Job Description P00861 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:56:56 GMT 2012 Rank 15 Aligned Residues 380 % Identity 22% Template c3nzpA_ PDB info PDB header:lyase Chain: A: PDB Molecule:arginine decarboxylase; PDBTitle: crystal structure of the biosynthetic arginine decarboxylase spea from2 campylobacter jejuni, northeast structural genomics consortium target3 br53 Resolution 3.00 Å

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		16	.	.	.	20	.	.	.						.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.														.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.					70	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.
Query Sequence		N	L	L	R	L	P	A	E	.	.	.	.	.	F	G	C	P	V	W	V	Y	D	A	Q	I	I	R	R	Q	I	A	A	L	K	Q	F	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	V	R	F	A	Q	K	A	C	S	N	I	H	I	L	R	L	M	R	E	Q	G	.	.	.	.	V	K	V	D
Query Conservation										.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	I	I	D	I	V	K	E	L	R	D	D	G	Y	K	G	P	L	L	L	R	F	P	H	L	I	Q	K	Q	I	E	N	I	Y	G	N	F	N	K	A	R	K	E	F	G	Y	K	G	G	F	N	A	V	Y	P	L	K	V	N	Q	Y	P	G	F	V	K	N	L	V	K	L	G	K	D	Y	N	Y	G	L	E
Template Known Secondary structure		B											T	T			S																												T	T			S								G	G	G														T	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		74	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.						.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.	.	.
Query Sequence		S	V	S	L	G	E	I	E	R	A	L	A	A	G	Y	N	P	Q	T	H	P	D	D	I	V	F	T	A	D	V	I	D	Q	A	T	L	E	R	V	S	E	.	.	.	.	.	L	Q	I	P	V	N	A	G	S	V	D	M	L	D	Q	L	G	Q	V	S	P	G	H	R	V	W	L	R	V	N	P	G	F	G
Query Conservation																																											.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.								.												.	.	.	.	.																								.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.								.																																								.	.	.
Template Sequence		A	G	S	K	A	E	L	L	L	A	X	A	Y	N	N	E	G	A	.	.	.	.	P	I	T	V	N	G	F	.	K	D	R	E	L	I	N	I	G	F	I	A	A	E	X	G	H	N	I	T	L	T	I	E	G	L	N	E	L	E	A	I	I	D	I	A	K	E	R	.	.	.	F	K	P	K	P	N	I	G
Template Known Secondary structure				S											S		T	T	S	.	.	.	.						S		.															T	T								S	S												T	T	S	.	.	.		S
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.								.																																								.	.	.
Template SS confidence
		110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.					.	.	130	.	.	.	.		.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.				.	.	.	.	.	.	180	.
		149	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.			.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.					.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.		.	.	.	220	.
Predicted Secondary structure																																					.	.																				.	.	.	.															.
Query SS confidence																																					.	.																				.	.	.	.															.
Query Sequence		H	G	H	S	Q	K	T	N	T	G	G	E	N	S	K	H	G	I	W	Y	T	D	L	P	A	A	L	D	V	I	Q	R	H	H	L	.	.	Q	L	V	G	I	H	M	H	I	G	S	G	V	D	Y	A	H	L	E	.	.	.	.	Q	V	C	G	A	M	V	R	Q	V	I	E	F	G	.	Q	D	L	Q	A
Query Conservation																																					.	.																				.	.	.	.															.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.																										.	.																				.	.	.	.															.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	R	V	R	.	.	.	.	.	.	L	H	S	A	K	F	G	L	T	S	T	E	L	I	E	A	V	N	L	L	K	E	N	K	L	L	E	Q	F	T	X	I	H	F	H	L	G	S	Q	I	T	E	I	H	P	L	K	K	A	L	N	E	A	G	N	I	Y	T	E	L	R	K	X	G	A	K	N	L	K	A
Template Known Secondary structure				B		.	.	.	.	.	.		T	T				S	B															T	T		T	T	T										S		B			S																				T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		182	.	.	.							.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.
		222	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.					.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260		.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.																							.																																			.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.																							.																																			.	.
Query Sequence		I	S	A	G	G	G	L	S	V	P	Y	Q	Q	G	E	E	A	.	.	.	.	V	D	T	E	H	Y	Y	G	L	W	N	A	A	R	E	Q	I	A	R	H	L	G	.	H	P	V	K	L	E	I	E	P	G	R	F	L	V	A	Q	S	G	V	L	I	T	Q	V	R	S	V	K	Q	M	G	S	R	H	.	.
Query Conservation																			.	.	.	.																							.																																			.	.
Alig confidence																			.	.	.	.																							.																																			.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	N	L	G	G	G	L	A	V	E	Y	S	Q	F	K	N	E	K	S	R	N	Y	T	L	R	E	Y	A	N	D	V	V	F	I	L	K	N	I	A	E	Q	K	K	D	L	E	P	D	I	F	I	E	S	G	R	F	V	A	A	N	H	A	V	L	I	A	P	V	L	E	L	F	S	Q	E	Y	A	E	N	K
Template Known Secondary structure						S		B							S	S	S			S		S	S																				T	T																G	G	G																	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		269	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.
																																																																															295	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	V	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	I	L	K	K	Q	N	P	K	L	I	D	E	L	Y	D	L	Y	K	S	I	K	P	S	N	A	L	E	Y	L	H	D	S	I	D	H	L	E	S	I	L	T	L	F	D	L	G	Y	V	D	L	Q	D	R	S	N	A	E	I	L	T	H	L	I	T	K	K	A	I	L	L	L	G	E	V	Q	E	R	Y	L
Template Known Secondary structure		S				S	S																	T	T	T																				T	T	T	S	S																											S	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		349	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310		.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.				.	370	.	.	.
Predicted Secondary structure															.																																																											.	.	.
Query SS confidence															.																																																											.	.	.
Query Sequence		V	D	A	G	F	N	D	L	M	R	P	A	M	.	Y	G	S	Y	H	H	I	S	A	L	A	A	D	G	R	S	L	E	H	A	P	T	V	E	T	V	V	A	G	P	L	C	E	S	G	D	V	F	T	Q	Q	E	G	G	N	V	E	T	R	A	L	P	E	V	K	A	G	D	.	.	.	Y	L	V	L	H
Query Conservation															.																																																											.	.	.
Alig confidence															.																	.	.	.	.																										.	.	.											.	.	.
Template Conservation																																.	.	.	.																										.	.	.
Template Sequence		V	N	F	S	L	F	Q	S	X	P	D	F	W	G	L	E	Q	N	F	P	I	X	P	L	D	R	L	D	E	E	.	.	.	.	P	T	R	S	A	S	I	W	D	I	T	C	D	S	D	G	E	I	S	Y	S	K	D	K	P	.	.	.	L	F	L	H	D	V	D	V	E	K	E	N	Y	F	L	G	F	F
Template Known Secondary structure			S	S		T	T	T	T							S	S								S	S		T	T	S		.	.	.	.				B	B					S		S		T	T	S	B					S	S	S		.	.	.		B						T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.																										.	.	.
Template SS confidence
		442	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.					.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.				.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.
		374	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.		.	400	.				.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.				.	.	.
Query SS confidence																											.				.	.	.
Query Sequence		D	T	G	A	Y	G	A	S	M	S	S	N	Y	N	S	R	P	L	L	P	E	V	L	F	D	.	N	G	Q	.	.	.	A	R	L	I	R	R	R	Q	T	I	E	E	L	L	A
Query Conservation																											.				.	.	.
Alig confidence																											.				.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	V	G	A	Y	Q	E	V	L	G	X	K	H	N	L	F	T	H	P	T	E	A	I	I	S	I	N	E	K	G	Y	E	V	E	G	I	I	E	A	Q	S	I	L	D	T	L	E
Template Known Secondary structure		S		S	S	S	T	T	T	T				T	T	S													S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		515	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.