Job Description P33599 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:22 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 364 % Identity 15% Template d1frfl_ SCOP info HydB/Nqo4-like HydB/Nqo4-like Nickel-iron hydrogenase, large subunit Resolution 2.70

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		205	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	T	E	N	E	D	F	M	F	L	N	L	G	P	N	H	P	S	A	H	G	A	F	R	I	V	L	Q	L	D	G	E	E	I	V	D	C	V	P	D	I	G	Y	H	H	R	G	A	E	K	M	G	E	R	Q	S	W	H	S	Y	I	P	Y	T	D	R	I	E	Y	L	G	G	C	V	N	E	M	P	Y	V
Query Conservation
Alig confidence																	.																									.
Template Conservation																	.																									.
Template Sequence		T	P	Q	S	T	F	T	G	P	I	V	V	D	P	I	.	T	R	I	E	G	H	L	R	I	M	V	E	V	E	N	G	K	V	K	D	A	W	S	S	.	S	Q	L	F	R	G	L	E	I	I	L	K	G	R	D	P	R	D	A	Q	H	F	T	Q	R	A	C	G	V	C	T	Y	V	H	A	L	A	S	S
Template Known Secondary structure														S	S		.		S	S	B	S										T	T									.							T					T	T	S		G	G	G						G	G	G		S	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																	.																									.
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.		.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.		.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
		285	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	A	V	E	K	L	A	G	I	T	V	P	D	R	V	N	V	I	R	V	M	L	S	E	L	F	R	I	N	S	H	L	L	Y	I	S	T	F	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	C	V	D	D	A	V	K	V	S	I	P	A	N	A	R	M	M	R	N	L	V	M	A	S	Q	Y	L	H	D	H	L	V	H	F	Y	H	L	H	A	L	D	W	V	D	V	T	A	A	L	K	A	D	P	N	K	A	A	K	L	A	A	S	I	D	T	A	R	T	G	N	S	E	K	A	L	K	A	V	Q
Template Known Secondary structure									T																													T	T	T	G	G	G	T			G	G	G	G	G	T	S													S				G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
																																		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.			.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	V	G	A	M	T	P	V	F	F	A	F	T	D	R	Q	K	I	Y	D	L	V	E	A	I	T	G	F	R	M	H	P	A	W	F	R	I	G	G	V	A	H	D	L	.	.	P
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	K	L	K	A	F	V	E	S	G	Q	L	G	I	F	T	N	A	Y	F	L	G	G	H	K	A	Y	Y	L	P	P	E	V	N	L	I	A	T	A	H	Y	L	E	A	L	H	M	Q	V	K	A	A	S	A	M	A	I	L	G	G	K	N	P	H	T	Q	F	T	V	V	G	G	C	S	N	Y	Q	G	L	T
Template Known Secondary structure									T	T	T			G	G	G	T	T		T	T	T	T			T	T																																		S	S	S	S	S						T	T					G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
		370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.											.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	G	W	D	R	L	L	R	E	F	L	D	W	M	P	K	R	L	A	S	Y	E	K	A	A	L	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	T	I	L	K	G	R	S	Q	G	V	A	A	Y	G	A	K	E	A	L	E	W	G	T	T	G	A	G	L	R	A	T	G	I	D	F	D	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	D	P	L	A	N	Y	L	A	L	S	K	E	V	C	Q	F	V	N	E	C	Y	I	P	D	L	L	A	V	A	G	F	Y	K	D	W	G	G	I	G	G	T	S	N	Y	L	A	F	G	E	F	A	T	D	D	S	S	P	E	K	H	L	A	T	S	Q	F	P	S	G	V	I	T	G	R	D	L	G	K	V
Template Known Secondary structure																						T												T	G	G	G	G	G	S	S			S										S			S	S																	T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
									434	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	V	R	K	A	R	P	Y	S	G	Y	E	N	F	D	F	E	I	P	V	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	N	V	D	L	G	A	I	Y	E	D	V	K	Y	S	W	Y	A	P	G	G	D	G	K	H	P	Y	D	G	V	T	D	P	K	Y	T	K	L	D	D	K	D	H	Y	S	W	M	K	A	P	R	Y	K	G	K	A	M	E	V	G	P	L	A	R	T	F	I	A	Y	A	K	G	Q	P	D	F	K	K	V	V
Template Known Secondary structure		B				T	T	T						T	T	B	T	B		T	T		T	T	B		G	G	G					B					T	T		S	S	S		B	S	S					S	S	S	S					S											T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
													454	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	V	S	D	C	Y	T	R	V	M	L	K	V	E	E	L	R	Q	S	L	R	I	L	E	Q	C	L	N	N	M	P	E	G	P	F	K	A	D	H	P	L	T	T	P	P	P	K	E	R	T	L	Q	H	I	E	T	L	I	T	H	F	L	Q	V	S	W	G	P
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	M	V	L	G	K	L	S	V	P	A	T	A	L	H	S	T	L	G	R	T	A	A	R	G	I	E	T	A	I	V	C	A	N	M	E	K	W	I	K	E	M	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	S	G	A	K	D	N	T	L	C	A	K	W	E
Template Known Secondary structure									T			S	G	G	G	S	S																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										B
Template Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.
		523	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.										.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.							580	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	M	P	A	N	E	S	F	Q	M	I	E	A	T	K	G	I	N	S	Y	Y	L	T	S	D	G	S	T	M	S	Y	R	T	R	V	R	T	P	S	F	A	H	L	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	I	P	A	A	I	R	G	S	L	V	S	D	.	.	.	.	.	.	L	I	V	Y	L	G	S	I
Query Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.
Template Sequence		M	P	E	E	S	K	G	V	G	L	A	D	A	P	R	G	S	L	S	H	W	I	R	I	K	.	G	K	K	I	D	N	F	Q	L	V	V	P	S	T	W	N	L	G	P	R	G	P	Q	G	D	K	S	P	V	E	E	A	L	I	G	T	P	I	A	D	P	K	R	P	V	E	I	L	R	T	V	H	A	F
Template Known Secondary structure				S	S										T	T											.	T	T																				T	T											T	T		B		S		T	T	S											T
Template Predicted Secondary structure																											.
Template SS confidence
		462	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.		.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540
		588	.	590	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	F	V	M	S	D	V
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		D	P	C	I	A	C	G
Template Known Secondary structure				B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		541	.	.	.	.	.	.