Job Description P33599 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:22 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 360 % Identity 16% Template c3myrB_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: B: PDB Molecule:nickel-dependent hydrogenase large subunit; PDBTitle: crystal structure of [nife] hydrogenase from allochromatium vinosum in2 its ni-a state Resolution 2.10 Å

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		214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	N	L	G	P	N	H	P	S	A	H	G	A	F	R	I	V	L	Q	L	D	G	E	E	I	V	D	C	V	P	D	I	G	Y	H	H	R	G	A	E	K	M	G	E	R	Q	S	W	H	S	Y	I	P	Y	T	D	R	I	E	Y	L	G	G	C	V	N	E	M	P	Y	V	L	A	V	E	K	L	A	G	I
Query Conservation
Alig confidence										.																							.
Template Conservation										.																							.
Template Sequence		I	V	V	D	P	I	T	R	.	I	E	G	H	L	R	I	E	A	Q	M	D	G	A	T	I	A	Q	A	Y	S	S	.	G	T	M	V	R	G	I	E	T	I	L	K	G	R	D	P	R	D	A	W	A	F	V	Q	R	I	C	G	V	C	T	L	V	H	G	I	A	S	V	R	A	V	E	D	A	L	R	I
Template Known Secondary structure						S			S	.	S	B	S										T	T									.											T	T	T	S		G	G	G							T	T		S	T	T	T	T															T
Template Predicted Secondary structure										.																							.
Template SS confidence
		1005	.	.	.	.	1010	.	.		.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.		.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.
		294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	V	P	D	R	V	N	V	I	R	V	M	L	S	E	L	F	R	I	N	S	H	L	L	Y	I	S	T	F	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	L	P	L	N	A	Q	L	I	R	N	L	M	I	G	A	Q	Y	I	H	D	H	V	M	H	F	Y	H	L	H	A	L	D	W	V	D	V	V	S	A	L	S	A	D	P	R	A	T	S	E	L	A	Q	S	I	S	A	W	P	K	S	S	P	G	Y	F	A	D	T	Q	K	R	I	K	T	F	V	E	S	G
Template Known Secondary structure																														T	T	G	G	G	T							T	T																	S																				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1083	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.
																						324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.									370	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	V	G	A	M	T	P	V	F	F	A	F	T	D	R	Q	K	I	Y	D	L	V	E	A	I	T	G	F	R	M	H	P	A	W	F	R	I	G	G	V	A	H	D	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	R	G	W	D	R	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.											.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																									.
Template Sequence		Q	L	G	I	F	A	N	G	Y	W	G	H	P	A	Y	R	L	P	P	E	A	N	L	M	A	V	A	H	Y	L	E	A	L	A	W	Q	R	D	T	A	K	F	H	A	I	F	G	G	K	N	P	H	P	N	F	.	V	V	G	G	V	P	S	P	I	D	L	D	S	D	S	A	L	N	A	K	R	L	A	E
Template Known Secondary structure				G	G	G	T	T			T	T		T	T																										T								S	S	S	S	S				.	B	T	T	B		S			B		T	T		T	T	S	B
Template Predicted Secondary structure																																																									.
Template SS confidence
		1163	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.		.	.	1220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	R	E	F	L	D	W	M	P	K	R	L	A	S	Y	E	K	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	Q	N	T	I	L	K	G	R	S	Q	G	V	A	A	Y	G	A	K	E	A	L	E	W	G	T	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	R	N	L	I	Q	S	M	R	T	F	V	D	Q	V	Y	V	P	D	T	L	A	I	A	G	F	Y	K	D	W	G	E	R	G	E	G	L	G	N	F	L	C	Y	G	D	L	P	T	G	A	S	L	D	P	A	T	F	L	F	P	R	G	A	I	L	D	R	D	L	S	T	I	H	E	V	D	L	E	A	T
Template Known Secondary structure																T										T	T		G	G	G	G	S	S	S														S	S	S	S			G	G	G										T	T		T	T			B				S	S		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1242	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.
																																																																				421	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	A	G	L	R	A	T	G	I	D	F	D	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	E	I	Q	E	F	V	N	H	S	W	Y	E	Y	S	V	G	N	D	R	G	L	H	P	Y	E	G	Q	T	N	L	E	Y	D	R	R	G	G	V	A	P	P	Y	K	Q	L	D	V	S	D	G	Y	S	W	L	K	A	P	R	W	K	G	R	S	V	E	V	G	P	L	A	R	V	L	M	L	Y	A	T	G
Template Known Secondary structure		T	T						T	T	S	S	B			T	T		T	T	S		B		G	G	G					B		S	T	T	T	T				S	S		S	S			T	T	S				S	S						T	T	B			B		S											T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1322	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.
		435	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	K	A	R	P	Y	S	G	Y	E	N	F	D	F	E	I	P	V	G	G	G	V	S	D	C	Y	T	R	V	M	L	K	V	E	E	L	R	Q	S	L	R	I	L	E	Q	C	L	N	N	M	P	E	G	P	F	K	A	D	H	P	L	T	T	P	P	P	K	E	R	T	L	Q	H	I	E	T	L	I	T	H
Query Conservation
Alig confidence																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	D	Q	A	R	E	L	V	D	S	T	L	S	R	L	D	L	P	V	D	A	L	Y	S	T	L	G	R	T	A	A	R	A	L	E	S	K	I	L	V	D	A	M	Q	G	W	Y	D	G	L	I	A	N	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	S	G	D	T	K	T	F	N
Template Known Secondary structure																	T			G	G	G	G	S	S																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T					B
Template Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1402	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	1460	.	.	.	.
		515	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.										.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	L	Q	V	S	W	G	P	V	M	P	A	N	E	S	F	Q	M	I	E	A	T	K	G	I	N	S	Y	Y	L	T	S	D	G	S	T	M	S	Y	R	T	R	V	R	T	P	S	F	A	H	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Q	I	P	A	A	I	R	G	S	L	V	S	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.
Template Sequence		E	T	L	W	E	P	S	S	W	P	S	R	A	Q	G	V	G	I	M	E	A	P	R	G	A	L	G	H	W	I	V	I	.	E	D	G	R	I	A	N	Y	Q	A	V	V	P	S	T	W	N	A	G	P	R	D	G	R	G	Q	A	G	A	Y	E	A	A	L	Q	D	N	H	Q	L	V	D	V	K	Q	P	I
Template Known Secondary structure			T	T		S	G	G	G	S		S											T	T										.		T	T																				T	T												S	S		B		S		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																		.
Template SS confidence
		1465	.	.	.	.	1470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1490	.	.	.	.	.	.		.	.	.	1500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1540	.	.	.
		579	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	L	I	V	Y	L	G	S	I	D	F	V	M	S	D	V
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	I	L	R	T	I	H	S	F	D	P	C	I	A	C	A
Template Known Secondary structure										T			B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1544	.	.	.	.	.	1550	.	.	.	.	.	.	.	.	.