Job Description P00861 Confidence 99.95% Date Thu Jan 5 10:56:56 GMT 2012 Rank 41 Aligned Residues 315 % Identity 16% Template c1niuA_ PDB info PDB header:isomerase Chain: A: PDB Molecule:alanine racemase; PDBTitle: alanine racemase with bound inhibitor derived from l-2 cycloserine Resolution 2.20 Å

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		23	.	.	.	.	.	.	30		.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.					.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.					.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70		.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.
Predicted Secondary structure										.																	.	.	.	.												.	.	.	.														.
Query SS confidence										.																	.	.	.	.												.	.	.	.														.
Query Sequence		E	F	G	C	P	V	W	V	.	Y	D	A	Q	I	I	R	R	Q	I	A	A	L	K	Q	F	.	.	.	.	D	V	V	R	F	A	Q	K	A	C	S	.	.	.	.	N	I	H	I	L	R	L	M	R	E	Q	G	V	.	K	V	D	S	V	S	L	G	E	I	E	R	A	L	A	A	G	Y	N	P	Q	T
Query Conservation										.																	.	.	.	.												.	.	.	.														.
Alig confidence										.																	.	.	.	.												.	.	.	.														.																					.	.
Template Conservation																																																																																.	.
Template Sequence		D	F	H	R	D	T	W	A	E	V	D	L	D	A	I	Y	D	N	V	E	N	L	R	R	L	L	P	D	D	T	H	I	M	A	V	V	K	A	N	A	Y	G	H	G	D	V	Q	V	A	R	T	A	L	E	A	G	A	S	R	L	A	V	A	F	L	D	E	A	L	A	L	R	E	K	G	I	E	A	.	.
Template Known Secondary structure					S	S																					S		T	T	S													T													T							S	S										T	T			S	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
		93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170		.
Predicted Secondary structure																																																																																.
Query SS confidence																																																																																.
Query Sequence		H	P	D	D	I	V	F	T	A	D	V	I	D	Q	A	T	L	E	R	V	S	E	L	Q	I	P	V	N	A	G	S	V	D	M	L	D	Q	L	G	Q	V	S	P	G	H	R	V	W	L	R	V	N	P	G	F	G	H	G	H	S	Q	K	T	N	T	G	G	E	N	S	K	H	G	I	W	Y	T	D	.	L
Query Conservation																																																																																.
Alig confidence		.	.	.									.																																					.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Template Conservation		.	.	.									.																																					.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	P	I	L	V	L	G	A	S	.	R	P	A	D	A	A	L	A	A	Q	Q	R	I	A	L	T	V	F	R	S	D	W	L	E	E	A	S	A	L	Y	S	G	P	F	P	I	.	.	H	F	H	L	M	D	T	G	M	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	L	G	V	K	D	E	E	E	T
Template Known Secondary structure		.	.	.						S			.		G	G	G							T	T																T	T				S	S			.	.							S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S			S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.									.																																					.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
					81	.	.	.	.	.	.	.		.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.			.	.	.	.	.	130	.	.	.	.											.	.	.	.	.	140	.	.	.	.
		172	.	.	.	.	.	.		.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.			.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.																		.	.
Query SS confidence									.																		.	.
Query Sequence		P	A	A	L	D	V	I	.	Q	R	H	H	L	Q	L	V	G	I	H	M	H	I	G	S	G	.	.	V	D	Y	A	H	L	E	Q	V	C	G	A	M	V	R	Q	V	I	E	F	G	Q	D	L	Q	A	I	S	A	G	G	G	L	S	V	P	Y	Q	Q	G	E	E	A	V	D	T	E	H	Y	Y	G	L	W
Query Conservation									.																		.	.
Alig confidence									.																		.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	R	I	V	A	L	I	E	R	H	P	H	F	V	L	E	G	L	Y	T	H	F	A	T	A	D	E	V	N	T	D	Y	F	S	Y	Q	Y	T	R	F	L	H	M	L	E	W	L	P	S	R	P	P	L	V	H	C	A	N	S	A	A	S	L	R	F	P	D	R	T	F	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure											S	T	T											S	S	T	T	S	S																	T	T	S	S	S			S														G	G	G		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.																290	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	A	A	R	E	Q	I	A	R	H	L	G	H	P	V	K	L	E	I	E	P	G	R	F	L	V	A	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	V	L	I	T	Q	V	R	S	V	K	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	G	S	R	H	F	V	L
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	V	R	F	G	I	A	M	Y	G	L	A	P	S	P	G	I	K	P	L	L	P	Y	P	L	K	E	A	F	S	L	H	S	R	L	V	H	V	K	K	L	Q	P	G	E	K	V	S	Y	G	A	T	Y	T	A	Q	T	E	E	W	I	G	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						G	G	G	G	T			S		S	T	T	G	G	G		S	S																				T	T				S	G	G	G						S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																			217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Query SS confidence																																																																														.	.	.	.
Query Sequence		V	D	A	G	F	N	D	L	M	R	P	A	M	Y	G	S	Y	H	H	I	S	A	L	A	A	D	G	R	S	L	E	H	A	P	T	V	E	T	V	V	A	G	P	L	C	E	S	G	D	V	F	T	Q	Q	E	G	G	N	V	E	T	R	A	L	P	E	V	K	A	G	D	Y	L	V	L	H	.	.	.	.
Query Conservation																																																																														.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.										.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	P	I	G	Y	A	D	G	W	L	R	R	L	Q	H	F	H	V	L	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	Q	K	A	P	I	V	G	R	I	C	M	.	.	D	Q	C	M	I	R	L	P	G	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	P	V	G	T	K	V	T	L	I	G	R	Q	G
Template Known Secondary structure			S			G	G	G	T			G	G	G	G	G						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T							S				S	.	.	S							S	S	.	.	.	.	.	.	.	.				T	T										T
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.										.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.														300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.			.	.	.	.	.	.	.	320	.									.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.
															374	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	T	G	A	Y	G	A	S	M	S	S	N	Y	N	S	R	P	L	L	P	E	V	L	F	D	N	G	Q	A	R	L	I	R	R	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.
Template Conservation																											.	.	.	.
Template Sequence		D	E	V	I	S	I	D	D	V	A	R	H	L	E	T	I	N	Y	E	V	P	C	T	I	S	.	.	.	.	Y	R	V	P	R	I	F	F	R	H	K	R	I	M	E	V	R	N	A
Template Known Secondary structure		T													T	S		T	T						S		.	.	.	.	T	T	S							T	T								T
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.
Template SS confidence
		337	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.					.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380