	D	A	L	E	E	F	G	D	E	F	D	A	K	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	E	A	I	Q	A	L	L	K	S	M	D	L	E	Q	E	C	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	L	R	E	E	L	N	E	T	N	S	E	T	K
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	N	A	V	W	N	V	C	K	T	K	M	V	C	D	T	G	L	S	A	G	S	D	N	F	D	L	S	N	P	S	A	N	M	G	H	G	G	C	G	A	A	Q	P	T	I	R	K	D	G	L	R	L	W	G	S	W	K	R	G	K	D	E	S	D	L	P	E	K	R	L	L	S	P	L	E	V	H	T	I
Template Known Secondary structure																	S	S	T	T			S	S				S	S							S	S		S	S											T	T						B			S	S	S	S		B		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		137	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
		214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	K	K	L	T	K	R	I	K	L	L	E	A	F	V	Q	S	G	N	K	P	E	W	M	I	L	T	V	L	P	V	L	P	P	D	L	R	P	L	V	P	L	D	G	G	R	F	A	T	S	D	L	N	D	L	Y	R	R	V	I	N	R	N	N	R	L	K	R	L	L	D	L	A	A	P	D	I	I	V	R
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		F	T	H	I	S	S	E	D	L	A	H	L	G	L	N	E	Q	Y	A	R	P	D	W	M	I	I	T	V	L	P	V	P	P	P	S	V	R	P	S	I	S	V	D	G	T	S	R	G	E	D	D	L	T	H	K	L	S	D	I	I	K	A	N	A	N	V	R	R	C	E	Q	E	G	A	P	A	H	I	V	S
Template Known Secondary structure					S								S	S			S	S	S			G	G	G	S	S	B	S	S						G	G	G	S						S	S	S						T	T	T	T														G	G	G	G			S	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.
		294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.		.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.
Predicted Secondary structure																								.
Query SS confidence																								.
Query Sequence		N	E	K	R	M	L	Q	E	A	V	D	A	L	L	D	N	G	R	R	G	R	A	.	I	T	G	S	N	K	R	P	L	K	S	L	A	D	M	I	K	G	K	Q	G	R	F	R	Q	N	L	L	G	K	R	V	D	Y	S	G	R	S	V	I	T	V	G	P	Y	L	R	L	H	Q	C	G	L	P	K	K	M
Query Conservation																								.
Alig confidence																								.
Template Conservation
Template Sequence		E	Y	E	Q	L	L	Q	F	H	V	A	T	Y	M	D	N	E	I	A	G	Q	P	Q	A	L	Q	K	S	G	R	P	L	K	S	I	R	A	R	L	K	G	K	E	G	R	L	R	G	N	L	M	G	K	R	V	D	F	S	A	R	T	V	I	T	G	D	P	N	L	S	L	D	E	L	G	V	P	R	S	I
Template Known Secondary structure														T	T		T	T		S	S						S	S	S	S											T		S	S	S	S	S	T	T	T	T	S	S				S	S										T	T	S		T	T	B		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	L	E	L	F	K	P	F	I	Y	G	K	L	E	L	R	G	L	A	T	T	I	K	A	A	K	K	M	V	E	R	E	E	A	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	W	D	I	L	D	E	V	I	R	E	H	P	V	L	L	N	R	A	P	T	L
Query Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	K	T	L	T	Y	P	E	T	V	T	P	Y	N	I	Y	Q	L	Q	E	L	V	R	N	G	P	D	E	H	P	G	A	K	Y	I	I	R	D	T	G	E	R	I	D	L	R	Y	H	K	R	A	G	D	I	P	L	R	Y	G	W	R	V	E	R	H	I	R	D	G	D	V	V	I	F	N	R	Q	P	S	L
Template Known Secondary structure			T	S						B			T	T	T												T	T	S	S	S								T	T			B			T	T	T	T		S								S	S									S									S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	R	L	G	I	Q	A	F	E	P	V	L	I	E	G	K	A	I	Q	L	H	P	L	V	C	A	A	Y	N	A	D	F	D	G	D	Q	M	A	V	H	V	P	L	T	L	E	A	Q	L	E	A	R	A	L	M	M	S	T	N	N	I	L	S	P	A	N	G	E	P	I	I	V	P	S	Q	D	V	V	L	G
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		H	K	M	S	M	M	G	H	R	I	R	V	M	P	Y	S	T	F	R	L	N	L	S	V	T	S	P	Y	N	A	D	F	D	G	D	E	M	N	M	H	V	P	Q	S	E	E	T	R	A	E	I	Q	E	I	T	M	V	P	K	Q	I	V	S	P	Q	S	N	K	P	V	M	G	I	V	Q	D	T	L	A	G
Template Known Secondary structure		S	G	G	G										S	S	S	S					G	G	G	S	G	G	G	T			S	S	S										S	T	T								T			T	T	T	T	S			T	T	T	T			S					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.
		510	.	.	.	.		.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570									.	.	.	.	.	.	.	.	.	580
Predicted Secondary structure							.																																																									.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.																																																									.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	Y	Y	M	T	.	R	D	C	V	N	A	K	G	E	G	M	V	L	T	G	P	K	E	A	E	R	L	Y	R	S	G	L	A	S	L	H	A	R	V	K	V	R	I	T	E	Y	E	K	D	A	N	G	E	L	V	A	K	T	S	L	K	.	.	.	.	.	.	.	.	D	T	T	V	G	R	A	I	L	W
Query Conservation							.																																																									.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.																.	.	.	.	.	.											.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.											.	.	.
Template Sequence		V	R	K	F	S	L	R	D	N	F	L	T	R	N	A	V	M	N	I	M	L	.	.	.	.	.	.	W	V	P	D	W	D	G	I	L	P	.	.	.	P	P	V	I	L	K	P	K	V	L	W	T	G	K	Q	I	L	S	L	I	I	P	K	G	I	N	L	I	R	D	D	D	K	Q	S	L	S	N	P	T
Template Known Secondary structure							S	T	T					T					G	G	G	G	.	.	.	.	.	.		S	S	S			S	S			.	.	.			S	B		S	S	S					T	T					T	T	S		S	S	B							S	S			S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.											.	.	.
Template SS confidence
		537	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.							.	.	560	.	.	.	.	.	.	.				.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.
		581	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.					.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.					650	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.																																																.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.																																																.	.	.	.
Query Sequence		M	I	V	P	K	G	L	P	Y	S	I	V	N	Q	A	L	G	K	K	A	I	S	.	.	.	.	K	M	L	N	T	C	Y	R	I	L	G	L	K	P	T	V	I	F	A	D	Q	I	M	Y	T	G	F	A	Y	A	A	R	S	G	A	S	V	G	I	D	D	M	V	I	P	E	K	.	.	.	.	K	H	E
Query Conservation																								.	.	.	.																																																.	.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.																																																.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	S	G	M	L	I	E	N	G	E	I	I	Y	G	V	V	D	K	K	T	V	G	A	S	Q	G	G	L	V	H	T	I	W	K	E	K	G	P	E	I	C	K	G	F	F	N	G	I	Q	R	V	V	N	Y	W	L	L	H	N	G	F	S	I	G	I	G	D	T	I	A	D	A	D	T	M	K	E	V	T	R
Template Known Secondary structure		T		S					B	S								S					S	S		T	T						S	S	S	S	S		T	T	T																									G	G	G	G	S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		608	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.
		653	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	I	S	E	A	E	A	E	V	A	E	I	Q	E	Q	F	Q	S	G	L	V	T	A	G	E	R	Y	N	K	V	I	D	I	W	A	A	A	N	D	R	V	S	K	A	M	M	D	N	L	Q	T	E	T	V	I	N	R	D	G	Q	E	E	K	Q	V	S	F	N	S	I	Y	M	M	A	D	S	G	A	R	G
Query Conservation
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	V	K	E	A	R	R	Q	V	A	E	C	I	Q	D	A	Q	H	N	R	L	K	P	E	P	G	M	T	L	R	.	.	.	.	.	.	.	.	E	S	F	E	A	K	V	S	R	I	L	N	Q	A	R	D	N	A	G	R	S	A	E	H	S	L	K	D	S	N	N	V	K	Q	M	V	A	A	G	S	K	G
Template Known Secondary structure					T	T	T								T	T	T	T	T	T						S	S			T	T	.	.	.	.	.	.	.	.																								T	T	S		S	S		T	T	T							S	S
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		688	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.									.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		733	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	A	A	Q	I	R	Q	L	A	G	M	R	G	L	M	A	K	P	D	G	S	I	I	E	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	T	A	N	F	R	E	G	L	N	V	L	Q	Y	F	I	S	T	H	G	A	R	K	G	L	A	D	T	A	L	K	T	A	N
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	F	I	N	I	S	Q	M	S	A	C	V	G	Q	Q	I	V	E	G	K	R	I	P	F	G	F	K	Y	R	T	L	P	H	F	P	K	D	D	D	S	P	E	S	R	G	F	I	E	N	S	Y	L	R	G	L	T	P	Q	E	F	F	F	H	A	M	A	G	R	E	G	L	I	D	T	A	V	K	T	A	E
Template Known Secondary structure											T							S	T	T	S	S	S				S	T	T	S	S	S	T	T	S		S	S			S	T	T	T	S	S			S	S		T	T	T															T	T	T	T	T					T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		793	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	G	Y	L	T	R	R	L	V	D	V	A	Q	D	L	V	V	T	E	D	D	C	G	T	H	E	G	I	M	M	T	P	V	I	E	G	G	D	V	K	E	P	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	G	Y	I	Q	R	R	L	V	K	A	M	E	D	V	M	V	R	Y	D	G	T	V	R	N	A	M	G	D	I	I	Q	F	A	Y	G	E	D	G	L	D	A	T	L	V	E	Y	Q	V	F	D	S	L	R	L	S	T	K	Q	F	E	K	K	Y	R	I	D	L	M	E	D	R	S	L	S	L	Y	M	E	N
Template Known Secondary structure														T	T					T	T	T					T	T	S					S	S	S	S	S	S		B		G	G	G							T	T	T	S							T	T	T	S				T	T	T	T			G	G	G	T	S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.
													836	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.					.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	D	R	V	L	G	R	V	T	A	E	D	.	.	.	.	V	L	K	P	G	T	A	D	I	L	V	P	R	N	T	L	L	H	E	Q	W	C	D	L	L	E	E	N	S	V	D	A	V	K	V	R	S	V	V	S	C	D	T	D	F	G	V	C	A	H	C	Y	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	I	E	N	D	S	S	V	Q	D	L	L	D	E	E	Y	T	Q	L	V	A	D	R	E	L	L	C	K	F	I	F	P	K	G	D	A	R	W	P	L	P	V	N	V	Q	R	I	I	Q	N	A	L	Q	I	F	H	L	E	A	K	K	P	T	D	L	L	P	S	D	I	I	N	G	L	N	E	L	I	A	K
Template Known Secondary structure				T	T	S		S	S	T															T	T	S	S	S	S	S	S	S		S								S						T	T	T	T	T	T	T	S				T	T	S																		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																																																							901	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	D	L	A	R	G	H	I	I	N	K	G	E	A	I	G	V	I	A	A	Q	S	I	G	E	P	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	T	I	F	R	G	S	D	R	I	T	R	D	V	Q	N	N	A	T	L	L	F	Q	I	L	L	R	S	K	F	A	V	K	R	V	I	M	E	Y	R	L	N	K	V	A	F	E	W	I	M	G	E	V	E	A	R	F	Q	Q	A	V	V	S	P	G	E	M	V	G	T	L	A	A	Q	S	I	G	E	P	A
Template Known Secondary structure					S				S	T	T	T	T					T	S	S								T	T	S	S	S							S	S																				T	T	B			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		928	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	Q	L	T	M	R	T	F	H	I	G	G	A	A	S	R	A	A	A	E	S	S	I	Q	V	K	N	K	G	S	I	K	L	S	N	V	K	S	V	V	N	S	S	G	K	L	V	I	T	S	R	N	T	E	L	K	L	I	D	E	F	G	R	T	K	E	S	Y	K	V	P	Y	G	A	V	L	A	K	G	D
Query Conservation
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Template Sequence		T	Q	M	T	L	N	T	F	H	Y	A	G	V	S	S	K	N	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	L	G	V	P	R	L	K	E	I	L	N	V	A	K	N	I	K	T	P	S	L	T	I	Y	L	M	.	.	P	W	I	A	A	N	M	D	L	A	K	N	V	Q	T	Q	I	E	H	T	T	L
Template Known Secondary structure								T	T	S	S						S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	G	G	G						T	T		S			S										.	.	S	S	S		S	S	S	T	T	T					T	T	S	S			S	S
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Template SS confidence
		1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.												.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.			.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.
		1008	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	E	Q	V	A	G	G	E	T	V	A	N	W	D	P	H	T	M	P	V	I	T	E	V	S	G	F	V	R	F	T	D	M	I	D	G	Q	T	I	T	R	Q	T	D	E	L	T	G	L	S	S	L	V	V	L	D	S	A	E	R	T	A	G	G	K	D	L	R	P	A	L	K	I	V	D	A	Q	G	N	D
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		S	T	V	T	S	A	T	E	I	H	Y	D	P	D	P	Q	D	T	V	I	E	E	D	K	D	F	V	E	A	F	F	A	I	P	D	E	E	V	E	E	N	L	Y	K	Q	S	P	W	L	L	R	L	E	L	D	R	A	K	M	L	D	K	K	L	S	M	S	D	V	A	G	K	I	A	E	S	F	E	R	D
Template Known Secondary structure			S			S									S	T	T					S	S	S		S								T	T		S	S	T	T		S	S		S												T	T	S	S	T	T	T	T							T	T	S	G	G	G	S	S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1147	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.	.	.	.	.	.
		1088	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.						.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.
Query Sequence		V	L	I	P	G	T	D	M	P	A	Q	Y	F	L	P	G	K	A	I	V	Q	.	.	.	.	.	L	E	D	G	V	Q	I	S	S	G	D	T	L	A	R	I	P	Q	E	S	G	G	T	K	D	I	T	G	G	L	P	R	V	A	D	L	F	E	A	R	R	P	K	E	P	A	I	L	A	E	I	S	G	I
Query Conservation																							.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	F	T	I	W	S	E	D	N	A	D	K	L	I	I	R	C	R	I	I	R	D	D	D	R	K	A	E	D	D	D	N	M	I	E	E	D	V	F	L	K	T	I	E	G	H	M	L	E	S	I	S	L	R	G	V	P	N	I	T	R	V	Y	M	M	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									T	T		S	S											S						S	S				S		S												T	T				S	S			T	T									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1227	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.
		1163	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	S	F	G	K	E	T	K	G	K	R	R	L	V	I	T	P	V	D	G	S	D	P	Y	E	E	M	I	P	K	W	R	Q	L	N	V	F	E	G	E	R	V	E	R	G	D	V	I	S	D	G	P	E	A	P	H	D	I	L	R	L	R	G	V	H	A	V	T	R	Y	I	V	N	E	V	Q	D	V	Y	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	K	I	V	R	Q	I	E	D	G	T	F	E	R	A	D	E	W	V	L	E	T	D	G	I	N	L	T	E	A	M	T	V	E	G	V	D	A	T	R	T	Y	S	N	S	F	V	E	I	L	Q	I	L	G	I	E	A	T	R	S	A	L	L	K	E	L	R	N	V	I	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S	S														S				S	T	T	T	S	S	S	S			T	T	T				S									S															T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
											1293	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.
		1243	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.			.	.	.	.	.	1320
Predicted Secondary structure																																																																										.	.
Query SS confidence																																																																										.	.
Query Sequence		L	Q	G	V	K	I	N	D	K	H	I	E	V	I	V	R	Q	M	L	R	K	A	T	I	V	N	A	G	S	S	D	F	L	E	G	E	Q	V	E	Y	S	R	V	K	I	A	N	R	E	L	E	A	N	G	K	V	G	A	T	Y	S	R	D	L	L	G	I	T	K	A	S	L	.	.	A	T	E	S	F	I
Query Conservation																																																																										.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	D	G	S	Y	V	N	Y	R	H	L	A	L	L	C	D	V	M	T	S	R	G	H	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	A	I	T	R	H	G	I	N	R	A	E	T	G	A	L
Template Known Secondary structure		S	S	S																T	S	S	S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	T	S		S				S
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1364	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.
		1321	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	A	A	S	F	Q	E	T	T	R	V	L	T	E	A	A	V	A	G	K	R	D	E	L	R	G	L	K	E	N	V	I	V	G	R	L	I	P	A	G	T	G	Y	A	Y	H	Q	D	R	M	R	R	R	A	A	G	E	A	P	A	A	P	Q	V	T	A	E	D	A	S	A	S	L	A	E	L	L	N	A	G
Query Conservation
Alig confidence																																																																				.	.
Template Conservation																																																																				.	.
Template Sequence		M	R	C	S	F	E	E	T	V	E	I	L	M	D	A	A	A	S	G	E	K	D	D	C	K	G	I	S	E	N	I	M	L	G	Q	L	A	P	M	G	T	G	A	F	D	I	Y	L	D	Q	D	M	L	M	N	Y	S	L	G	T	A	V	P	T	L	A	.	.	G	S	G	M	G	T	S	Q	L	P	E	G
Template Known Secondary structure							S			T							G	G	G	T			B					S	T	T	G	G	G	T		S				S	S	T	T	S														S						S	G	G	G	.	.	G				S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																				.	.
Template SS confidence
		1404	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.			1470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1480	.
		1401	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	G	G	S	D	N	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	G	T	P	Y	E	R
Template Known Secondary structure		T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1482	.	.	.	.	.	.