Job Description P00959 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:21 GMT 2012 Rank 23 Aligned Residues 377 % Identity 15% Template c3sp1B_ PDB info PDB header:ligase Chain: B: PDB Molecule:cysteinyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of cysteinyl-trna synthetase (cyss) from borrelia2 burgdorferi Resolution 2.55 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	I	L	V	T	C	A	L	P	Y	A	N	G	S	I	H	L	G	H	M	L	E	H	I	Q	A	D	V	W	V	R	Y	Q	R	M	R	G	H	E	V	N	F	I	C	A	D	D	A	H	G	T	P	I	M	L	K	A	Q	Q	L	G	I	T	P	E	Q	M	I	G	E	M	S	Q	E	H	Q	T	D	F	A
Query Conservation
Alig confidence								.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	V	Y	A	C	G	.	.	P	T	V	Y	N	Y	A	H	I	G	N	F	R	T	Y	I	F	G	D	L	L	I	K	T	L	R	F	L	G	Y	K	V	N	Y	A	M	N	I	T	D	I	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	G	L	T	V	Y	E	I	S	E	F	F	T	E	A	F	F	N	D	C	R
Template Known Secondary structure								.	.		B	S	S	S																							T	T										B		S		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure								.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		23	.	.	.	.	.			.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70										.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.
		87	.	.	90	.	.		.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.
Query SS confidence								.
Query Sequence		G	F	N	I	S	Y	.	D	N	Y	H	S	T	H	S	E	E	N	R	Q	L	S	E	L	I	Y	S	R	L	K	E	N	G	F	I	K	N	R	T	I	S	Q	L	Y	D	P	E	K	G	M	F	L	P	D	R	F	V	K	G	T	C	P	K	C	K	S	P	D	Q	Y	G	D	N	C	E	V	C	G	A	T
Query Conservation								.
Alig confidence								.								.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	L	N	I	V	Y	P	D	K	V	L	V	A	S	.	.	K	H	I	P	I	M	I	E	V	V	K	I	L	E	E	K	K	I	T	Y	F	S	N	G	N	V	Y	F	D	T	S	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	K	S	Y	G	E	M
Template Known Secondary structure			T	T					S					G	G	.	.	G															T	T						T	T						G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	T	T	G	G
Template Predicted Secondary structure																.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		111	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.			.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	160	.	.	.
		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	S	P	T	E	L	I	E	P	K	S	V	V	S	G	A	T	P	V	M	R	D	S	E	H	F	F	F	D	L	P	S	F	S	E	M	L	Q	A	W	T	R	S	G	A	L	Q	E	Q	V	A	N	K	M	Q	E	W	F	E	S	G	L	Q	Q	W	D	I	S	R	D	A	P	Y	F	G	F	E	I	P	N
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Sequence		A	G	I	K	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	R	N	K	T	D	F	V	L	W	F	T	N	S	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	K	D	Q	E	M	K	W	D	S	P	.	W	G	F	G	Y	P	S
Template Known Secondary structure		G					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S	T	T									S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T				B			T	.	T		S
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template SS confidence
		164	.	.	.	.																	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.		.	.	.	.	.	200	.
		246	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.		.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																						.
Query SS confidence																																																																						.
Query Sequence		A	P	G	K	Y	F	Y	V	W	L	D	A	P	I	G	Y	M	G	S	F	K	N	L	C	D	K	R	G	D	S	V	S	F	D	E	Y	W	K	K	D	S	T	A	E	L	Y	H	F	I	G	K	D	I	V	Y	F	H	S	L	F	W	P	A	M	L	E	G	S	.	N	F	R	K	P	S	N	L	F	V	H
Query Conservation																																																																						.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	H	L	E	C	A	A	M	N	L	E	Y	F	K	D	A	L	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	H	L	G	G	V	D	H	I	G	V	H	H	I	N	E	I	A	I	A	E	C	F	L	N	K	K	W	C	D	V	F	V	H	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						G	G	G	T	T	T														T	S				S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.														.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	Y	V	T	V	N	G	A	K	M	S	K	S	R	G	T	F	I	K	A	S	T	W	L	N	H	F	D	A	D	S	L	R	Y	Y	Y	T	A	K	L	S	S	R	I	D	D	I	D	L	N	L	E	D	F	V	Q	R	V	N	A	D	I	V	N	K	V	V	N	L	A	S	R	N	A	G	F	I	N	K	R
Query Conservation
Alig confidence																				.	.	.	.																	.	.																						.	.
Template Conservation																				.	.	.	.																	.	.																						.	.
Template Sequence		E	F	L	I	M	D	Y	N	K	M	S	F	I	T	V	K	D	L	.	.	.	.	E	D	Q	N	F	S	P	L	D	F	R	Y	L	C	L	T	.	.	S	H	Y	R	N	Q	L	K	F	S	L	D	N	L	Q	A	S	K	I	A	R	.	.	E	N	L	I	N	K	L	S	Y	F	Y	E	S	L	D	P	V
Template Known Secondary structure						S	S	S	S	B										.	.	.	.			T	T												T	.	.	S		T	T	S																	.	.													T
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.																	.	.																						.	.
Template SS confidence
		270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.					.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.			.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.			.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
		405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.		.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.
Query SS confidence																															.
Query Sequence		F	D	G	V	L	A	S	E	L	A	D	P	Q	L	Y	K	T	F	T	D	A	A	E	V	I	G	E	A	W	.	E	S	R	E	F	G	K	A	V	R	E	I	M	A	L	A	D	L	A	N	R	Y	V	D	E	Q	A	P	W	V	V	A	K	Q	E	G	R	D	A	D	L	Q	A	I	C	S	M	G	I	N
Query Conservation																															.
Alig confidence		.																													.																												.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.																																																									.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	D	L	N	T	L	N	K	D	L	K	N	F	G	F	S	V	E	K	E	Y	Y	D	S	F	V	E	K	I	S	F	D	L	N	V	A	Q	G	L	A	L	L	W	E	I	I	K	S	D	N	L	S	F	V	S	K	L	.	.	.	.	.	.	.	R	L	A	F	I	F	D	E	I	M	S	L	N	L	R	E
Template Known Secondary structure		.				T	T	T	S		T	T	S		S	S																B	T																	T	T	S							.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.																																																									.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.								.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.
		484	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	F	R	V	L	M	T	Y	L	K	P	V	L	P	K	L	T	E	R	A	E	A	F
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	I	L	K	N	L	Q	N	H	D	V	V	I	D	E	N	M	K	A	L	I	E	E
Template Known Secondary structure									T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		419	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.