Job Description P00959 Confidence 98.23% Date Thu Jan 5 10:57:21 GMT 2012 Rank 70 Aligned Residues 318 % Identity 13% Template c3focB_ PDB info PDB header:ligase Chain: B: PDB Molecule:tryptophanyl-trna synthetase; PDBTitle: tryptophanyl-trna synthetase from giardia lamblia Resolution 2.09 Å

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		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	V	A	K	K	I	L	V	T	C	A	L	P	Y	A	N	G	S	I	H	L	G	H	M	L	E	H	I	Q	A	D	V	W	V	R	Y	Q	R	M	R	G	H	E	V	N	F	I	C	A	D	D	A	H	G	T	P	I	M	L	K	A	Q	Q	L	G	I	T	P	E	Q	M	I	G	E	M	S	Q	E	H	Q
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.																										.	.	.	.	.	.															.
Template Conservation																									.	.	.																										.	.	.	.	.	.															.
Template Sequence		E	K	G	H	P	I	Y	I	Y	T	G	R	G	P	S	S	G	A	L	H	L	G	H	.	.	.	L	L	P	F	I	F	T	K	Y	L	Q	D	A	F	K	C	Y	V	V	I	Q	I	T	D	D	.	.	.	.	.	.	E	K	F	L	R	N	R	S	L	S	Y	A	E	V	.	D	S	Y	T	R	E	N	I
Template Known Secondary structure			T	T													S	S			B				.	.	.															T											.	.	.	.	.	.							T	T							.
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.																										.	.	.	.	.	.															.
Template SS confidence
		65	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.				.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.							.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.		.	.	.	130	.	.	.	.
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.			.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure														.	.
Query SS confidence														.	.
Query Sequence		T	D	F	A	G	F	N	I	S	Y	D	N	.	.	Y	H	S	T	H	S	E	E	N	R	Q	L	S	E	L	I	Y	S	R	L	K	E	N	G	F	I	K	N	R	T	I	S	Q	L	Y	D	P	E	K	G	M	F	L	P	D	R	F	V	K	G	T	C	P	K	C	K	S	P	D	Q	Y	G	D	N	C	E
Query Conservation														.	.
Alig confidence														.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	D	I	I	A	C	G	F	D	P	D	K	T	F	I	F	I	N	S	Q	Y	L	S	L	K	N	R	Y	R	F	S	C	L	V	D	R	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						T	T	T			G	G	G										T	T	S	T	T											T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		135	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	C	G	A	T	Y	S	P	T	E	L	I	E	P	K	S	V	V	S	G	A	T	P	V	M	R	D	S	E	H	F	F	F	D	L	P	S	F	S	E	M	L	Q	A	W	T	R	S	G	A	L	Q	E	Q	V	A	N	K	M	Q	E	W	F	E	S	G	L	Q	Q	W	D	I	S	R	D	A	P	Y	F	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.																														.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.																														.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	I	S	Q	L	R	A	S	F	.	.	.	.	.	.	G	F	S	N	D	A	N	V	G	Y	A	A	F	P	P	K	Q	M	L	P	V	Y	S	T	Y	F	D	G	L	.	P	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.				S	S							T							G	G	G	S	G	G	G	G	T	T	S	.	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.																														.
Template SS confidence
																																		172	.	.	.	.	.	.	.	180	.							.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210		.	.
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	E	I	P	N	A	P	G	K	Y	F	Y	V	W	L	D	A	P	I	G	Y	M	G	S	F	K	N	L	C	D	K	R	G	D	S	V	S	F	D	E	Y	W	K	K	D	S	T	A	E	L	Y	H	F	I	G	K	D	I	V	Y	F	H	S	L	F	W	P	A	M	L	E	G	S	N	F	R	K	P	S	N
Query Conservation
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.
Template Sequence		T	R	V	P	L	P	V	G	A	V	L	S	P	V	H	V	V	E	E	L	F	P	D	S	K	R	Y	Q	K	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	C	L	I	A	S	G	I	E	Q	D	P	.	Y	F	R	L	A	R	D	L	A	P	R	M	G	H	P	K	N	A	Y
Template Known Secondary structure		G		S	B																		G	G	G	T	T	B				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T	T	T			.									T	T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.
Template SS confidence
		213	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.		.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.
		321	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.			.	.	.	.	.	.	.	.	340		.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.										.
Query SS confidence													.	.										.
Query Sequence		L	F	V	H	G	Y	V	T	V	N	G	.	.	A	K	M	S	K	S	R	G	T	.	F	I	K	A	S	T	W	L	N	H	F	D	A	D	S	L	R	Y	Y	Y	T	A	K	L	S	S	R	I	D	D	I	D	L	N	L	E	D	F	V	Q	R	V	N	A	D	I	V	N	K	V	V	N	L	A	S	R	N
Query Conservation													.	.										.
Alig confidence													.	.										.							.	.	.	.	.																								.
Template Conservation																															.	.	.	.	.																								.
Template Sequence		L	L	G	K	F	L	P	G	L	Q	G	S	G	T	K	M	S	A	S	D	P	N	S	A	I	Y	L	T	D	.	.	.	.	.	T	P	A	Q	I	K	N	K	I	N	R	Y	A	F	S	G	G	R	D	T	A	F	G	.	A	D	L	S	V	D	V	S	V	R	Y	L	E	V	F	M	K	D	D	A	E	L
Template Known Secondary structure										T	T		T	T					S	S		G	G	G	S		B	T	T		.	.	.	.	.													S				S							.			T	T	T
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.																								.
Template SS confidence
		297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.						.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.		.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370
		398	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	G	F	I	N	K	R	F	D	G	V	L	A	S	E	L	A	D	P	Q	L	Y	K	T	F	T	D	A	A	E	V	I	G	E	A	W	E	S	R	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	K	L	K	A	D	Y	K	T	G	K	L	L	T	G	E	V	K	A	T	L	I	G	I	L	Q	G	L	I	K	E	H	A	E	R	R	D	K	V	D
Template Known Secondary structure											T	S	S																									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.