Job Description P77196 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:26:13 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 474 % Identity 42% Template c2vqiA_ PDB info PDB header:transport Chain: A: PDB Molecule:outer membrane usher protein papc; PDBTitle: structure of the p pilus usher (papc) translocation pore Resolution 3.2 Å

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		172	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	I	A	D	Y	S	I	T	A	Q	T	R	H	E	E	N	G	G	D	D	S	N	E	I	S	G	N	G	T	V	G	V	N	L	G	P	W	R	M	R	A	D	W	Q	T	N	Y	Q	H	T	R	S	N	D	D	D	D	E	F	G	G	D	D	T	Q	K	K	W	E	W	S	R	Y	Y	A	W	R	A	L	P
Query Conservation
Alig confidence																			.																	.																						.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.																	.																						.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	X	L	D	Y	N	L	N	G	T	V	S	R	N	Y	Q	G	.	G	D	S	H	Q	F	S	Y	N	G	T	V	G	G	N	L	.	P	W	R	L	R	A	D	Y	Q	G	S	Q	E	Q	S	R	Y	N	G	E	K	.	.	.	.	.	.	T	T	N	R	N	F	T	W	S	R	F	Y	L	F	R	A	I	P
Template Known Secondary structure																S	S	S	.															B		.																		S	S			.	.	.	.	.	.																		T
Template Predicted Secondary structure																			.																	.																						.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.		.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.		.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.							200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	L	K	A	K	L	A	L	G	E	D	Y	L	N	S	D	I	F	D	G	F	N	Y	V	G	G	S	V	S	T	D	D	Q	M	L	P	P	N	L	R	G	Y	A	P	D	I	S	G	V	A	H	T	T	A	K	V	T	V	S	Q	M	G	R	V	I	Y	E	T	Q	V	P	A	G	P	F	R	I	Q	D	L
Query Conservation
Alig confidence																																.	.	.
Template Conservation																																.	.	.
Template Sequence		R	W	R	A	N	L	T	L	G	E	N	N	I	N	S	D	I	F	R	S	W	S	Y	T	G	A	S	L	E	S	.	.	.	X	L	P	P	R	L	R	G	Y	A	P	Q	I	T	G	I	A	E	T	N	A	R	V	V	V	S	Q	Q	G	R	V	L	Y	D	S	X	V	P	A	G	P	F	S	I	Q	D	L
Template Known Secondary structure		T	T	S													S	S	S													.	.	.				G	G	G	S											S	S	S								T	T										S
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.
Template SS confidence
		219	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.				.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.
		332	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	D	S	V	S	G	T	L	H	I	R	I	E	E	Q	N	G	Q	V	Q	E	Y	D	I	S	T	A	S	M	P	Y	L	T	R	P	G	Q	V	R	Y	K	I	M	M	G	R	P	Q	E	W	G	H	H	V	E	G	G	F	F	S	G	A	E	A	S	W	G	I	A	N	G	W	S	L	Y	G	G	A	L	G
Query Conservation
Alig confidence																																																			.	.	.	.
Template Conservation																																																			.	.	.	.
Template Sequence		D	S	S	V	R	G	R	L	D	V	E	V	I	E	Q	N	G	R	K	K	T	F	Q	V	D	T	A	S	V	P	Y	L	T	R	P	G	Q	V	R	Y	K	L	V	S	G	R	S	R	G	.	.	.	.	Y	E	G	P	V	F	A	T	G	E	A	S	W	G	L	S	N	Q	W	S	L	Y	G	G	A	V	L
Template Known Secondary structure			T	T			S									T	T	S																		T	T														.	.	.	.																S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.
Template SS confidence
		299	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.					.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.
		412	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	E	N	Y	Q	S	A	A	L	G	V	G	R	D	L	S	T	F	G	A	V	A	F	D	V	T	H	S	H	T	K	L	D	K	D	T	A	Y	G	K	G	S	L	D	G	N	S	F	R	V	S	Y	S	K	D	F	D	Q	L	N	S	R	V	T	F	A	G	Y	R	F	S	E	E	N	F	M	T	M	S	E
Query Conservation
Alig confidence																																					.	.	.	.	.																	.	.	.	.
Template Conservation																																					.	.	.	.	.																	.	.	.	.
Template Sequence		A	G	D	Y	N	A	L	A	A	G	A	G	W	D	L	G	V	P	G	T	L	S	A	D	I	T	Q	S	V	A	R	I	E	G	E	.	.	.	.	.	R	T	F	Q	G	K	S	W	R	L	S	Y	S	K	R	F	.	.	.	.	D	D	I	T	F	A	G	Y	R	F	S	E	R	N	Y	X	T	X	E	Q
Template Known Secondary structure			S	S													S	S	S															T	T	T	.	.	.	.	.																	.	.	.	.													T	T
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.																	.	.	.	.
Template SS confidence
		379	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.						.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.					430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		492	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	L	D	A	S	D	S	E	M	V	R	T	G	N	D	K	E	M	Y	T	A	T	Y	N	Q	N	F	R	D	A	G	V	S	V	Y	L	N	Y	T	R	H	T	Y	W	D	R	E	E	Q	T	N	Y	N	I	M	L	S	H	Y	F	N	M	G	S	I	R	N	M	S	V	S	L	T	G	Y	R	Y	E	Y	D
Query Conservation
Alig confidence						.																																																													.
Template Conservation						.																																																													.
Template Sequence		Y	L	N	A	.	R	Y	R	N	D	Y	S	S	R	E	K	E	X	Y	T	V	T	L	N	K	N	V	A	D	W	N	T	S	F	N	L	Q	Y	S	R	Q	T	Y	W	D	I	R	K	T	D	Y	Y	T	V	S	V	N	R	Y	F	N	V	F	L	Q	.	G	V	A	V	G	L	S	A	S	R	S	K	Y	L
Template Known Secondary structure						.			S																				T	T	T	T													S	S	S																S	S	S		.														T
Template Predicted Secondary structure						.																																																													.
Template SS confidence
		454	.	.	.		.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.		.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.
		572	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.				630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.
Query SS confidence																																																												.	.	.
Query Sequence		N	R	A	D	K	G	M	Y	I	S	L	S	M	P	W	G	D	N	S	T	V	S	Y	N	G	N	Y	G	S	G	T	D	S	S	Q	V	G	Y	F	S	R	V	D	D	A	T	H	Y	Q	L	N	I	G	T	S	D	K	H	.	.	.	T	S	V	D	G	Y	Y	S	H	D	G	S	L	A	Q	V	D	L	S
Query Conservation																																																												.	.	.
Alig confidence																																																												.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	R	D	N	D	S	A	Y	L	R	I	S	V	P	L	G	T	G	T	A	S	Y	S	G	S	X	S	N	D	R	Y	V	N	X	A	G	Y	T	D	T	F	N	D	G	L	D	S	Y	S	L	N	A	G	L	N	S	G	L	T	S	Q	R	Q	I	N	A	Y	Y	S	H	R	S	P	L	A	N	L	S	A	N
Template Known Secondary structure		T															T	T											T	T													G	G	G	T																												T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		533	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.
		649	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	N	Y	H	E	G	Q	Y	T	S	A	G	L	S	L	Q	G	G	A	T	L	T	T	H	G
Query Conservation
Alig confidence																				.	.
Template Conservation																				.	.
Template Sequence		I	A	S	L	Q	K	G	Y	T	S	F	G	V	S	A	S	G	G	.	.	A	T	I	T	G
Template Known Secondary structure						T	T	S												.	.
Template Predicted Secondary structure																				.	.
Template SS confidence
		615	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.			.	.	.	.	.