Job Description P33599 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:22 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 353 % Identity 19% Template c2wpnB_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: B: PDB Molecule:periplasmic [nifese] hydrogenase, large subunit, PDBTitle: structure of the oxidised, as-isolated nifese hydrogenase2 from d. vulgaris hildenborough Resolution 2.04 Å

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		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	F	M	F	L	N	L	G	P	N	H	P	S	A	H	G	A	F	R	I	V	L	Q	L	D	G	E	E	I	V	D	C	V	P	D	I	G	Y	H	H	R	G	A	E	K	M	G	E	R	Q	S	W	H	S	Y	I	P	Y	T	D	R	I	E	Y	L	G	G	C	V	N	E	M	P	Y	V	L	A	V	E	K
Query Conservation
Alig confidence												.																									.																											.
Template Conservation												.																									.																											.
Template Sequence		G	R	T	T	I	A	I	D	P	V	.	T	R	I	E	G	H	L	K	A	E	V	V	V	E	N	G	K	V	V	D	A	R	L	S	.	G	G	M	Y	R	G	F	E	T	I	L	R	G	R	D	P	R	D	A	S	Q	I	V	Q	R	I	.	G	V	C	P	T	A	H	S	T	A	S	V	L	A	L	D	E
Template Known Secondary structure									S	S		.		S	S	S	S										T	T									.											T	T	T	S		G	G	G					G	G	G		.			S
Template Predicted Secondary structure												.																									.																											.
Template SS confidence
		15	.	.	.	.	20	.	.	.	.		.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.		.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.		.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.
		290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	A	G	I	T	V	P	D	R	V	N	V	I	R	V	M	L	S	E	L	F	R	I	N	S	H	L	L	Y	I	S	T	F	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	V	G	A	M	T	P	V	F	F	A	F	T	D	R	Q	K	I
Query Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	F	G	A	K	V	P	N	N	G	R	I	T	R	N	L	I	F	G	A	N	Y	L	Q	S	H	I	L	H	F	Y	H	L	S	A	Q	D	F	V	Q	G	P	D	T	A	P	F	V	P	R	F	P	K	S	D	L	R	L	S	K	E	L	N	K	A	G	V	D	Q	Y	I	E	A	L	E	V	R	R	I	C
Template Known Secondary structure				T																														T	T	G	G	G	T	S				S	S	T	T	S		S			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.
		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.						390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	D	L	V	E	A	I	T	G	F	R	M	H	P	A	W	F	R	I	G	G	V	A	H	D	L	P	R	G	W	D	R	L	L	R	E	F	L	D	W	M	P	K	R	L	A	S	.	.	.	.	.	Y	E	K	A	A	L	Q	N	T	I	L	K	G	R	S	Q	G	V	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	E	M	V	A	L	F	G	G	R	M	P	H	V	Q	G	Q	V	V	G	G	A	T	E	I	P	T	K	E	K	L	V	E	Y	A	A	R	F	K	K	V	R	D	F	V	E	Q	K	Y	V	P	V	V	Y	T	I	G	S	K	Y	K	D	M	F	K	V	G	Q	G	F	K	A	A	L	C	V	G	A	F	P
Template Known Secondary structure										S	S	S	S	S		S	S			T	T			S	S																								T											T		G	G	G	G	S	S			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.
		410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	G	A	K	E	A	L	E	W	G	T	T	G	A	G	L	R	A	T	G	I	D	F	D	V	R	K	A	R	P	Y	S	G	Y	E	N	F	D	F	E	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	D	N	S	G	K	K	H	L	F	M	P	G	V	Y	A	K	G	K	D	M	P	F	D	P	S	K	I	K	E	Y	V	K	Y	S	W	F	A	E	E	T	T	G	L	N	Y	K	E	G	K	T	I	P	A	P	D	K	A	G	A	Y	S	F	V	K	A	P	R	Y	D	G	L	S	L	E	V	G	P	L	A
Template Known Secondary structure			S	T	T	S												T	T							G	G	G						T	T	B	S	B		G	G	G	T	T	B		G	G	G					B		T	T		T	T			B	S	S						T	T	B			B		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		253	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.
																																	452	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	G	G	G	V	S	D	C	Y	T	R	V	M	L	K	V	E	E	L	R	Q	S	L	R	I	L	E	Q	C	L	N	N	M	P	E	G	P	F	K	A	D	H	P	L	T	T	P	P	P
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	M	W	V	N	N	P	E	L	S	P	V	G	K	K	L	L	K	D	L	F	G	I	S	A	K	K	F	R	D	L	G	E	E	A	A	F	S	L	M	G	R	H	V	A	R	A	E	E	T	Y	Y	M	L	G	A	I	E	G	W	L	K	E	I	K	A	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									B																		S	B	G	G	G	G						S	S																												T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		333	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
		501	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.										.	.	.	.	570	.
Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	E	R	T	L	Q	H	I	E	T	L	I	T	H	F	L	Q	V	S	W	G	P	V	M	P	A	N	E	S	F	Q	M	I	E	A	T	K	G	I	N	S	Y	Y	L	T	S	D	G	S	T	M	S	Y	R	T	R	V	R	T	P	S	F	A	H	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Q	I	P	A	A
Query Conservation																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	T	V	V	M	P	A	V	P	A	S	A	E	G	T	G	F	T	E	A	P	R	G	S	L	L	H	Y	V	K	V	K	.	D	S	K	I	D	N	Y	Q	I	V	S	A	S	L	W	N	C	N	P	R	D	D	M	G	Q	R	G	A	V	E	E	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			B							S	S										T	T											.	T	T															S					T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Template SS confidence
																	401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.		.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.
		572	.	.	.	.	.	.	.							580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	R	G	S	L	V	S	D	.	.	.	.	.	.	L	I	V	Y	L	G	S	I	D	F	V	M	S	D	V
Query Conservation										.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.												.
Template Conservation																											.
Template Sequence		L	I	G	I	P	V	D	D	I	Q	N	P	V	N	V	A	R	L	I	R	A	F	D	P	L	.	G	C	A
Template Known Secondary structure		T	T	T		B		S		T	T	S											T				.
Template Predicted Secondary structure																											.
Template SS confidence
		465	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.		490	.	.