Job Description P00861 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:56:56 GMT 2012 Rank 18 Aligned Residues 391 % Identity 18% Template c3n2oA_ PDB info PDB header:lyase Chain: A: PDB Molecule:biosynthetic arginine decarboxylase; PDBTitle: x-ray crystal structure of arginine decarboxylase complexed with2 arginine from vibrio vulnificus Resolution 2.30 Å

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		16	.	.	.	20	.	.	.						.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.														.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.								70
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	L	L	R	L	P	A	E	.	.	.	.	.	F	G	C	P	V	W	V	Y	D	A	Q	I	I	R	R	Q	I	A	A	L	K	Q	F	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	V	R	F	A	Q	K	A	C	S	N	I	H	I	L	R	L	M	R	E	Q	G	.	.	.	.	.	.	.	V
Query Conservation										.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	L	S	K	I	V	K	Q	L	E	E	R	Q	L	N	V	P	V	L	V	R	F	P	Q	I	L	H	Q	R	V	H	S	I	C	D	A	F	N	Q	A	I	E	E	Y	Q	Y	P	N	K	Y	L	L	V	Y	P	I	K	V	N	Q	Q	R	E	V	V	D	E	I	L	A	S	Q	A	Q	L	E	T	K	Q	L
Template Known Secondary structure													T	T			S	S																												T		S	S								G	G	G																	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		49	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.
		71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.						.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.					.	.	.	.	140	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Query Sequence		K	V	D	S	V	S	L	G	E	I	E	R	A	L	A	A	G	Y	N	P	Q	T	H	P	D	D	I	V	F	T	A	D	V	I	D	Q	A	T	L	E	R	V	S	E	L	.	.	.	.	.	Q	I	P	V	N	A	G	S	V	D	M	L	D	Q	L	G	Q	V	S	P	.	.	.	.	G	H	R	V	W	L
Query Conservation																																															.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.																					.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.
Template Sequence		G	L	E	A	G	S	K	P	E	L	L	A	V	L	A	M	A	Q	H	A	S	.	.	.	.	S	V	I	V	C	N	G	Y	K	D	R	E	Y	I	R	L	A	L	I	G	E	K	L	G	H	K	V	F	I	V	L	E	K	M	S	E	L	D	L	V	L	R	E	A	K	S	L	G	V	T	P	R	L	G	I
Template Known Secondary structure							S											T	S	S	S		.	.	.	.							S																T	T									S	T														T
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.
Template SS confidence
		129	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.					150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.
		142	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.			.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.					.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.																				.	.	.	.
Query SS confidence																																												.	.																				.	.	.	.
Query Sequence		R	V	N	P	G	F	G	H	G	H	S	Q	K	T	N	T	G	G	E	N	S	K	H	G	I	W	Y	T	D	L	P	A	A	L	D	V	I	Q	R	H	H	L	.	.	Q	L	V	G	I	H	M	H	I	G	S	G	V	D	Y	A	H	L	E	.	.	.	.	Q	V	C	G	A	M	V	R	Q	V	I	E	F
Query Conservation																																												.	.																				.	.	.	.
Alig confidence													.																															.	.																				.	.	.	.
Template Conservation													.
Template Sequence		R	I	R	L	A	S	Q	G	A	G	K	.	W	Q	A	S	G	G	E	K	S	K	F	G	L	S	A	S	Q	V	L	N	V	I	S	R	L	K	K	E	N	Q	L	D	T	L	Q	L	V	H	F	H	L	G	S	Q	M	A	N	I	R	D	V	R	N	G	V	N	E	S	A	R	F	Y	C	E	L	R	T	L
Template Known Secondary structure			B			S	T	T	S	T	T	T	.	T		S	S	S	S							B															T	T		G	G	G										S	S	B																							T
Template Predicted Secondary structure													.
Template SS confidence
		205	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.		.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.
		216	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.							.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.		.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.																											.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.																											.
Query Sequence		G	Q	D	L	Q	A	I	S	A	G	G	G	L	S	V	P	Y	.	.	.	.	.	.	Q	Q	G	E	E	A	V	D	T	E	H	Y	Y	G	L	W	N	A	A	R	E	Q	I	A	R	H	.	L	G	H	P	V	K	L	E	I	E	P	G	R	F	L	V	A	Q	S	G	V	L	I	T	Q	V	R	S	V	K
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.																											.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.																											.
Template Conservation
Template Sequence		G	A	N	I	T	Y	F	D	V	G	G	G	L	A	I	D	Y	D	G	T	R	S	Q	S	S	N	S	M	N	Y	G	L	V	E	Y	A	R	N	I	V	N	T	V	G	D	V	C	K	D	Y	K	Q	P	M	P	V	I	I	S	E	S	G	R	S	L	T	A	H	H	A	V	L	I	S	N	V	I	G	T	E
Template Known Secondary structure		T										S		B				T	T	S				S	S	T	T	S		S																						T																G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		284	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
		289	290	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	M	G	S	R	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	Y	K	P	E	T	V	T	E	P	E	E	D	F	P	L	L	L	N	N	M	W	R	S	W	L	N	L	H	N	G	T	D	A	R	A	L	I	E	I	Y	N	D	T	Q	S	D	L	A	E	V	H	S	Q	F	A	T	G	V	L	T	L	E	H	R	A	W	A	E	Q	T	S	L	R	I	Y	Y	E	L	N
Template Known Secondary structure													T	T														T		S	T	T	S																									T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		364	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.
																									295	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310		.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.				.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.																																				.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.																																				.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	V	L	V	D	A	G	F	N	D	L	M	R	P	A	M	.	Y	G	S	Y	H	H	I	S	A	L	A	A	D	G	R	S	L	E	H	A	P	T	V	E	T	V	V	A	G	P	L	C	E	S	G	.	.	.	D	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.																																				.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.																	.	.	.	.																.	.	.
Template Conservation																																																										.	.	.	.
Template Sequence		R	L	M	S	T	K	N	R	F	H	R	P	I	L	D	E	L	S	E	R	L	A	D	K	F	F	V	N	F	S	L	F	Q	S	L	P	D	S	W	G	I	D	Q	V	F	P	V	L	P	L	S	G	L	Q	N	A	.	.	.	.	A	D	R	R	A	V	M	L	D	I	T	C	D	S	D	G	A	I	D	A
Template Known Secondary structure				S		T	T	S	T	T												T							S	S																					S	S		G	G	G	T	.	.	.	.	T	S								S	S	S		T	T		B
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.
Template SS confidence
		444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.					500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		348	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.			.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.				.	400	.	.	.	.			.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.																																.	.	.							.	.
Query SS confidence																						.	.																																.	.	.							.	.
Query Sequence		F	T	Q	Q	E	G	G	N	V	E	T	R	A	L	P	E	V	K	A	G	.	.	D	Y	L	V	L	H	D	T	G	A	Y	G	A	S	M	S	S	N	Y	N	S	R	P	L	L	P	E	V	L	F	D	.	.	.	N	G	Q	A	R	L	.	.	I	R	R	R	Q	T	I	E	E	L	L	A
Query Conservation																						.	.																																.	.	.							.	.
Alig confidence				.																		.	.																																.	.	.							.	.
Template Conservation				.
Template Sequence		Y	V	.	D	G	Q	G	I	E	S	T	L	P	V	P	A	W	N	E	D	E	P	Y	L	M	G	F	F	L	V	G	A	Y	Q	E	I	L	G	D	M	H	N	L	F	G	D	T	H	S	V	V	V	N	V	G	D	Q	G	E	I	N	I	D	F	I	N	E	G	D	T	V	E	D	M	M	R
Template Known Secondary structure				.		T	T				S	S								T	T	S								S			S	S								G	G	G													T	T	S												B
Template Predicted Secondary structure				.
Template SS confidence
		520	.		.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.