Job Description P00959 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:21 GMT 2012 Rank 22 Aligned Residues 361 % Identity 19% Template c3tqoA_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:cysteinyl-trna synthetase; PDBTitle: structure of the cysteinyl-trna synthetase (cyss) from coxiella2 burnetii. Resolution 2.30 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	Q	V	A	K	K	I	L	V	T	C	A	L	P	Y	A	N	G	S	I	H	L	G	H	M	L	E	H	I	Q	A	D	V	W	V	R	Y	Q	R	M	R	G	H	E	V	N	F	I	C	A	D	D	A	H	G	T	P	I	M	L	K	A	Q	Q	L	G	I	T	P	E	Q	M	I	G	E	M	S	Q	E	H
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		P	I	E	S	G	K	V	K	L	Y	V	C	G	X	T	V	Y	D	Y	X	H	I	G	H	G	R	S	W	I	I	F	D	X	V	V	R	Y	L	R	X	R	G	Y	E	V	T	F	V	R	N	I	T	D	I	D	D	K	I	I	K	R	A	G	E	N	K	E	S	P	A	A	L	A	E	R	F	I	Q	I	L
Template Known Secondary structure			S	S	T	T										B	T	T	S			B																				T	T									B	B													T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		18	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	T	D	F	A	G	F	N	I	S	Y	D	N	Y	H	S	T	H	S	E	E	N	R	Q	L	S	E	L	I	Y	S	R	L	K	E	N	G	F	I	K	N	R	T	I	S	Q	L	Y	D	P	E	K	G	M	F	L	P	D	R	F	V	K	G	T	C	P	K	C	K	S	P	D	Q	Y	G	D	N	C	E	V
Query Conservation
Alig confidence																					.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	E	D	E	K	A	L	R	V	L	S	P	D	Q	E	P	R	A	T	.	Q	Y	V	P	E	I	I	K	L	I	Q	K	L	L	D	N	Q	Y	A	Y	T	G	Q	N	G	D	V	F	F	D	V	R	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									T					S	B			B	G	G	.	G																T	S					T	T	S						T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																					.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		98	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.		.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		C	G	A	T	Y	S	P	T	E	L	I	E	P	K	S	V	V	S	G	A	T	P	V	M	R	D	S	E	H	F	F	F	D	L	P	S	F	S	E	M	L	Q	A	W	T	R	S	G	A	L	Q	E	Q	V	A	N	K	M	Q	E	W	F	E	S	G	L	Q	Q	W	D	I	S	R	D	A	P	Y	F	G	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	K	D	Y	G	K	L	S	H	R	H	L	D	S	K	R	D	P	L	D	F	V	L	W	K	K	A	K	P	G	E	P	K	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	S	P	W	G	E	G	R	P	G	.	.	W	H	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	T	T	T	T	T	T		S					S	S	T	T										T	T	S			B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T		S					.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.
Template SS confidence
												150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	190	.	.	.			.	.	.
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.		.	.	.	.	.	.	320
Predicted Secondary structure																																																																										.
Query SS confidence																																																																										.
Query Sequence		E	I	P	N	A	P	G	K	Y	F	Y	V	W	L	D	A	P	I	G	Y	M	G	S	F	K	N	L	C	D	K	R	G	D	S	V	S	F	D	E	Y	W	K	K	D	S	T	A	E	L	Y	H	F	I	G	K	D	I	V	Y	F	H	S	L	F	W	P	A	M	L	E	G	S	.	N	F	R	K	P	S	N
Query Conservation																																																																										.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	C	S	A	X	S	S	S	I	L	G	Q	P	F	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	H	G	G	G	L	D	L	K	F	P	H	H	E	N	E	I	A	Q	S	E	A	G	E	E	K	P	F	V	K	L
Template Known Secondary structure													S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						G	G	G	T	T	T														S	S
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		209	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.
		321	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	F	V	H	G	Y	V	T	V	N	G	A	K	M	S	K	S	R	G	T	F	I	K	A	S	T	W	L	N	H	F	D	A	D	S	L	R	Y	Y	Y	T	A	K	L	S	S	R	I	D	D	I	D	L	N	L	E	D	F	V	Q	R	V	N	A	D	I	V	N	K	V	V	N	L	A	S	R	N	A	G	F
Query Conservation
Alig confidence																																															.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	X	H	A	G	L	L	E	I	N	K	E	K	X	S	K	S	L	G	N	I	I	S	I	R	E	A	L	K	E	S	D	V	E	V	L	R	Y	F	L	L	S	G	H	Y	.	.	R	N	P	L	S	Y	S	K	E	N	L	E	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	L	A	L	E	R	F	Y	L	A
Template Known Secondary structure											T	T					T	T	T	T				B								S												S		T	.	.	T	S												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																															.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		255	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.			300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.										.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
		401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.		.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.
Query SS confidence																																			.
Query Sequence		I	N	K	R	F	D	G	V	L	A	S	E	L	A	D	P	Q	L	Y	K	T	F	T	D	A	A	E	V	I	G	E	A	W	.	E	S	R	E	F	G	K	A	V	R	E	I	M	A	L	A	D	L	A	N	R	Y	V	D	E	Q	A	P	W	V	V	A	K	Q	E	G	R	D	A	D	L	Q	A	I	C	S
Query Conservation																																			.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	R	G	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	S	S	Y	T	D	R	F	Y	E	A	X	D	D	D	F	N	T	P	I	A	F	A	L	L	F	E	X	V	R	E	I	N	R	F	R	D	N	N	Q	I	E	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A
Template Known Secondary structure			T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													T	B	T																							T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		324	.	.	.	.																	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.															.	.
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.			.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.
Query SS confidence																.	.
Query Sequence		M	G	I	N	L	F	R	V	L	M	T	Y	L	K	.	.	P	V	L	P	K
Query Conservation																.	.
Alig confidence																.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	L	A	A	E	L	K	C	L	G	N	I	F	G	L	L	Q	Y	S	P	E
Template Known Secondary structure												G	G	G	T		S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400