Job Description P27127 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:43:14 GMT 2012 Rank 17 Aligned Residues 356 % Identity 16% Template c3o3cD_ PDB info PDB header:transferase Chain: D: PDB Molecule:glycogen [starch] synthase isoform 2; PDBTitle: glycogen synthase basal state udp complex Resolution 3.51 Å

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		2	.	.	.		.	.		.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.		.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.			.																.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.			.																.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	I	A	F	.	I	G	.	E	A	V	S	G	F	G	G	M	E	T	V	I	R	D	.	V	I	T	T	F	R	Q	Q	H	I	Q	S	E	M	F	F	F	C	R	N	D	K	M	D	K	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation						.			.																.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.			.																.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	L	L	F	E	T	A	T	E	V	A	N	R	V	G	G	I	Y	S	V	L	K	S	K	A	P	I	T	V	A	Q	Y	K	D	H	Y	H	L	I	G	P	L	N	K	A	T	Y	Q	N	E	V	D	I	L	D	W	K	K	P	E	A	F	S	D	E	M	R	P	V	Q	H	A	L	Q	T	M	E	S	R	G
Template Known Secondary structure									T	T	T	T	S		S	S	S																	G	G	G									T	T	T										S	S	S	G	G	G	S		S	T	T													T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
											49	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	L	E	G	I	K	Y	S	C	S	F	S	N	I	R	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	F	L	R	R	A	K	H	I	H	A	L	S	K	W	L	Q	E	Y	Q	P	D	I	V	I	C
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	H	F	V	Y	G	R	W	L	I	E	G	A	P	K	V	I	L	F	D	L	D	S	V	R	G	Y	S	N	E	W	K	G	D	L	W	S	L	V	G	I	P	S	P	E	N	D	F	E	T	N	D	A	I	L	L	G	Y	T	V	A	W	F	L	G	E	V	A	H	L	D	S	Q	H	A	I	V	A	H	F
Template Known Secondary structure										S	S	T	T									G	G	G	G	G	G	G																		T	T																											S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.
		91	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	D	V	I	S	C	L	F	A	A	K	A	R	K	K	S	G	I	D	M	P	V	F	S	W	P	H	F	S	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	H	K	K	H	A	E	Y	I	T	C	A	D	Y	H	L	A	I	S	S
Query Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	E	W	L	A	G	V	A	L	P	L	C	R	K	R	R	I	D	V	V	T	I	F	T	T	H	A	T	L	L	G	R	Y	L	C	A	S	G	D	F	Y	N	C	L	E	S	V	D	V	D	H	E	A	G	R	F	G	I	Y	H	R	Y	C	I	E	R	A	A	A	H	S	A	D	V	F	T	T	V	S	Q
Template Known Secondary structure			S	G	G	G		T								T	T		S								S	S									T	T				T	T	G	G	G	G											T															S	S					S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		168	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.
		141	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.		.	.	.	.	.	.	.	200	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Query SS confidence																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Query Sequence		G	I	K	Q	Q	M	I	N	R	G	V	A	E	S	T	I	N	V	I	F	N	P	V	E	T	K	D	S	V	I	P	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	E	G	E	T	A	T	F	I	Y	V	G	R	M	K	F	E	G	Q	.	K	R	V	K	D	L	L	D	G	L
Query Conservation																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Alig confidence																		.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Template Conservation																		.
Template Sequence		I	T	A	F	E	A	E	H	L	L	K	R	K	P	D	G	.	I	L	P	N	G	L	N	V	I	K	F	Q	L	H	A	L	K	K	E	K	I	N	D	F	V	R	G	H	F	H	G	C	F	D	F	D	L	D	N	T	L	Y	F	F	I	A	G	R	Y	E	Y	K	N	K	G	A	D	M	F	I	E	A	L
Template Known Secondary structure												S				S		.						B		G	G	G	T																		S	T	T				S		G	G	G								S	S							T
Template Predicted Secondary structure																		.
Template SS confidence
		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.		.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
		203	.	.	.	.	.	.	210
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	Q	A	K	G	N	W	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	R	L	N	Y	R	L	K	V	S	G	S	K	K	T	V	V	A	F	I	V	M	P	A	K	N	N	S	F	T	V	E	A	L	K	G	Q	A	E	V	R	A	L	E	N	T	V	H	E	V	T	T	S	I	G	K	R	I	F	D	H	A	I	R	Y	P	E	L	L	K	S	S	D	K	V	M	L	K	R	R
Template Known Secondary structure											T	T		S												S																																												S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		336	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.
																											211	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	H	V	L	G	D	G	S	D	F	E	K	C	Q	A	Y	G	R	E	L	N	I	D	D	R	I	V	W	Y	G	W	Q	Q	Y	P	W	E	L	V	Q	Q	D	I	E	K	V	S	A	L	L	L	T	S	S	F
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	L	A	L	R	R	P	E	G	Q	L	P	P	I	V	T	H	N	M	V	D	D	A	N	D	L	I	L	N	K	I	R	Q	V	Q	L	F	N	S	P	S	D	R	V	K	M	I	F	H	P	E	F	L	N	A	N	N	P	I	L	G	L	D	Y	D	E	F	V	R	G	C	H	L	G	V	F	P	S	Y	Y
Template Known Secondary structure				T	T				T	T					S	B	S				T	T	T	T	T										T	T					T	T		S								S				T	T		S	S												S	S							S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.
		266	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.			.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.								.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.				.	.	330	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.												.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Query SS confidence																																		.	.												.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Query Sequence		E	G	F	P	M	T	L	L	E	A	L	S	W	G	I	P	C	I	S	A	D	C	V	S	G	P	A	D	I	I	Q	P	.	.	D	V	N	G	H	L	Y	Q	P	G	D	.	.	.	.	.	.	.	I	A	G	F	V	T	L	L	N	K	Y	I	A	G	E	I	H	I	E	.	.	.	H	E	K	I	P	A
Query Conservation																																		.	.												.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Alig confidence																							.											.	.												.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Template Conservation																							.
Template Sequence		E	P	W	G	Y	T	P	A	E	C	T	V	M	G	V	P	S	I	T	T	N	.	V	S	G	F	G	S	Y	M	E	D	L	A	K	D	Y	G	I	Y	I	V	D	R	R	F	K	A	P	D	E	S	V	E	Q	L	V	D	Y	M	E	E	F	V	K	K	T	A	A	Q	A	I	N	Q	R	N	R	T	E	R
Template Known Secondary structure		B	S	S										T	T							S	.	S	B								T			G	G	G	S							S	S	S																		T
Template Predicted Secondary structure																							.
Template SS confidence
		509	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.		530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	I	D	E	F	Y	Q	S	K	Y	Y	D	R	L	H	K	V	I	I	S	A	I	S	R	R	K
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	S	D	L	L	D	W	K	R	M	G	L	E	Y	V	K	A	R	Q	L	A	L	R	R	G	Y
Template Known Secondary structure			G	G	G	G	B					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		593	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.