Job Description P39370 Confidence 34.60% Date Thu Jan 5 12:00:04 GMT 2012 Rank 23 Aligned Residues 180 % Identity 10% Template d1vjga_ SCOP info Flavodoxin-like SGNH hydrolase Hypothetical protein alr1529 Resolution 2.01

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		13	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	T	V	A	G	Q	S	N	A	M	A	Y	G	E	G	L	P	L	P	D	R	E	D	A	P	H	P	R	I	K	Q	L	A	R	F	A	H	T	H	P	G	G	P	P	C	H	F	N	D	I	I	P	L	T	H	C	P	H	D	V	Q	D	M	Q	G	Y	H	H	P	L	A	T	N	H	Q	T	Q	Y	G	T
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	C	F	V	G	D	S	F	V	N	G	T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	P	E	C
Template Known Secondary structure							S					T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	S
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		11	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.																																																																.	.	.	.
		93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	G	Q	A	L	H	I	A	R	K	L	L	P	F	I	P	D	N	A	G	I	L	I	V	P	C	C	R	G	G	S	A	F	T	A	G	S	E	G	T	Y	S	E	R	H	G	A	S	H	D	A	C	R	W	G	T	D	T	P	L	Y	Q	D	L	V	S	R	T	R	A	A	L	A	K	N	P	Q	N	K	F
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	G	W	T	G	R	V	C	V	N	A	N	K	K	.	.	.	G	Y	D	V	T	Y	Y	N	L	G	I	R	R	D	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	I	A	K	R	W	L	Q	E	V	S	L	R	L	H	K	E	Y	N
Template Known Secondary structure															T	.	.	.	T											T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													T	T			T	T	S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		28	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.				.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
		173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.							.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	G	A	C	W	M	Q	G	E	F	D	L	M	T	.	.	.	.	.	.	S	D	Y	A	S	H	P	Q	H	F	N	H	M	V	E	A	F	R	R	D	L	K	Q	Y	H	S	Q	L	N	N	I	T	D	A	P	W	F	C	G	D	T	T	W	Y	W	K	E	N	F	P	H	S	Y	E	A	I	Y	G	N	Y
Query Conservation																.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	L	V	V	F	S	F	G	L	N	D	T	T	L	E	N	G	K	P	R	V	S	I	A	E	T	I	K	N	T	R	E	I	L	T	Q	A	K	K	L	Y	P	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	X	I	S	P	A	P	Y	I	E	Q	Q	D	P	G	R	R	R	R	T	I	D	L	S	Q	Q	L	A
Template Known Secondary structure																	T	T			S	S																				S			.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120										.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.
		247	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	N	N	V	L	A	N	I	I	F	V	D	F	Q	Q	Q	G	E	R	G	L	T	N	A	P	D	E	D	P	D	D	L	S	T	G	Y	Y	G	S	A	Y	R	S	P	E	N	W	T	T	A	L	R	S	S	H	F	S	T	A	A	R	R	G	I	I	S	D	R	F	V
Query Conservation
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Sequence		L	V	C	Q	D	L	D	V	P	Y	L	D	V	F	P	L	L	E	K	P	S	V	W	L	H	E	A	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	N	D	G	V	H	P	Q	A	G	G	Y	T	.	E	F	A	R	I	V	E
Template Known Secondary structure								T							T	G	G	G	S	T	T	S	S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	S	S									.
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template SS confidence
		149	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.		190	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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