Job Description P33599 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:22 GMT 2012 Rank 10 Aligned Residues 353 % Identity 15% Template d1wuil1 SCOP info HydB/Nqo4-like HydB/Nqo4-like Nickel-iron hydrogenase, large subunit Resolution 1.04

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		214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	N	L	G	P	N	H	P	S	A	H	G	A	F	R	I	V	L	Q	L	D	G	E	E	I	V	D	C	V	P	D	I	G	Y	H	H	R	G	A	E	K	M	G	E	R	Q	S	W	H	S	Y	I	P	Y	T	D	R	I	E	Y	L	G	G	C	V	N	E	M	P	Y	V	L	A	V	E	K	L	A	G	I
Query Conservation
Alig confidence										.																							.																																.
Template Conservation										.																							.																																.
Template Sequence		I	V	V	D	P	V	T	R	.	I	E	G	H	L	R	I	E	V	E	V	E	N	G	K	V	K	N	A	Y	S	S	.	S	T	L	F	R	G	L	E	I	I	L	K	G	R	D	P	R	D	A	Q	H	F	T	Q	R	T	C	G	V	T	Y	.	T	H	A	L	A	S	T	R	C	V	D	N	A	V	G	V
Template Known Secondary structure					S	S			S	.	S	S	S										T	T									.												T	T	S		G	G	G							T	T						.															T
Template Predicted Secondary structure										.																							.																																.
Template SS confidence
		25	.	.	.	.	30	.	.		.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.		.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.		.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.
		294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	V	P	D	R	V	N	V	I	R	V	M	L	S	E	L	F	R	I	N	S	H	L	L	Y	I	S	T	F	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	I	P	K	N	A	T	Y	I	R	N	L	V	L	G	A	Q	Y	L	H	D	H	I	V	H	F	Y	H	L	H	A	L	D	F	V	D	V	T	A	A	L	K	A	D	P	A	K	A	A	K	V	A	S	S	I	S	P	R	K	T	T	A	A	D	L	K	A	V	Q	D	K	L	K	T	F	V	E	T	G	Q
Template Known Secondary structure																														T	T	G	G	G	T			T	G	G	G	G	G														S	S	S																				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		103	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.
																							324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.			.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	V	G	A	M	T	P	V	F	F	A	F	T	D	R	Q	K	I	Y	D	L	V	E	A	I	T	G	F	R	M	H	P	A	W	F	R	I	G	G	V	A	H	D	L	.	.	P	R	G	W	D	R	L	L	R	E	F	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	G	P	F	T	N	A	Y	F	L	G	G	H	P	A	Y	Y	L	D	P	E	T	N	L	I	A	T	A	H	Y	L	E	A	L	R	L	Q	V	K	A	A	R	A	M	A	V	F	G	A	K	N	P	H	T	Q	F	T	V	V	G	G	V	T	C	Y	D	A	L	T	P	Q	R	I	A	E	F	E	A	L	W
Template Known Secondary structure			G	G	G	T	T		T	T	T	T			T	T																																		S		S	S	S						T	T					G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		183	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.
		381	.	.	.	.	.	.	.						.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	W	M	P	K	R	L	A	.	.	.	.	.	S	Y	E	K	A	A	L	Q	N	T	I	L	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	S	Q	G	V	A	A	Y	G	A	K	E	A	L	E	W	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation										.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	E	T	K	A	F	V	D	E	V	Y	I	P	D	L	L	V	V	A	A	A	Y	K	D	W	T	Q	Y	G	G	T	D	N	F	I	T	F	G	E	F	P	K	D	E	Y	D	L	N	S	R	F	F	K	P	G	V	V	F	K	R	D	F	K	N	I	K	P	F	D	K	M	Q	I	E	E	H	V	R	H	S
Template Known Secondary structure											T												T	G	G	G	G	G	S				S										S	S	T	T		G	G	G									S	T	T		T	T	S		B				G	G	G						T	T	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		263	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.
																																											420	.	.	.	.	.	.	.	.		.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	G	A	G	L	R	A	T	.	G	I	D	F	D	V	R	K	A	R	P	Y	S	G	Y	E	N	F	D	F	E	I	P	V	G	G	G	V	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.																									.
Template Conservation																																																																													.
Template Sequence		W	Y	E	G	A	E	A	R	H	P	W	K	G	Q	T	Q	P	K	Y	T	D	L	H	G	D	D	R	Y	S	W	M	K	A	P	R	Y	M	G	E	P	M	E	T	G	P	L	A	Q	V	L	I	A	Y	S	Q	G	H	P	K	V	K	A	V	T	D	A	V	L	A	K	L	G	V	G	P	.	E	A	L	F
Template Known Secondary structure		T	B	S	S	S			B		G	G	G					B					T	T	B	T	T	B		B	S	S						T	T	B			B		S											T	T																T			G	.	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure																																																																													.
Template SS confidence
		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.		.	.	420	.
		458	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	C	Y	T	R	V	M	L	K	V	E	E	L	R	Q	S	L	R	I	L	E	Q	C	L	N	N	M	P	E	G	P	F	K	A	D	H	P	L	T	T	P	P	P	K	E	R	T	L	Q	H	I	E	T	L	I	T	H	F	L	Q	V	S	W	G	P	V	M	P	A	N	E	S	F	Q	M	I	E	A	T	K
Query Conservation
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	T	L	G	R	T	A	A	R	G	I	E	T	A	V	I	A	E	Y	V	G	V	M	L	Q	E	Y	K	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	I	A	K	G	D	N	V	I	C	A	P	W	E	M	P	K	Q	A	E	G	V	G	F	V	N	A	P	R
Template Known Secondary structure		S																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				T	T					B							S	S										T	T
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		538	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.										.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.							580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	I	N	S	Y	Y	L	T	S	D	G	S	T	M	S	Y	R	T	R	V	R	T	P	S	F	A	H	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Q	I	P	A	A	I	R	G	S	L	V	S	D	.	.	.	.	.	.	L	I	V	Y	L	G	S	I	D	F	V	M	S	D	V
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.												.
Template Conservation												.																																																										.
Template Sequence		G	G	L	S	H	W	I	R	I	E	.	D	G	K	I	G	N	F	Q	L	V	V	P	S	T	W	T	L	G	P	R	C	D	K	N	K	L	S	P	V	E	A	S	L	I	G	T	P	V	A	D	A	K	R	P	V	E	I	L	R	T	V	H	S	F	D	P	I	.	A	C	G
Template Known Secondary structure												.	T	T																				T	T											T	T		B		S		T	T	S											T				.
Template Predicted Secondary structure												.																																																										.
Template SS confidence
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.		490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.		.	.	.