Job Description P31435 Confidence 99.81% Date Thu Jan 5 11:47:26 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 385 % Identity 11% Template c3o7pA_ PDB info PDB header:transport protein Chain: A: PDB Molecule:l-fucose-proton symporter; PDBTitle: crystal structure of the e.coli fucose:proton symporter, fucp (n162a) Resolution 3.20 Å

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		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	E	K	I	G	Y	G	M	G	D	A	A	S	H	I	I	F	D	N	V	M	L	Y	M	M	F	F	Y	T	D	I	F	G	I	P	A	G	F	V	G	T	M	F	L	V	A	R	A	L	D	A	I	S	D	P	C	M	G	L	L	A	D	R	T	R	S	R	W	G	K	F	R	P	W	V	L	F	G	A	L
Query Conservation
Alig confidence																												.																																							.	.	.	.	.
Template Conservation																												.																																							.	.	.	.	.
Template Sequence		R	S	Y	I	I	P	F	A	L	L	C	S	L	F	F	L	W	A	V	A	N	N	L	N	D	I	.	L	L	P	Q	F	Q	Q	A	F	F	Q	A	G	L	I	Q	S	A	F	Y	F	G	Y	F	I	I	P	I	P	A	G	I	L	M	K	K	L	S	.	.	.	.	.	Y	K	A	G	I	I	T	G	L	F
Template Known Secondary structure			T	T	T																							.							T	T			T	T													T	T											S		.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																												.																																							.	.	.	.	.
Template SS confidence
		22	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.		.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.						.	.	.	.	90	.	.	.	.	.
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	F	G	I	V	C	V	L	A	Y	S	T	P	D	L	S	M	N	G	K	M	I	Y	A	A	I	T	Y	T	L	L	T	L	L	Y	T	V	V	N	I	P	Y	C	A	L	G	G	V	I	T	N	D	P	T	Q	R	I	S	L	Q	S	W	R	F	V	L	A	T	A	G	G	M	L	S	T	V	L	M	M	P
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.																																.
Template Conservation																			.	.	.																																.
Template Sequence		L	Y	A	L	G	A	A	L	F	W	P	A	A	E	I	M	N	.	.	.	Y	T	L	F	L	V	G	L	F	I	I	A	A	G	L	G	C	L	E	T	A	A	N	P	F	V	T	V	L	G	P	.	E	S	S	G	H	F	R	L	N	L	A	Q	T	F	A	S	F	G	A	I	I	A	V	V	F	G	Q	S
Template Known Secondary structure									T							T	T		.	.	.																													S	S		.	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.																																.
Template SS confidence
		100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.				.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.		.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	V	N	L	I	G	G	D	N	K	P	L	G	F	Q	G	G	I	A	V	L	S	V	V	A	F	M	M	L	A	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	F	F	T	T	K	E	R	V	E	A	P	P	T	T	T	S	M	R	E	D	L	R	D	I	W
Query Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	I	L	S	N	V	P	H	Q	S	Q	D	V	L	D	K	M	S	P	E	Q	L	S	A	Y	K	H	S	L	V	L	S	V	Q	T	P	Y	M	I	I	V	A	I	V	L	L	V	A	L	L	I	M	L	T	K	F	P	A	L	Q	S	D	N	H	S	D	A	K	Q	G	S	F	S	A	S	L	S	R	L	A
Template Known Secondary structure		T	T	S	S	S	S											S																	T	T																			S						T	T	T					S	S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		176	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.
		226	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.			.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.
Query SS confidence																																			.	.
Query Sequence		Q	N	D	Q	W	R	I	V	G	L	L	T	I	F	N	I	L	A	V	C	V	R	G	G	A	M	M	Y	Y	V	T	W	I	.	.	L	G	T	P	E	V	F	V	A	F	L	T	T	Y	C	V	G	N	L	I	G	S	A	L	A	K	P	L	T	D	W	K	C	K	V	T	I	F	W	W	T	N	A	L	L
Query Conservation																																			.	.
Alig confidence																																			.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	I	R	H	W	R	W	A	V	L	A	Q	F	C	Y	V	G	A	Q	T	A	C	W	S	Y	L	I	R	Y	A	V	E	E	I	P	G	M	T	A	G	F	A	A	N	Y	L	T	G	T	M	V	C	F	F	I	G	R	F	T	G	T	W	L	I	S	R	F	A	P	H	K	V	L	A	A	Y	A	L	I	A
Template Known Secondary structure																																			S	T	T																															S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		256	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	V	I	S	L	A	M	F	F	V	P	M	Q	A	S	I	T	M	F	V	F	I	F	V	I	G	V	L	H	Q	L	V	T	P	I	Q	W	V	M	M	S	D	T	V	D	Y	G	E	W	C	N	G	K	R	L	T	G	I	S	F	A	G	T	L	F	V	L	K	L	G	L	A	F	G	G	A	L	I	G	W
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	A	L	C	L	I	S	A	F	.	.	.	A	G	G	H	V	G	L	I	A	L	T	L	C	S	A	F	M	S	I	Q	Y	P	T	I	F	S	L	G	I	K	N	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	T	K	Y	G	S	S	F	I	V	M	T	I	I	G	G	G	I	V	T	P	V	M	G	F
Template Known Secondary structure											.	.	.	S																	T	T											S	S		G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G											G	G	G
Template Predicted Secondary structure											.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		336	.	.	.	340	.	.	.	.				.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.										.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
		384	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	L	A	Y	G	G	Y	D	A	A	E	K	A	Q	N	S	A	T	I	S	I	I	I	A	L	F	T	I	V	P	A	I	C	Y	L	L	S	A	I	I	A	K	R	Y	Y	S	L	T
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	S	D	A	A	G	N	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	A	E	L	I	P	A	L	C	F	A	V	I	F	I	F	A	R	F	R	S	Q	T
Template Known Secondary structure							T	S	S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G															T	S
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		404	.	.	.	.	.	410	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.