Job Description P33599 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:22 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 356 % Identity 15% Template d1yq9h1 SCOP info HydB/Nqo4-like HydB/Nqo4-like Nickel-iron hydrogenase, large subunit Resolution 2.35

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		213	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	L	N	L	G	P	N	H	P	S	A	H	G	A	F	R	I	V	L	Q	L	D	G	E	E	I	V	D	C	V	P	D	I	G	Y	H	H	R	G	A	E	K	M	G	E	R	Q	S	W	H	S	Y	I	P	Y	T	D	R	I	E	Y	L	G	G	C	V	N	E	M	P	Y	V	L	A	V	E	K	L	A	G
Query Conservation
Alig confidence									.																									.
Template Conservation									.																									.
Template Sequence		K	I	V	V	D	P	I	.	T	R	I	E	G	H	L	R	I	E	V	E	V	E	G	G	K	I	K	N	A	W	S	M	.	S	T	L	F	R	G	L	E	M	I	L	K	G	R	D	P	R	D	A	Q	H	F	T	Q	R	A	C	G	V	C	T	Y	V	H	A	L	A	S	V	R	A	V	D	N	C	V	G
Template Known Secondary structure							S		.		S	S	B	S										T	T									.												T	T	S		G	G	G							T	T		S	S	S	T	T															T
Template Predicted Secondary structure									.																									.
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.		.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.		.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
		293	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	T	V	P	D	R	V	N	V	I	R	V	M	L	S	E	L	F	R	I	N	S	H	L	L	Y	I	S	T	F	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	K	I	P	E	N	A	T	L	M	R	N	L	T	M	G	A	Q	Y	M	H	D	H	L	V	H	F	Y	H	L	H	A	L	D	W	V	N	V	A	N	A	L	N	A	D	P	A	K	A	A	R	L	A	N	D	L	S	P	R	K	T	T	T	E	S	L	K	A	V	Q	A	K	V	K	A	L	V	E	S	G
Template Known Secondary structure																															T	T	G	G	G	T			S	G	G	G	G	G															S	S																				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
																								324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.			370	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	V	G	A	M	T	P	V	F	F	A	F	T	D	R	Q	K	I	Y	D	L	V	E	A	I	T	G	F	R	M	H	P	A	W	F	R	I	G	G	V	A	H	D	L	P	.	.	R	G	W	D	R	L	L	R	E	F
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	L	G	I	F	T	N	A	Y	F	L	G	G	H	P	A	Y	V	L	P	A	E	V	D	L	I	A	T	A	H	Y	L	E	A	L	R	V	Q	V	K	A	A	R	A	M	A	I	F	G	A	K	N	P	H	T	Q	F	T	V	V	G	G	C	T	N	Y	D	S	L	R	P	E	R	I	A	E	F	R	K	L
Template Known Secondary structure				G	G	G	T	T		T	T	T	T			T	T																																		S	S	S	S	S						T	T					G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.
		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	D	W	M	P	K	R	L	A	S	Y	E	K	A	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	N	T	I	L	K	G	R	S	Q	G	V	A	A	Y	G	A	K	E	A	L	E	W	G	T	T	G	A	G	L	R	A	T	G	I	D	F
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	K	E	V	R	E	F	I	E	Q	V	Y	I	T	D	L	L	A	V	A	G	F	Y	K	N	W	A	G	I	G	K	T	S	N	F	L	T	C	G	E	F	P	T	D	E	Y	D	L	N	S	R	Y	T	P	Q	G	V	I	W	G	N	D	L	S	K	V	D	D	F	N	P	D	L	I	E	E	H	V	K	Y
Template Known Secondary structure												T												T	G	G	G	G	G	S	S										B			S	S	T	T		G	G	G	S	S	B							T	T		T	T			B				G	G	G						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		246	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.
		433	.	.	.	.	.																																																							.	440	.	.	.	.	.	.			.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.
Query Sequence		D	V	R	K	A	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	Y	S	G	Y	E	N	F	.	.	D	F	E	I	P	V	G	G	G	V
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.										.
Template Conservation																																																																																	.
Template Sequence		S	W	Y	E	G	A	D	A	H	H	P	Y	K	G	V	T	K	P	K	W	T	E	F	H	G	E	D	R	Y	S	W	M	K	A	P	R	Y	K	G	E	A	F	E	V	G	P	L	A	S	V	L	V	A	Y	A	K	K	H	E	P	T	V	K	A	V	D	L	V	L	K	T	L	G	V	G	P	E	A	L	.
Template Known Secondary structure		T	T	B	S	S	S			B		G	G	G					B					T	T	G	G	G				S	S						T	T	B			B		S											T	T																T			G	G	G	G	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																	.
Template SS confidence
		326	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
		457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	D	C	Y	T	R	V	M	L	K	V	E	E	L	R	Q	S	L	R	I	L	E	Q	C	L	N	N	M	P	E	G	P	F	K	A	D	H	P	L	T	T	P	P	P	K	E	R	T	L	Q	H	I	E	T	L	I	T	H	F	L	Q	V	S	W	G	P	V	M	P	A	N	E	S	F	Q	M	I	E	A	T
Query Conservation
Alig confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	S	T	L	G	R	T	A	A	R	G	I	Q	C	L	T	A	A	Q	E	V	E	V	W	L	D	K	L	E	A	N	V	K	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	D	D	L	Y	T	D	W	Q	Y	P	T	E	S	Q	G	V	G	F	V	N	A	P
Template Known Secondary structure		S	S																																T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T					B							S											T
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.
		537	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.										.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.							580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	G	I	N	S	Y	Y	L	T	S	D	G	S	T	M	S	Y	R	T	R	V	R	T	P	S	F	A	H	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Q	I	P	A	A	I	R	G	S	L	V	S	D	.	.	.	.	.	.	L	I	V	Y	L	G	S	I	D	F	V	M	S	D	V
Query Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.
Template Sequence		R	G	M	L	S	H	W	I	V	Q	.	R	G	G	K	I	E	N	F	Q	L	V	V	P	S	T	W	N	L	G	P	R	C	A	E	G	K	L	S	A	V	E	Q	A	L	I	G	T	P	I	A	D	P	K	R	P	V	E	I	L	R	T	V	H	S	Y	D	P	C	I	A	C	G
Template Known Secondary structure		T										.		T	T																				T	T											T	T		B		S		T	T	S											T			B
Template Predicted Secondary structure												.
Template SS confidence
		463	.	.	.	.	.	.	470	.	.		.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.