Job Description P0A8T7 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:20:19 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 1202 % Identity 24% Template c1i6hA_ PDB info PDB header:transcription/dna-rna hybrid Chain: A: PDB Molecule:dna-directed rna polymerase ii largest subunit; PDBTitle: rna polymerase ii elongation complex Resolution 3.30 Å

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		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	A	Q	T	K	T	E	E	F	D	A	I	K	I	A	L	A	S	P	D	M	I	R	S	W	S	F	G	E	V	K	K	P	E	T	I	N	Y	R	T	F	K	P	E	R	D	G	L	F	C	A	R	I	F	G	P	V	K	D	Y	E	C	L	C	G	K	Y	K	R	L	K	H	R	G	V	I	C	E	K	C
Query Conservation
Alig confidence																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	S	S	A	P	L	R	T	V	K	E	V	Q	F	G	L	F	S	P	E	E	V	R	A	I	S	V	A	K	I	R	F	P	E	T	M	D	E	T	Q	T	R	A	K	I	G	G	L	N	D	P	R	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	S	I	D	R	N	L	K	C	Q	T	C
Template Known Secondary structure				S	S																																S		B	T	T	B	S	S			S	S	S	S		S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	T	T				S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.																.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	V	E	V	T	Q	T	K	V	R	R	E	R	M	G	H	I	E	L	A	S	P	T	A	H	I	W	F	L	K	S	L	P	S	R	I	G	L	L	L	D	M	P	L	R	D	I	E	R	V	L	Y	F	E	S	Y	V	V	I	E	G	G	M	T	N	L	E	R	Q	Q	I	L	T	E	E	Q	Y	L	D	A
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.
Template Conservation										.	.	.
Template Sequence		Q	E	G	M	N	E	C	P	.	.	.	G	H	F	G	H	I	D	L	A	K	P	V	F	H	V	G	F	I	A	K	I	K	K	V	C	E	C	V	C	M	H	C	G	K	L	L	L	D	E	H	N	E	L	M	R	Q	A	L	A	I	K	D	S	K	K	R	F	A	A	I	W	T	L	C	K	T	K	M	V
Template Known Secondary structure					S	S	S			.	.	.															G	G	G									T	T			T	T	T	T			S			T	T	S					T	T	T	S															S	S	S			B
Template Predicted Secondary structure										.	.	.
Template SS confidence
		71	.	.	.	.	.	.	.				.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	E	E	F	G	D	E	F	D	A	K	M	G	A	E	A	I	Q	A	L	L	K	S	M	D	L	E	Q	E	C	E	Q	L	R	E	E	L	N	E	T	N	S	E	T	K	R	K	K	L	T	K	R	I	K	L	L	E	A	F	V	Q	S	G	N	K	P	E	W	M	I	L	T	V	L	P	V	L	P	P	D
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		C	E	T	D	V	P	S	L	V	S	R	G	G	C	G	N	T	Q	P	T	I	R	K	D	G	L	K	L	V	G	S	W	K	L	R	V	L	S	T	E	E	I	L	N	I	F	K	H	I	S	V	K	D	F	T	S	L	G	F	N	E	V	F	S	R	P	E	W	M	I	L	T	C	L	P	V	P	P	P	P
Template Known Secondary structure				S									S					B								T	T																						T									T	T			S	S	S			G	G	G	S										T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		148	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	R	P	L	V	P	L	D	G	G	R	F	A	T	S	D	L	N	D	L	Y	R	R	V	I	N	R	N	N	R	L	K	R	L	L	D	L	A	A	P	D	I	I	V	R	N	E	K	R	M	L	Q	E	A	V	D	A	L	L	D	N	G	R	R	G	R	A	I	T	G	S	N	K	R	P	L	K	S	L	A
Query Conservation
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																							.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																							.	.	.	.	.
Template Sequence		V	R	P	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	D	D	L	T	F	K	L	A	D	I	L	K	A	N	I	S	L	E	T	L	E	H	N	G	A	P	H	H	A	I	E	E	A	E	S	L	L	Q	F	H	V	A	T	Y	M	D	N	D	I	A	G	Q	P	.	.	.	.	.	Q	A	P	V	K	S	I	R
Template Known Secondary structure		T	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.																								S				S	T	T	S														T	T		S	S	S	S	S			.	.	.	.	.							S
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																							.	.	.	.	.
Template SS confidence
		246	.	.	.										250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.						.	.	.	.	.	.	310	.
		329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																																	.
Query SS confidence																																																																																	.
Query Sequence		D	M	I	K	G	K	Q	G	R	F	R	Q	N	L	L	G	K	R	V	D	Y	S	G	R	S	V	I	T	V	G	P	Y	L	R	L	H	Q	C	G	L	P	K	K	M	A	L	E	L	F	K	P	F	I	Y	G	K	L	E	L	R	G	L	A	T	T	I	K	A	A	K	K	M	V	E	R	E	E	A	V	.
Query Conservation																																																																																	.
Alig confidence																																																																																	.
Template Conservation
Template Sequence		A	R	L	K	G	K	E	G	R	I	R	G	N	L	M	G	K	R	V	D	F	S	A	R	T	V	I	S	G	D	P	N	L	E	L	D	Q	V	G	V	P	K	S	I	A	K	T	L	T	Y	P	E	V	V	T	P	Y	N	I	D	R	L	T	Q	L	V	R	N	G	P	N	E	H	P	G	A	K	Y	V	I
Template Known Secondary structure					S	S	S	S	S					T	T	S	S				S	S										T	T	S		T	T												S								T	T	T												T	T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		327	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.
																								408	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	W	D	I	L	D	E	V	I	R	E	H	P	V	L	L	N	R	A	P	T	L	H	R	L	G	I	Q	A	F	E	P	V	L	I	E	G	K	A	I	Q	L	H	P	L	V	C	A	A	Y	N	A	D	F	D	G	D	Q
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	D	S	G	D	R	I	D	L	R	Y	S	K	R	A	G	D	I	Q	L	Q	Y	G	W	K	V	E	R	H	I	M	D	N	D	P	V	L	F	N	R	Q	P	S	L	H	K	M	S	M	M	A	H	R	V	K	V	I	P	Y	S	T	F	R	L	N	L	S	V	T	S	P	Y	N	A	D	F	D	G	D	E
Template Known Secondary structure			T	T						T	T	S		G	G	G	S						T	T									T	T								S	S			S	S	T	T										S	S	S	S					G	G	G					T			T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		407	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.
		466	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.		.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.
Query SS confidence																																																			.
Query Sequence		M	A	V	H	V	P	L	T	L	E	A	Q	L	E	A	R	A	L	M	M	S	T	N	N	I	L	S	P	A	N	G	E	P	I	I	V	P	S	Q	D	V	V	L	G	L	Y	Y	M	T	.	R	D	C	V	N	A	K	G	E	G	M	V	L	T	G	P	K	E	A	E	R	L	Y	R	S	G	L	A	S	L
Query Conservation																																																			.
Alig confidence																																																			.																.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																			.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	N	L	H	V	P	Q	S	E	E	T	R	A	E	L	S	Q	L	C	A	V	P	L	Q	I	V	S	P	Q	S	N	K	P	C	M	G	I	V	Q	D	T	L	C	G	I	R	K	L	T	L	R	D	T	F	I	E	L	D	Q	V	L	N	M	L	Y	.	.	.	.	.	.	W	V	P	D	W	D	G	V	I
Template Known Secondary structure									S											S	B	T	G	G	G	S	B		S	S	S	S	S	B	S																S	T	T														.	.	.	.	.	.		S	T	T			S
Template Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		487	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.							.	.	.	.	.	.	.	.	560
		545	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.									.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.					.	.	.	.	.	.	.	610	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.
Query Sequence		H	A	R	V	K	V	R	I	T	E	Y	E	K	D	A	N	G	E	L	V	A	K	T	S	L	K	D	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	V	G	R	A	I	L	W	M	I	V	P	K	G	L	P	Y	S	I	V	N	Q	A	L	G	K	K	A	I	S	.	.	.	.	K	M	L	N	T	C	Y	R	I	L
Query Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.
Template Sequence		P	.	.	.	T	P	A	I	I	K	P	K	P	L	W	S	G	K	Q	I	L	S	V	A	I	P	N	G	I	H	L	Q	R	F	D	E	G	T	T	L	L	S	P	K	D	N	G	M	L	I	I	D	G	Q	I	I	F	G	V	V	E	K	K	T	V	G	S	S	N	G	G	L	I	H	V	V	T	R	E	K
Template Known Secondary structure			.	.	.			S			S	S	S													S		T	T								T	T			S	S		T	T	S		S					T	T					S			S					S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure			.	.	.
Template SS confidence
		561				.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.
		613	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.					650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.
Query Sequence		G	L	K	P	T	V	I	F	A	D	Q	I	M	Y	T	G	F	A	Y	A	A	R	S	G	A	S	V	G	I	D	D	M	V	I	P	E	K	.	.	.	.	K	H	E	I	I	S	E	A	E	A	E	V	A	E	I	Q	E	Q	F	Q	S	G	L	V	T	A	G	E	R	Y	N	K	V	I	D	I	W	A	A
Query Conservation																																							.	.	.	.
Alig confidence																																							.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	P	Q	V	C	A	K	L	F	G	N	I	Q	K	V	V	N	F	W	L	L	H	N	G	F	S	T	G	I	G	D	T	I	A	D	G	P	T	M	R	E	I	T	E	T	I	A	E	A	K	K	K	V	L	D	V	T	K	E	A	Q	A	N	L	L	T	A	K	H	G	M	T	L	R	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																							T	T						G	G	G	G																														T	T						T	T	S				.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		638	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.
		689	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	N	D	R	V	S	K	A	M	M	D	N	L	Q	T	E	T	V	I	N	R	D	G	Q	E	E	K	Q	V	S	F	N	S	I	Y	M	M	A	D	S	G	A	R	G	S	A	A	Q	I	R	Q	L	A	G	M	R	G	L	M	A	K	P	D	G	S	I	I	E	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.
Template Sequence		.	.	E	S	F	E	D	N	V	V	R	F	L	N	E	A	R	D	K	A	G	R	L	A	E	V	N	L	K	D	L	N	N	V	K	Q	M	V	M	A	G	S	K	G	S	F	I	N	I	A	Q	M	S	A	C	V	G	Q	Q	S	V	E	G	K	R	I	A	F	G	F	V	D	R	T	L	P	H	F	S	K
Template Known Secondary structure		.	.																										S		T	T								T	T	T	S	S											S							B	T	T	B	S				S	B	T	T	B	S	S	T	T	S		S
Template Predicted Secondary structure		.	.
Template SS confidence
				712	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.
												759	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	T	A	N	F	R	E	G	L	N	V	L	Q	Y	F	I	S	T	H	G	A	R	K	G	L	A	D	T	A	L	K	T	A	N	S	G	Y	L	T	R	R	L	V	D	V	A	Q	D	L	V	V	T	E	D	D	C	G	T	H	E	G	I	M	M	T	P	V	I	E	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	D	Y	S	P	E	S	K	G	F	V	E	N	S	Y	L	R	G	L	T	P	Q	E	F	F	F	H	A	M	G	G	R	E	G	L	I	D	T	A	V	K	T	A	E	T	G	Y	I	Q	R	R	L	V	K	A	L	E	D	I	M	V	H	Y	D	N	T	T	R	N	S	L	G	N	V	I	Q	F	I	Y	G
Template Known Secondary structure		S			S	T	T	T	T	T				S		T	T	T																																								T	T					T	T	S					T	T						S	S	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		829	830	.	.	.	.	.	.																																																										.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	D	V	K	E	P	L	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	R	V	L	G	R	V	T	A	E	D	V	L	K	P
Query Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	D	G	M	D	A	A	H	I	E	K	Q	S	L	D	T	I	G	G	S	D	A	A	F	E	K	R	Y	R	V	D	L	L	N	T	D	H	T	L	D	P	S	L	L	E	S	G	S	E	I	L	G	D	L	K	L	Q	V	L	L	D	E	E	Y	K	Q	L	V	K	D	R	K	F	L	R	E	V	F	V	D
Template Known Secondary structure		G	T	T	B		G	G	G							T	T	S	S	S													S	S		T	T	S	S			T	T	T	S	S	S	S	T	T	T	T	T																											T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		852	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.																																																						.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	T	A	D	I	L	V	P	R	N	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	H	E	Q	W	C	D	L	L	E	E	N	S	V	D
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	E	A	N	W	P	L	P	V	N	I	R	R	I	I	Q	N	A	Q	Q	T	F	H	I	D	H	T	K	P	S	D	L	T	I	K	D	I	V	L	G	V	K	D	L	Q	E	N	L	L	V	L	R	G	K	N	E	I	I	Q	N	A	Q	R	D	A	V	T	L	F	C	C	L	L	R	S	R	L	A	T	R
Template Known Secondary structure										S											T	T	T	T			T	T	S																	T	T	S			S					S										T	T											S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		879	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	V	K	V	R	S	V	V	S	C	D	T	D	F	G	V	C	A	H	C	Y	G	R	D	L	A	R	G	H	I	I	N	K	G	E	A	I	G	V	I	A	A	Q	S	I	G	E	P	G	T	Q	L	T	M	R	T	F	H	I	G	G	A	A	S	R	A	A	A	E	S	S	I	Q	V	K	N	K	G	S	I
Query Conservation
Alig confidence																									.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	V	L	Q	E	Y	R	L	T	K	Q	A	F	D	W	V	L	S	N	I	E	A	Q	.	.	F	L	R	S	V	V	H	P	G	E	M	V	G	V	L	A	A	Q	S	I	G	E	P	A	T	Q	M	T	L	K	K	V	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Template Known Secondary structure						T	S																		.	.					B			T	T													T	T	T	T	T						S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																									.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.			.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.																						.
		959	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	L	S	N	V	K	S	V	V	N	S	S	G	K	L	V	I	T	S	R	N	T	E	L	K	L	I	D	E	F	G	R	T	K	E	S	Y	K	V	P	Y	G	A	V	L	A	K	G	D	G	E	Q	V	A	G	G	E	T	V	A	N	W	D	P	H	T	M	P	V	I	T	E	V	S	G	F	V	R	F	T
Query Conservation
Alig confidence																											.	.
Template Conservation																											.	.
Template Sequence		G	V	P	R	L	K	E	I	L	N	V	A	K	N	M	K	T	P	S	L	T	V	Y	L	E	.	.	P	G	H	A	A	D	Q	E	Q	A	K	L	I	R	S	A	I	E	H	T	T	L	K	S	V	T	I	A	S	E	I	Y	Y	D	P	D	P	R	S	T	V	I	P	E	D	E	E	I	I	Q	L	H	F
Template Known Secondary structure												T		S	S		S	S							B		.	.	S	S		S	S													S				S	G	G	G												T	T	S		S	S	G	G	G						T	S	S
Template Predicted Secondary structure																											.	.
Template SS confidence
		1097	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.			.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.
		1039	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.		.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.
Query SS confidence																																						.
Query Sequence		D	M	I	D	G	Q	T	I	T	R	Q	T	D	E	L	T	G	L	S	S	L	V	V	L	D	S	A	E	R	T	A	G	G	K	D	L	.	R	P	A	L	K	I	V	D	A	Q	G	N	D	V	L	I	P	G	T	D	M	P	A	Q	Y	F	L	P	G	K	A	I	V	Q	L	E	D	G	V	Q	I	S	S
Query Conservation																																						.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.																												.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	L	Q	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	P	W	L	L	R	L	E	L	D	R	A	A	M	N	D	K	D	L	T	M	G	Q	V	G	E	R	I	K	Q	T	F	K	N	D	L	F	V	I	W	S	E	D	N	D	E	K	L	I	.	.	.	.	.	.	.	.	I	R	C	R	V	V	A	E
Template Known Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S															T	T												T	T	S		S	S	S							T	T	S	S	S			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1175	.	.	.												.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.	.	.	.	.	.	.									.	.	1230	.	.	.	.	.
		1118	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	D	T	L	A	R	I	P	Q	E	S	G	G	T	K	D	I	T	G	G	L	P	R	V	A	D	L	F	E	A	R	R	P	K	E	P	A	I	L	A	E	I	S	G	I	V	S	F	G	K	E	T	K	G	K	R	R	L	V	I	T	P	V	D	G	S	D	P	Y	E	E	M	I	P	K	W	R	Q	L	N
Query Conservation
Alig confidence																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	D	H	M	L	K	K	I	E	N	T	M	L	E	N	I	T	L	R	G	V	E	N	I	E	R	V	V	M	M	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	D	R	K	V	P	S	P	T	G	E	Y	V	K	E	P	E	W	V	L	E	T	D	G	V	N
Template Known Secondary structure			T	T																	S		T	T									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T	T	S	S													S
Template Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1256	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.
		1198	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	F	E	G	E	R	V	E	R	G	D	V	I	S	D	G	P	E	A	P	H	D	I	L	R	L	R	G	V	H	A	V	T	R	Y	I	V	N	E	V	Q	D	V	Y	R	L	Q	G	V	K	I	N	D	K	H	I	E	V	I	V	R	Q	M	L	R	K	A	T	I	V	N	A	G	S	S	D	F	L	E	G
Query Conservation
Alig confidence																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	S	E	V	M	T	V	P	G	I	D	P	T	R	I	Y	T	N	S	F	I	D	I	M	E	V	L	G	I	E	A	G	R	A	A	L	Y	K	E	V	Y	N	V	I	A	S	D	G	S	Y	V	N	Y	R	H	M	A	L	L	V	D	V	M	T	T	Q	G	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						T	T	S	S	S	B		T	T	T				S																												T	T	S																	T	T	S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1313	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.
		1278	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.			.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.
Query SS confidence																																								.	.
Query Sequence		E	Q	V	E	Y	S	R	V	K	I	A	N	R	E	L	E	A	N	G	K	V	G	A	T	Y	S	R	D	L	L	G	I	T	K	A	S	L	A	.	.	T	E	S	F	I	S	A	A	S	F	Q	E	T	T	R	V	L	T	E	A	A	V	A	G	K	R	D	E	L	R	G	L	K	E	N	V	I	V	G	R
Query Conservation																																								.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	V	T	R	H	G	F	N	R	S	N	T	G	A	L	M	R	C	S	F	E	E	T	V	E	I	L	F	E	A	G	A	S	A	E	L	D	D	C	R	G	V	S	E	N	V	I	L	G	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S					T	T	S	S								T	T	T												T	T					S		S							T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																															1382	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.
		1356	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	I	P	A	G	T	G	Y	A	Y	H
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		M	A	P	I	G	T	G	A	F	D	V
Template Known Secondary structure				S	S	G	G	G	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1433	.	.	.	.	.	.	1440	.	.	.