Job Description P76128 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:19:19 GMT 2012 Rank 14 Aligned Residues 474 % Identity 22% Template c2o7jA_ PDB info PDB header:sugar binding protein Chain: A: PDB Molecule:oligopeptide abc transporter, periplasmic PDBTitle: the x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose2 binding protein bound with cellopentaose Resolution 1.50 Å

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		28	.	30	.	.	.	.	.	.	.			.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.
Query SS confidence												.	.
Query Sequence		P	K	D	M	L	V	I	G	K	A	.	.	A	D	P	Q	T	L	D	P	A	V	T	I	D	N	N	D	W	T	V	T	Y	P	S	Y	Q	R	L	V	Q	Y	K	T	D	G	D	K	G	S	T	D	V	E	G	D	L	A	S	S	W	K	A	S	D	D	Q	K	E	W	T	F	T	L	K	D	N	A	K	F
Query Conservation												.	.
Alig confidence												.	.																	.	.																.	.	.	.																		.
Template Conservation																														.	.																.	.	.	.																		.
Template Sequence		R	E	D	T	V	Y	I	G	G	A	L	W	G	P	A	T	T	W	N	L	Y	A	P	Q	S	T	W	G	.	.	T	D	Q	F	M	Y	L	P	A	F	Q	Y	D	L	G	.	.	.	.	R	D	A	W	I	P	V	I	A	E	R	Y	E	F	V	D	D	.	K	T	L	R	I	Y	I	R	P	E	A	R	W
Template Known Secondary structure		G	G	G						S	S			S					S		T	T	S	S	S			T	T	.	.					T	S			S					T	T	.	.	.	.	T	T					S	S									T	.	T								T	T		B
Template Predicted Secondary structure																														.	.																.	.	.	.																		.
Template SS confidence
		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.			.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.					.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.		.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
		106	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.		.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.																																												.	.	.	.	.
Query SS confidence																																	.																																												.	.	.	.	.
Query Sequence		A	D	G	T	P	V	T	A	E	A	V	K	L	S	F	E	R	L	L	K	I	G	Q	G	P	A	E	A	F	P	K	.	D	L	K	I	D	A	P	D	E	H	T	V	K	F	T	L	S	Q	P	F	A	P	F	L	Y	T	L	A	N	D	G	A	S	I	I	N	P	A	V	L	K	E	H	.	.	.	.	.
Query Conservation																																	.																																												.	.	.	.	.
Alig confidence																																	.																																												.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	D	G	V	P	I	T	A	D	D	F	V	Y	A	L	E	L	T	K	E	L	G	I	G	P	G	G	G	W	D	T	Y	I	E	Y	V	K	A	V	D	T	K	V	V	E	F	K	A	K	E	E	N	L	N	Y	F	Q	F	L	S	Y	S	L	G	A	Q	P	M	P	K	H	V	Y	E	R	I	R	A	Q	M
Template Known Secondary structure		T	T	S		B																	T		S	T	T	T	T													T	T								S	T	T												T																S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
		180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220					.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.	.
Query Sequence		A	A	D	D	A	R	G	F	L	A	Q	N	T	A	G	S	G	P	F	M	L	K	S	W	Q	K	G	Q	Q	L	V	L	V	P	N	P	H	Y	P	G	N	.	.	.	.	K	P	N	F	K	R	V	S	V	K	I	I	G	E	S	A	S	R	R	L	Q	L	S	R	G	D	I	D	I	A	D	A	L	P	V
Query Conservation																																											.	.	.	.
Alig confidence																											.																.	.	.	.
Template Conservation																											.
Template Sequence		N	I	K	D	W	I	N	D	K	P	E	E	Q	V	V	S	G	P	Y	K	L	Y	Y	Y	D	.	P	N	I	V	V	Y	Q	R	V	D	D	W	W	G	K	D	I	F	G	L	P	R	P	K	Y	L	A	H	V	I	Y	K	D	N	P	S	A	S	L	A	F	E	R	G	D	I	D	W	N	G	L	F	I	P
Template Known Secondary structure			G	G	G						T	T	T				S	S	S								.	T	T								T	T		T	T								S		S								S	S										T	T			S							T
Template Predicted Secondary structure																											.
Template SS confidence
		158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.		.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
		256	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.							.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.																																																						.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.																																																						.
Query Sequence		D	Q	L	N	A	L	K	Q	E	N	K	V	N	V	A	E	Y	P	S	L	.	.	.	.	.	.	R	V	T	Y	L	Y	L	N	N	S	K	A	P	L	N	Q	A	D	L	R	R	A	I	S	W	S	T	D	Y	Q	G	M	V	N	G	I	L	S	G	N	G	K	Q	M	R	G	P	I	P	E	G	M	W	.
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.																																																						.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.																																																						.
Template Conservation
Template Sequence		S	V	W	E	L	W	E	K	K	G	L	P	V	G	T	W	Y	K	K	E	P	Y	F	I	P	D	G	V	G	F	V	Y	V	N	N	T	K	P	G	L	S	D	P	A	V	R	K	A	I	A	Y	A	I	P	Y	N	E	M	L	K	K	A	Y	F	G	Y	G	S	Q	A	H	P	S	M	V	I	D	L	F	E
Template Known Secondary structure		T	T	T					T	S			S				S		S	S	T	T		S												T	T	S	T	T	T	T	S											S									T	S	T	T	S	S		B			T	T				T	T	S	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
															329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.														.	.	.	.		.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Y	D	A	T	A	M	Q	Y	N	H	D	E	T	K	A	K	A	E	W	D	K	V	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	P	T	S	.	L	T	F	L	Y	S	D	N	D	P	N	W	E	P	I	A	L	A	T	Q	S	S	L	N
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					.
Template Conservation
Template Sequence		P	Y	K	Q	Y	I	D	Y	E	L	A	K	K	T	F	G	T	E	D	G	R	I	P	F	D	L	D	M	A	N	K	I	L	D	E	A	G	Y	K	K	G	P	D	G	V	R	V	G	P	D	G	T	K	L	G	P	Y	T	I	S	V	P	Y	G	W	T	D	W	M	M	M	C	E	M	I	A	K	N	L	R
Template Known Secondary structure		G	G	G	G	G	S											S	S	S																	T	T					T	T	S					T	T	S		B			S							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		317	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.
		382	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.		.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.							.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.																										.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																	.																										.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	L	G	I	I	V	K	L	E	K	L	A	N	A	T	M	R	D	R	V	G	K	G	D	Y	D	I	A	I	G	N	.	W	S	P	D	F	A	D	P	Y	M	F	M	N	Y	W	F	E	S	D	K	K	G	L	P	G	.	.	.	.	.	.	N	R	S	F	Y	E	N	S	E	V	D	K	L	L	R	N	A
Query Conservation																																	.																										.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																	.																										.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	I	G	I	D	V	K	T	E	F	P	D	F	S	V	W	A	D	R	M	T	K	G	T	F	D	L	I	I	S	W	S	V	G	P	S	F	D	H	P	F	N	I	Y	R	F	V	L	D	K	R	L	S	K	P	V	G	E	V	T	W	A	G	D	W	E	R	Y	D	N	D	E	V	V	E	L	L	D	K	A
Template Known Secondary structure			T	T																				T			S											T	T	T	T										G	G	G				T	T	S			S	S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		397	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.
		455	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.		.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.
Predicted Secondary structure																																									.
Query SS confidence																																									.
Query Sequence		L	A	T	T	D	Q	T	Q	R	T	R	D	Y	Q	Q	A	Q	K	I	V	I	D	D	A	A	Y	V	Y	L	F	Q	K	N	Y	Q	L	A	M	N	.	K	E	V	K	G	F	V	F	N	P	M	L	E	Q	V	F	N	I	N
Query Conservation																																									.
Alig confidence																																									.							.	.	.
Template Conservation																																																.	.	.
Template Sequence		V	S	T	L	D	P	E	V	R	K	Q	A	Y	F	R	I	Q	Q	I	I	Y	R	D	M	P	S	I	P	A	F	Y	T	A	H	W	Y	E	Y	S	T	K	Y	W	I	N	W	.	.	.	P	S	E	D	N	P	A	W	F	R
Template Known Secondary structure		T	S	S																							S															S	S					.	.	.		B	T	T	B		S		S
Template Predicted Secondary structure																																																.	.	.
Template SS confidence
		477	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.				.	.	.	.	.	.	.	530	.	.