Job Description P33599 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:22 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 363 % Identity 16% Template d1e3db_ SCOP info HydB/Nqo4-like HydB/Nqo4-like Nickel-iron hydrogenase, large subunit Resolution 1.8

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		205	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	T	E	N	E	D	F	M	F	L	N	L	G	P	N	H	P	S	A	H	G	A	F	R	I	V	L	Q	L	D	G	E	E	I	V	D	C	V	P	D	I	G	Y	H	H	R	G	A	E	K	M	G	E	R	Q	S	W	H	S	Y	I	P	Y	T	D	R	I	E	Y	L	G	G	C	V	N	E	M	P	Y	V
Query Conservation
Alig confidence																	.																									.
Template Conservation																	.																									.
Template Sequence		T	P	R	S	N	Y	T	G	P	I	V	V	D	P	L	.	T	R	I	E	G	H	L	R	I	E	V	E	V	E	G	G	V	I	K	E	A	R	S	C	.	A	T	L	F	R	G	I	E	T	I	L	K	G	R	D	P	R	D	A	Q	H	F	T	Q	R	T	C	G	V	C	T	Y	T	H	A	L	A	S	T
Template Known Secondary structure														S	S		.		S	S	B	S										T	T									.												T	T	S		G	G	G							T	T		S	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																	.																									.
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20		.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.		.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
		285	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	A	V	E	K	L	A	G	I	T	V	P	D	R	V	N	V	I	R	V	M	L	S	E	L	F	R	I	N	S	H	L	L	Y	I	S	T	F	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	C	L	E	D	A	I	N	K	P	I	P	A	N	A	T	Y	I	R	N	L	V	L	G	N	Q	F	M	H	D	H	L	V	H	F	Y	H	L	H	A	L	D	F	V	D	V	T	S	A	L	L	A	D	P	A	K	A	A	K	L	A	N	S	I	S	P	R	K	A	T	T	E	E	F	A	A	V	Q	A	K
Template Known Secondary structure																																							T	T	G	G	G	T			T	T	G	G	G	G	S														S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
																																324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.			.	.	.	370	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	V	G	A	M	T	P	V	F	F	A	F	T	D	R	Q	K	I	Y	D	L	V	E	A	I	T	G	F	R	M	H	P	A	W	F	R	I	G	G	V	A	H	.	.	D	L	P	R	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	K	T	F	V	A	S	G	Q	L	G	P	F	T	N	A	Y	F	L	G	G	H	E	G	Y	Y	M	D	P	E	A	N	L	V	C	T	A	H	Y	L	Q	A	L	R	A	Q	V	E	V	A	K	G	M	A	V	F	G	A	K	N	P	H	T	Q	F	T	V	A	G	G	V	T	C	Y	E	A	L	T	P	E
Template Known Secondary structure								T	S			G	G	G	T	T		T	T	T	T			T	T																																		S		S	S	S						T	T					G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.
Query Sequence		W	D	R	L	L	R	E	F	L	D	W	M	P	K	R	L	A	S	Y	E	K	A	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	N	T	I	L	K	G	R	S	Q	G	V	A	A	Y	G	A	K	E	A	L	E	W	G	.	.	.
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	I	K	Q	F	R	E	L	Y	V	K	A	R	A	F	I	E	E	V	Y	I	P	D	L	L	L	V	A	S	Y	Y	K	D	W	G	K	I	G	G	T	N	N	F	M	A	F	G	E	F	P	A	P	G	G	E	R	D	L	N	S	R	W	Y	K	P	G	V	I	Y	D	R	K	V	G	S	V	Q	P	F	D
Template Known Secondary structure																				T													G	G	G	G	G	S	S			S											T	T		T	T		G	G	G	S	S								T	T		G	G	G		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		244	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
																																																					420	.	.	.	.	.	.	.	.		.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	G	A	G	L	R	A	T	.	G	I	D	F	D	V	R	K	A	R	P	Y	S	G	Y	E	N	F	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Template Conservation
Template Sequence		P	S	K	I	E	E	H	V	R	H	S	W	Y	E	G	K	A	R	A	P	F	E	G	E	T	N	P	H	F	T	F	M	G	D	T	D	K	Y	S	W	N	K	A	P	R	Y	D	G	H	A	V	E	T	G	P	L	A	Q	M	L	V	A	Y	G	H	N	H	K	T	I	K	P	T	I	D	A	V	L	G	K
Template Known Secondary structure		G	G	G						T	T	B	T	B		S			B		G	G	G					B					T	T		S	S	S		B	S	S						T	T	B			B		S											T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
		448	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	E	I	P	V	G	G	G	V	S	D	C	Y	T	R	V	M	L	K	V	E	E	L	R	Q	S	L	R	I	L	E	Q	C	L	N	N	M	P	E	G	P	F	K	A	D	H	P	L	T	T	P	P	P	K	E	R	T	L	Q	H	I	E	T	L	I	T	H	F	L	Q	V	S	W	G	P	V	M	P	A	N
Query Conservation
Alig confidence										.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	N	L	G	P	E	A	L	.	F	S	T	L	G	R	T	A	A	R	G	I	Q	T	L	V	I	A	Q	Q	M	E	N	W	L	N	E	Y	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	N	I	V	K	D	K	Q	I	V	E	D	Y	A	V	P	T	S	A
Template Known Secondary structure			T			G	G	G	G	.	S	S																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	T					B							S	S
Template Predicted Secondary structure										.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		404	.	.	.	.	.	410	.		.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		528	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.										.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.							580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	S	F	Q	M	I	E	A	T	K	G	I	N	S	Y	Y	L	T	S	D	G	S	T	M	S	Y	R	T	R	V	R	T	P	S	F	A	H	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Q	I	P	A	A	I	R	G	S	L	V	S	D	.	.	.	.	.	.	L	I	V	Y	L	G	S	I	D	F	V	M	S
Query Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.
Template Sequence		R	G	V	G	F	A	D	V	S	R	G	G	L	S	H	W	M	T	I	.	E	D	G	K	I	D	N	F	Q	L	V	V	P	T	T	W	N	L	G	P	R	D	D	K	G	V	P	S	A	A	E	A	A	L	V	G	T	P	V	A	D	P	K	R	P	V	E	I	L	R	T	I	H	S	F	D	P	C	I	A
Template Known Secondary structure										T	T										.		T	T															T					T	T											T	T		B		S		T	T	S											T			B
Template Predicted Secondary structure																					.
Template SS confidence
		460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.		.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.
		593	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	V
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		C	S
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		539	540