Job Description P17443 Confidence 99.46% Date Thu Jan 5 11:36:10 GMT 2012 Rank 42 Aligned Residues 348 % Identity 14% Template c3nb0A_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:glycogen [starch] synthase isoform 2; PDBTitle: glucose-6-phosphate activated form of yeast glycogen synthase Resolution 2.41 Å

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		7	.	.	10		.	.	.					.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.		.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50																											.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.				.	.	.	.												.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.				.	.	.	.												.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	L	M	V	.	M	A	G	.	.	.	.	G	T	G	G	H	V	F	P	G	L	A	.	V	A	H	H	L	M	A	Q	G	W	Q	V	R	W	L	G	T	A	D	R	M	E	A	D	L	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	K	H	G
Query Conservation						.				.	.	.	.												.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.				.	.	.	.												.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	L	L	F	E	T	A	T	E	V	A	N	R	V	G	G	I	Y	S	V	L	K	S	K	A	P	I	T	V	A	Q	Y	K	D	H	Y	H	L	I	G	P	L	N	K	A	T	Y	Q	N	E	V	D	I	L	D	W	K	K	P	E	A	F	S	D	E	M	R	P	V	Q	H	A	L	Q	T	M	E	S	R	G
Template Known Secondary structure									T	T	T	T	S		S	S																		G	G	G									T	T	T										S	S	S	G	G	G	S		S	T	T												T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
		55	.	.	.	.														60	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	E	I	D	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	R	I	S	G	L	R	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	G	I	K	A	L	I	A	A	P	L	R	I	F	N	A	W	R	Q	A	R	A	I	M	K	A	Y	K	P	D	V	V	L	G
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	H	F	V	Y	G	R	W	L	I	E	G	A	P	K	V	I	L	F	D	L	D	S	V	R	G	Y	S	N	E	W	K	G	D	L	W	S	L	V	G	I	P	S	P	E	N	D	F	E	T	N	D	A	I	L	L	G	Y	T	V	A	W	F	L	G	E	V	A	H	L	D	S	Q	H	A	I	V	A	H	F
Template Known Secondary structure										S	S	T	T									S	G	G	G	G	G	G																		S	S																											S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.
		102	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.		.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	G	G	Y	V	S	G	P	G	G	L	A	A	W	S	.	L	G	I	P	V	V	L	H	E	Q	N	G	I	A	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	N	K	W	L	A	K	I	A	T	K	V	M	Q	A
Query Conservation																	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	E	W	L	A	G	V	A	L	P	L	C	R	K	R	R	I	D	V	V	T	I	F	T	T	H	A	T	L	L	G	R	Y	L	C	A	S	G	S	F	D	F	Y	N	C	L	E	S	V	D	V	D	H	E	A	G	R	F	G	I	Y	H	R	Y	C	I	E	R	A	A	A	H	S	A	D	V	F	T	T	V
Template Known Secondary structure			S	G	G	G		T								T	T		S								S	S								T	S	S	S		S						G	G	G										T	T															S	S					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		168	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.
		148	.										150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	F	P	N	A	E	V	V	G	N	P	V	R	T	D	V	L	A	L	P	L	P	Q	Q	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	A	G	R	E	G	P	V	R	V	L	V	V	G	G	S	Q	G	A	R	I	L
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	Q	I	T	A	F	E	A	E	H	L	L	K	R	K	P	D	G	I	L	P	N	G	L	N	V	I	K	F	Q	A	F	H	E	F	Q	N	L	H	A	L	K	K	E	K	I	N	D	F	V	R	G	H	F	H	G	C	F	D	F	D	L	D	N	T	L	Y	F	F	I	A	G	R	Y	E	Y	K	N	K	G
Template Known Secondary structure		S											T	S	S			S							B						S	S	T	T																					T	T	T				S		G	G	G								S	S			T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		248	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.
		198	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.											.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	Q	T	M	P	Q	V	A	A	K	L	G	D	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	T	I	W	H	Q	S	G	K	G	S	Q	Q	S	V	E	Q	A	Y	A	E	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	D	M	F	I	E	A	L	A	R	L	N	Y	R	L	K	V	S	G	S	K	K	T	V	V	A	F	I	V	M	P	A	K	N	N	S	F	T	V	E	A	L	K	G	Q	A	E	V	R	A	L	E	N	T	V	H	E	V	T	T	S	I	G	K	R	I	F	D	H	A	I	R	Y	P	H	N	G	L	T	T
Template Known Secondary structure																			T	T																																																						T	T	S	T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		328	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.
																																																																							235	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	P	Q	H	K	V	T	E	F	I	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	L	P	T	D	L	G	E	L	L	K	S	S	D	K	V	M	L	K	R	R	I	L	A	L	R	R	P	E	G	Q	L	P	P	I	V	T	H	N	M	V	D	D	A	N	D	L	I	L	N	K	I	R	Q	V	Q	L	F	N	S	P	S	D	R	V	K	M	I	F	H	P	E	F	L	N	A	N	N	P	I
Template Known Secondary structure		S	S																											T	T					S	B	S				T	T	G	G	G											T					T	T		S								S				T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		408	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.
		246	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.								.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310						.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																						.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.
Query Sequence		D	M	A	A	A	Y	A	W	A	D	V	V	V	C	R	S	G	A	L	T	V	S	E	I	A	A	A	G	L	P	A	L	F	V	P	F	Q	H	K	D	R	Q	Q	Y	W	N	A	L	P	L	E	K	.	.	.	.	.	.	.	A	G	A	A	K	I	I	E	Q	P	Q	L	S	.	.	.	.	.	V	D	A
Query Conservation																																																						.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.
Alig confidence																																																						.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	G	L	D	Y	D	E	F	V	R	G	C	H	L	G	V	F	P	S	Y	Y	E	P	W	G	Y	T	P	A	E	C	T	V	M	G	V	P	S	I	T	T	N	V	S	G	F	G	S	Y	M	E	D	L	I	E	T	N	Q	A	K	D	Y	G	I	Y	I	V	D	R	R	F	K	A	P	D	E	S	V	E	Q
Template Known Secondary structure		S												S							S	S	B	S	S										T	T							T	T	B								T	T	S								T	T							S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		488	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.
		314	.	.	.	.	.	320	.				.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.
Query SS confidence										.	.	.
Query Sequence		V	A	N	T	L	A	G	W	.	.	.	S	R	E	T	L	L	T	M	A	E	R	A	R	A	A	S	I	P	D	A	T	E	R	V	A	N	E	V	S	R	V	A	R
Query Conservation										.	.	.
Alig confidence										.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	V	D	Y	M	E	E	F	V	K	K	T	R	R	Q	R	I	N	Q	R	N	A	T	E	A	L	S	D	L	L	D	W	K	R	M	G	L	E	Y	V	K	A	R	Q
Template Known Secondary structure											T																G	G	G	G	G	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		568	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.