Job Description P77196 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:26:13 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 458 % Identity 27% Template c3ohnA_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: A: PDB Molecule:outer membrane usher protein fimd; PDBTitle: crystal structure of the fimd translocation domain Resolution 3.01 Å

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		171	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	I	I	A	D	Y	S	I	T	A	Q	T	R	H	E	E	N	G	G	D	D	S	N	E	I	S	G	N	G	T	V	G	V	N	L	G	P	W	R	M	R	A	D	W	Q	T	N	Y	Q	H	T	R	S	N	D	D	D	D	E	F	G	G	D	D	T	Q	K	K	W	E	W	S	R	Y	Y	A	W	R	A	L
Query Conservation
Alig confidence																				.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	G	L	L	N	Y	N	F	S	G	N	S	V	Q	N	R	I	G	.	G	N	S	H	Y	A	Y	L	N	L	Q	S	G	L	N	I	G	A	W	R	L	R	D	N	T	T	W	S	Y	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	N	K	W	Q	H	I	N	T	W	L	E	R	D	I
Template Known Secondary structure																	S	T	T	.																S	S	S													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																				.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.		.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.																.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.
		251	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	S	L	K	A	K	L	A	L	G	E	D	Y	L	N	S	D	I	F	D	G	F	N	Y	V	G	G	S	V	S	T	D	D	Q	M	L	P	P	N	L	R	G	Y	A	P	D	I	S	G	V	A	H	T	T	A	K	V	T	V	S	Q	M	G	R	V	I	Y	E	T	Q	V	P	A	G	P	F	R	I	Q	D
Query Conservation
Alig confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	P	L	R	S	R	L	T	L	G	D	G	Y	T	Q	G	D	I	F	D	G	I	N	F	R	G	A	Q	L	A	S	D	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	I	H	G	I	A	R	G	T	A	Q	V	T	I	K	Q	N	G	Y	D	I	Y	N	S	T	V	P	P	G	P	F	T	I	N	D
Template Known Secondary structure		T	T	T	T												T	T	S	S																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S	S								T	T										S
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.											.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		331	.		.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.
Query SS confidence				.
Query Sequence		L	G	.	D	S	V	S	G	T	L	H	I	R	I	E	E	Q	N	G	Q	V	Q	E	Y	D	I	S	T	A	S	M	P	Y	L	T	R	P	G	Q	V	R	Y	K	I	M	M	G	R	P	Q	E	W	G	H	H	V	E	G	G	F	F	S	G	A	E	A	S	W	G	I	A	N	G	W	S	L	Y	G	G	A
Query Conservation				.
Alig confidence				.
Template Conservation
Template Sequence		I	Y	A	A	G	N	S	G	D	L	Q	V	T	I	K	E	A	D	G	S	T	Q	I	F	T	V	P	Y	S	S	V	P	L	L	Q	R	E	G	H	T	R	Y	S	I	T	A	G	E	Y	R	S	G	N	A	Q	Q	E	K	P	R	F	F	Q	S	T	L	L	H	G	L	P	A	G	W	T	I	Y	G	G	T
Template Known Secondary structure					T	T	T	T	S									S	S	S																		T	T															S	T	T																G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	G	D	E	N	Y	Q	S	A	A	L	G	V	G	R	D	L	S	T	F	G	A	V	A	F	D	V	T	H	S	H	T	K	L	D	K	D	T	A	Y	G	K	G	S	L	D	G	N	S	F	R	V	S	Y	S	K	D	F	D	Q	L	N	S	R	V	T	F	A	G	Y	R	F	S	E	E	N	F	M	T	M
Query Conservation
Alig confidence																																							.	.	.	.	.																	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.																	.	.	.
Template Sequence		Q	L	A	D	R	Y	R	A	F	N	F	G	I	G	K	N	M	G	A	L	G	A	L	S	V	D	M	T	Q	A	N	S	T	L	P	D	D	.	.	.	.	.	S	Q	H	D	G	Q	S	V	R	F	L	Y	N	K	S	L	.	.	.	G	T	N	I	Q	L	V	G	Y	R	Y	S	T	S	G	Y	F	N	F
Template Known Secondary structure					S	S														T	T															T	T		.	.	.	.	.																	.	.	.														T	T
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.																	.	.	.
Template SS confidence
		370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.						.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.				.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.
		490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.				.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.		540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.																																							.
Query SS confidence														.	.	.																																							.
Query Sequence		S	E	Y	L	D	A	S	D	S	E	M	V	.	.	.	R	T	G	N	D	K	E	M	Y	T	A	T	Y	N	Q	N	F	R	D	A	G	V	S	V	Y	L	N	Y	T	R	H	T	Y	W	D	R	E	E	.	Q	T	N	Y	N	I	M	L	S	H	Y	F	N	M	G	S	I	R	N	M	S	V	S	L	T	G
Query Conservation														.	.	.																																							.
Alig confidence														.	.	.																						.																	.																.	.	.
Template Conservation																																						.																																	.	.	.
Template Sequence		A	D	T	T	Y	S	R	M	N	G	T	D	Y	Y	N	L	A	Y	N	K	R	G	K	L	Q	L	T	V	T	Q	Q	L	G	R	T	S	.	T	L	Y	L	S	G	S	H	Q	T	Y	W	G	T	S	N	V	D	E	Q	F	Q	A	G	L	N	T	A	F	E	D	I	.	.	.	N	W	T	L	S	Y	S	L
Template Known Secondary structure					S	S		S									T	T	S															T	T	T		.												S	S	S																S	S		.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																						.																																	.	.	.
Template SS confidence
		445	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480		.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.				.	.	.	.	.	.	.	520
		566	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.						.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640
Predicted Secondary structure																																																													.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																													.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	R	Y	E	Y	D	N	R	A	D	K	G	M	Y	I	S	L	S	M	P	W	G	D	N	S	T	V	S	Y	N	G	N	Y	G	S	G	T	D	S	S	Q	V	G	Y	F	S	R	V	D	D	A	T	H	Y	Q	L	N	I	G	.	.	.	.	.	T	S	D	K	H	T	S	V	D	G	Y	Y	S	H	D	G
Query Conservation																																																													.	.	.	.	.
Alig confidence																																																													.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	K	N	A	W	Q	K	G	R	D	Q	M	L	A	L	N	V	N	I	P	F	A	S	A	S	Y	S	M	S	H	D	L	N	G	R	M	T	N	L	A	G	V	Y	G	T	L	L	E	D	N	N	L	S	Y	S	V	Q	T	G	Y	A	G	G	G	D	G	N	S	G	S	T	G	Y	A	T	L	N	Y	R	G
Template Known Secondary structure					T	T	T																												T	T													T	T	T	T												T	T	S	S														S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		537	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.
		641	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	L	A	Q	V	D	L	S	A	N	Y	H	E	G	Q	Y	T	S	A	G	L	S	L	Q	G	G	A
Query Conservation
Alig confidence														.
Template Conservation														.
Template Sequence		G	Y	G	N	A	N	I	G	Y	S	H	S	.	D	D	I	K	Q	L	Y	Y	G	V	S	G	G	V
Template Known Secondary structure		S	S											.	S	S
Template Predicted Secondary structure														.
Template SS confidence
		631	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.		.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.