Job Description P0ABM9 Confidence 99.23% Date Thu Jan 5 11:15:51 GMT 2012 Rank 85 Aligned Residues 248 % Identity 12% Template c3ulqA_ PDB info PDB header:gene regulation/transcription activator Chain: A: PDB Molecule:response regulator aspartate phosphatase f; PDBTitle: crystal structure of the anti-activator rapf complexed with the2 response regulator coma dna binding domain Resolution 2.30 Å

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		51	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	A	D	S	N	S	M	I	A	T	D	L	R	Q	K	V	Y	E	L	M	Q	E	G	K	S	K	K	E	I	V	D	Y	M	V	A	R	Y	G	N	F	V	T	Y	D	P	P	L	T	P	L	T	V	L	L	W	V	L	P	V	V	A	I	G	I	G	G	W	V	I	Y	A	R	S	R	R	R	V	R	V	V
Query Conservation
Alig confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	R	R	F	S	I	P	D	A	E	Y	L	R	R	E	I	K	Q	E	L	D	Q	M	E	E	D	Q	D	L	H	L	Y	Y	S	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	E	F	R	H	N	L	M	L	E	Y	L	E	P	L	E	K	M	R	I	E	E
Template Known Secondary structure				T	T																		T	S													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													G	G	G	G	G	S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		21	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
		131	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.							.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	E	A	F	P	E	Q	S	V	P	E	G	K	R	A	G	Y	V	V	Y	L	P	G	I	V	V	A	L	I	V	A	G	V	S	Y	Y	Q	T	G	N	Y	Q	Q	V	K	I	W	Q	Q	A	T	A	Q	.	.	.	.	.	.	A	P	A	L	L	D	R	A	L	D	P	K	A	D	P	L	N	E	E	E	M
Query Conservation																																																							.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																							.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	P	R	L	S	D	L	L	L	E	I	D	K	K	Q	A	R	L	T	G	L	L	E	Y	Y	F	N	F	F	R	G	M	Y	E	L	D	Q	R	E	Y	L	S	A	I	K	F	F	K	K	A	E	S	K	L	I	F	V	K	D	R	I	E	K	A	E	F	F	F	K	M	S	E	S	Y	Y	Y	M	K	Q	T
Template Known Secondary structure		S														T																						T	T														T	T	G	G	G																					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
		205	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.								.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	R	L	A	L	G	M	R	T	Q	L	Q	K	N	P	G	D	.	.	.	.	.	.	.	I	E	G	W	I	M	L	G	R	V	G	M	A	L	G	N	A	S	I	A	T	D	A	Y	A	T	A	Y	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	F	S	M	D	Y	A	R	Q	A	Y	E	I	Y	K	E	H	E	A	Y	N	I	R	L	L	Q	C	H	S	L	F	A	T	N	F	L	D	L	K	Q	Y	E	D	A	I	S	H	F	Q	K	A	Y	S	M	A	E	A	E	K	Q	P	Q	L	M	G	R	T	L	Y	N	I	G	L	C	K	N	S	Q	S	Q
Template Known Secondary structure																	T		S	T	T																		T	T																			T	T																			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.
																																																												251	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	P	K	N	S	D	A	A	L	G	Y	A	E	A	L	T	R	S	S	D	P
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	E	D	A	I	P	Y	F	K	R	A	I	A	V	F	E	E	S	N	I	L	P	S	L	P	Q	A	Y	F	L	I	T	Q	I	H	Y	K	L	G	K	I	D	K	A	H	E	Y	H	S	K	G	M	A	Y	S	Q	K	A	G	D	V	I	Y	L	S	E	F	E	F	L	K	S	L	Y	L	S	G	P	D	E
Template Known Secondary structure																			T	T		G	G	G															T	T																				T																T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		238	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.
		273	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	D	N	R	L	G	G	E	L	L	R	Q	L	V	R	T	D	H	S	N	I	R	V	L	S	M	Y	A	F	N	A	F	E	Q	Q	R	F	G	E	A	V	A	A	W	E	M	M	L	K	L
Query Conservation
Alig confidence														.
Template Conservation														.
Template Sequence		E	A	I	Q	G	F	F	D	F	L	E	S	.	K	M	L	Y	A	D	L	E	D	F	A	I	D	V	A	K	Y	Y	H	E	R	K	N	F	Q	K	A	S	A	Y	F	L	K	V	E	Q	V
Template Known Secondary structure														.	T	T																			T	T
Template Predicted Secondary structure														.
Template SS confidence
		318	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Please cite: Protein structure prediction on the web: a case study using the Phyre server
Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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