Job Description P77196 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:26:13 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 753 % Identity 27% Template c3rfzB_ PDB info PDB header:cell adhesion/transport/chaperone Chain: B: PDB Molecule:outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis; PDBTitle: crystal structure of the fimd usher bound to its cognate fimc:fimh2 substrate Resolution 2.80 Å

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Show / Hide Conservation and Alignment quality

		58	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.		.	130	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																									.
Query SS confidence																																																																									.
Query Sequence		Y	V	E	P	G	K	Y	N	L	Q	V	Q	L	N	K	Q	P	L	A	E	E	Y	D	I	Y	W	Y	A	G	E	D	D	V	S	K	S	Y	A	C	L	T	P	E	L	V	A	Q	F	G	L	K	E	D	V	A	K	N	L	Q	W	S	H	D	G	K	C	L	K	P	G	Q	.	L	E	G	V	E	I	K	A
Query Conservation																																																																									.
Alig confidence																													.	.																																											.
Template Conservation																													.	.
Template Sequence		E	L	P	P	G	T	Y	R	V	D	I	Y	L	N	N	G	Y	M	A	T	R	D	V	T	F	N	T	.	.	G	D	S	E	Q	G	I	V	P	C	L	T	R	A	Q	L	A	S	M	G	L	N	T	A	S	V	A	G	M	N	L	L	A	D	D	A	C	V	P	L	T	T	M	V	Q	D	A	T	A	H	L
Template Known Secondary structure															T	T													.	.		S	S	T	T	S													T	T	B		G	G	G	S	T	T	T	T	T	S		S	S									S	T	T
Template Predicted Secondary structure																													.	.
Template SS confidence
		27	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.			.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.
		137	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	L	S	Q	S	A	L	V	I	S	L	P	Q	A	Y	L	E	Y	T	W	P	D	W	D	P	P	S	R	W	D	D	G	I	S	G	I	I	A	D	Y	S	I	T	A	Q	T	R	H	E	E	N	G	G	D	D	S	N	E	I	S	G	N	G	T	V	G	V	N	L	G	P	W	R	M	R	A	D	W	Q	T
Query Conservation
Alig confidence																																																						.
Template Conservation																																																						.
Template Sequence		D	V	G	Q	Q	R	L	N	L	T	I	P	Q	A	F	M	S	N	R	A	R	G	Y	I	P	P	E	L	W	D	P	G	I	N	A	G	L	L	N	Y	N	F	S	G	N	S	V	Q	N	R	I	G	.	G	N	S	H	Y	A	Y	L	N	L	Q	S	G	L	N	I	G	A	W	R	L	R	D	N	T	T	W
Template Known Secondary structure			T	T	T	T								G	G	G	B	S			S	T	T				G	G	G		B																				T	T	T	.																	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																						.
Template SS confidence
		105	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.		.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.
		217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	Y	Q	H	T	R	S	N	D	D	D	D	E	F	G	G	D	D	T	Q	K	K	W	E	W	S	R	Y	Y	A	W	R	A	L	P	S	L	K	A	K	L	A	L	G	E	D	Y	L	N	S	D	I	F	D	G	F	N	Y	V	G	G	S	V	S	T	D	D	Q	M	L	P	P	N	L	R	G	Y	A	P	D
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	Y	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	N	K	W	Q	H	I	N	T	W	L	E	R	D	I	I	P	L	R	S	R	L	T	L	G	D	G	Y	T	Q	G	D	I	F	D	G	I	N	F	R	G	A	Q	L	A	S	D	D	N	M	L	P	D	S	Q	R	G	F	A	P	V
Template Known Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																T	T	T	T												S	S	S	S														G	G	G	S		G	G	G	S	S
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		184	.	.																	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.
		297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.		.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.
Query SS confidence																																						.
Query Sequence		I	S	G	V	A	H	T	T	A	K	V	T	V	S	Q	M	G	R	V	I	Y	E	T	Q	V	P	A	G	P	F	R	I	Q	D	L	G	.	D	S	V	S	G	T	L	H	I	R	I	E	E	Q	N	G	Q	V	Q	E	Y	D	I	S	T	A	S	M	P	Y	L	T	R	P	G	Q	V	R	Y	K	I	M	M
Query Conservation																																						.
Alig confidence																																						.
Template Conservation
Template Sequence		I	H	G	I	A	R	G	T	A	Q	V	T	I	K	Q	N	G	Y	D	I	Y	N	S	T	V	P	P	G	P	F	T	I	N	D	I	Y	A	A	G	N	S	G	D	L	Q	V	T	I	K	E	A	D	G	S	T	Q	I	F	T	V	P	Y	S	S	V	P	L	L	Q	R	E	G	H	T	R	Y	S	I	T	A
Template Known Secondary structure							S	S	S								T	T										S												T	T	S										S	S	S													T	T				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		256	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	R	P	Q	E	W	G	H	H	V	E	G	G	F	F	S	G	A	E	A	S	W	G	I	A	N	G	W	S	L	Y	G	G	A	L	G	D	E	N	Y	Q	S	A	A	L	G	V	G	R	D	L	S	T	F	G	A	V	A	F	D	V	T	H	S	H	T	K	L	D	K	D	T	A	Y	G	K	G	S	L	D
Query Conservation
Alig confidence																																																																									.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																									.	.	.	.	.
Template Sequence		G	E	Y	R	S	G	N	A	Q	Q	E	K	P	R	F	F	Q	S	T	L	L	H	G	L	P	A	G	W	T	I	Y	G	G	T	Q	L	A	D	R	Y	R	A	F	N	F	G	I	G	K	N	M	G	A	L	G	A	L	S	V	D	M	T	Q	A	N	S	T	L	P	D	D	.	.	.	.	.	S	Q	H	D
Template Known Secondary structure							S		T	T	B															G	G	G											T	T														T	T															T	T	S	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																									.	.	.	.	.
Template SS confidence
		336	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.						.	.	.	410
		456	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	N	S	F	R	V	S	Y	S	K	D	F	D	Q	L	N	S	R	V	T	F	A	G	Y	R	F	S	E	E	N	F	M	T	M	S	E	Y	L	D	A	S	D	S	E	M	V	R	T	G	N	D	K	E	M	Y	T	A	T	Y	N	Q	N	F	R	D	A	G	V	S	V	Y	L	N	Y	T	R	H	T	Y	W
Query Conservation
Alig confidence																																								.																													.
Template Conservation																																								.																													.
Template Sequence		G	Q	S	V	R	F	L	Y	N	K	S	L	N	E	S	G	T	N	I	Q	L	V	G	Y	R	Y	S	T	S	G	Y	F	N	F	A	D	T	T	.	Y	S	R	M	N	Y	N	L	A	Y	N	K	R	G	K	L	Q	L	T	V	T	Q	Q	L	G	R	T	S	.	T	L	Y	L	S	G	S	H	Q	T	Y	W
Template Known Secondary structure															T	T	S													T	T									.	B	S	S					T	T	S															S	S	S		.												S
Template Predicted Secondary structure																																								.																													.
Template SS confidence
		411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.		.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.		.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.
		536	.	.	.	540		.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.												.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.		600	.	.
Predicted Secondary structure							.																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Query SS confidence							.																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Query Sequence		D	R	E	E	Q	.	T	N	Y	N	I	M	L	S	H	Y	F	N	M	G	S	I	R	N	M	S	V	S	L	T	G	Y	R	Y	E	Y	D	N	R	A	D	K	G	M	Y	I	S	L	S	M	P	W	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	S	T	V	S	Y	N	G	N	Y	G	.	S	G	T
Query Conservation							.																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Alig confidence							.															.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Conservation																						.	.	.
Template Sequence		G	T	S	N	V	D	E	Q	F	Q	A	G	L	N	T	A	F	E	D	I	.	.	.	N	W	T	L	S	Y	S	L	T	K	N	A	W	Q	K	G	R	D	Q	M	L	A	L	N	V	N	I	P	F	S	H	W	L	R	S	D	S	K	S	Q	W	R	H	A	S	A	S	Y	S	M	S	H	D	L	N	G	R
Template Known Secondary structure		S																	T	T		.	.	.												S	S	S		S													S	G	G	G	S		T	T			S	G	G	G	G											S	S	S
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.
Template SS confidence
		509	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.				.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.
		603	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.			.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.						.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.													.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.													.	.	.	.	.
Query Sequence		D	S	S	Q	V	G	Y	F	S	R	V	.	.	D	D	A	T	H	Y	Q	L	N	I	G	T	.	.	.	.	.	S	D	K	H	T	S	V	D	G	Y	Y	S	H	D	G	S	L	A	Q	V	D	L	S	A	N	Y	H	E	G	Q	Y	T	S	A	G	L	S	L	Q	G	G	A	T	L	T	T	H	G	G	A
Query Conservation													.	.													.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.													.	.	.	.	.																												.														.	.
Template Conservation																																																											.														.	.
Template Sequence		M	T	N	L	A	G	V	Y	G	T	L	L	E	D	N	N	L	S	Y	S	V	Q	T	G	Y	A	G	G	G	D	G	N	S	G	S	T	G	Y	A	T	L	N	Y	R	G	G	Y	G	N	A	N	I	G	Y	S	H	S	.	D	D	I	K	Q	L	Y	Y	G	V	S	G	G	.	.	V	L	A	H	A	N	G
Template Known Secondary structure													S	T	T														S	T	T	T															S	S											.	S	S												.	.					T	T
Template Predicted Secondary structure																																																											.														.	.
Template SS confidence
		586	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.		.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.			.	.	.	.	660	.	.
		676	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	H	R	T	Q	N	M	G	G	T	R	L	L	I	D	A	D	G	V	A	D	V	P	V	E	G	N	G	A	A	V	Y	T	N	M	F	G	K	A	V	V	S	D	V	N	N	Y	Y	R	N	Q	A	Y	I	D	L	N	K	L	P	E	N	A	E	A	T	Q	S	V	V	Q	A	T	L	T	E	G	A	I	G
Query Conservation
Alig confidence																											.
Template Conservation																											.
Template Sequence		V	T	L	G	Q	P	L	N	D	T	V	V	L	V	K	A	P	G	A	K	D	A	K	V	E	.	N	Q	T	G	V	R	T	D	W	R	G	Y	A	V	L	P	Y	A	T	E	Y	R	E	N	R	V	A	L	D	T	N	T	L	A	D	N	V	D	L	D	N	A	V	A	N	V	V	P	T	R	G	A	I	V
Template Known Secondary structure						S				S	S							T	T			S		B	B	T	.	T	S	T	T		B			T	T	S					S				T	T	S						B		G	G	G	S		T	T				S		S						B		T	T
Template Predicted Secondary structure																											.
Template SS confidence
		663	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.		.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.
		756	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.			.	.	830	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																										.	.
Query SS confidence																																																																										.	.
Query Sequence		Y	R	K	F	A	V	I	S	G	Q	K	A	M	A	V	L	R	L	Q	D	G	S	H	P	P	F	G	A	E	V	K	N	D	N	E	Q	T	V	G	L	V	D	D	D	G	S	V	Y	L	A	G	V	K	P	G	E	H	M	S	V	F	W	S	G	V	A	H	C	D	I	N	L	.	.	P	D	P	L	P	A
Query Conservation																																																																										.	.
Alig confidence																				.																																															.							.	.
Template Conservation																				.																																															.
Template Sequence		R	A	E	F	K	A	R	V	G	I	K	L	L	M	T	L	T	H	.	N	N	K	P	L	P	F	G	A	M	V	T	S	E	S	S	Q	S	S	G	I	V	A	D	N	G	Q	V	Y	L	S	G	M	P	L	A	G	K	V	Q	V	K	W	G	E	A	.	H	C	V	A	N	Y	Q	L	P	P	E	S	Q	Q
Template Known Secondary structure										S										.	T	T					T	T						S	S	S	S							G	G	G									S								S				.										G	G	G	S	S
Template Predicted Secondary structure																				.																																															.
Template SS confidence
		742	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.		760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.		.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		834	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	L	F	N	G	L	L	L	P	C	Q	H
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Q	L	L	T	Q	L	S	A	E	C	R	S
Template Known Secondary structure			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		823	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.