Job Description P00959 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:21 GMT 2012 Rank 24 Aligned Residues 406 % Identity 16% Template c3fnrA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:arginyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of putative arginyl t-rna synthetase from2 campylobacter jejuni; Resolution 2.20 Å

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		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	K	K	I	L	V	T	C	A	L	P	Y	A	N	G	S	I	H	L	G	H	M	L	E	H	I	Q	A	D	V	W	V	R	Y	Q	R	M	R	G	H	E	V	N	F	I	C	A	D	D	A	H	G	T	P	I	M	L	K	A	Q	Q	L	G	I	T	P	E	Q	M	I	G	E	M	S	Q	E	H	Q	T	D
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Q	E	S	F	L	L	E	Y	V	S	A	N	P	T	G	P	L	H	I	G	H	A	R	G	A	V	F	G	D	T	L	T	R	L	A	R	H	L	G	Y	K	F	N	T	E	Y	Y	V	N	D	A	G	N	Q	I	Y	L	L	G	L	S	I	L	L	S	V	K	E	S	I	L	H	E	N	V	E	Y	P	E	Q
Template Known Secondary structure		S												S	S	S	S		B	G	G	G																	T	T																															T	S								S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		103	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	A	G	F	N	I	S	Y	D	N	Y	H	S	T	H	S	E	E	N	R	Q	L	S	E	L	I	Y	S	R	L	K	E	N	G	F	I	K	N	R	T	I	S	Q	L	Y	D	P	E	K	G	M	F	L	P	D	R	F	V	K	G	T	C	P	K	C	K	S	P	D	Q	Y	G	D	N	C	E	V	C	G	A
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	G	E	Y	I	V	D	L	A	K	E	A	F	E	K	F	G	K	E	F	F	S	E	E	N	I	P	S	L	A	.	.	.	.	.	.	D	W	A	K	D	K	M	L	V	L	I	K	Q	N	L	E	Q	A	K	I	K	I	D	S	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S																G	G	G		S	G	G	G						.	.	.	.	.	.																		T	T				S		.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		183	.													.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.							.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	Y	S	P	T	E	L	I	E	P	K	S	V	V	S	G	A	T	P	V	M	R	D	S	E	H	F	F	F	D	L	P	S	F	S	E	M	L	Q	A	W	T	R	S	G	A	L	Q	E	Q	V	A	N	K	M	Q	E	W	F	E	S	G	L	Q	Q	W	D	I	S	R	D	A	P	Y	F	G	F	E	I	P
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	V	S	E	R	S	Y	Y	D	A	L	N	A	T	L	E	S	L	K	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	K	G	I	Y	E	Q	E	G	K	I	W	L	A	S	S	Q	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				G	G	G	G	S	T	T											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T						T	T						G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																						239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.		300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.
Query SS confidence																																																									.
Query Sequence		N	A	P	G	K	Y	F	Y	V	W	L	D	A	P	I	G	Y	M	G	S	F	K	N	L	C	D	K	R	G	D	S	V	S	F	D	E	Y	W	K	K	D	S	T	A	E	L	Y	H	F	I	G	K	D	I	V	.	Y	F	H	S	L	F	W	P	A	M	L	E	G	S	N	F	R	K	P	S	N	L	F	V
Query Conservation																																																									.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.									.	.	.												.
Template Conservation																												.	.	.	.	.	.	.									.	.	.
Template Sequence		G	D	E	K	D	R	V	I	I	R	E	D	G	R	G	T	Y	L	A	A	D	I	V	Y	H	K	.	.	.	.	.	.	.	D	K	M	S	R	G	Y	G	.	.	.	K	C	I	N	I	W	G	A	D	H	H	G	Y	I	P	R	M	K	A	A	M	E	F	L	G	F	D	S	N	N	L	E	I	I	L	A
Template Known Secondary structure		T		S	S							T	T	S		B												.	.	.	.	.	.	.				T	S	S		S	.	.	.								G	G	G	G	G	G										T	T	T			G	G	G
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.									.	.	.
Template SS confidence
		277	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.								.	.	.	.	.	.	.	310				.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	G	Y	V	T	V	N	G	A	K	M	S	K	S	R	G	T	F	I	K	A	S	T	W	L	N	H	F	D	A	D	S	L	R	Y	Y	Y	T	A	K	L	S	S	R	I	D	D	I	D	L	N	L	E	D	F	V	Q	R	V	N	A	D	I	V	N	K	V	V	N	L	A	S	R	N	A	G	F	I	N	K
Query Conservation
Alig confidence																																												.	.
Template Conservation																																												.	.
Template Sequence		Q	M	V	S	L	L	K	D	G	E	P	Y	K	M	A	G	N	F	I	L	M	S	D	V	V	D	E	I	G	S	D	A	L	R	Y	I	F	L	S	K	K	C	.	.	D	T	H	L	E	F	D	I	S	D	L	Q	K	E	D	S	S	N	P	V	Y	Y	I	N	Y	A	H	A	R	I	H	Q	V	F	A	K
Template Known Secondary structure									T	T								S	S		B																	T	T	S	S		T	.	.	T	S						G	G	G	G	G			S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																												.	.
Template SS confidence
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.			.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.
		404	.	.	.	.	.	410	.									.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	F	D	G	V	L	A	S	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	A	D	P	Q	L	Y	K	T	F	T	D	A	A	E	V	I	G	E	A	W	E	S	R	E	F	G	K	A	V	R	E	I	M	A	L	A	D	L	A	N	R	Y	V	D	E	Q	A	P	W	V	V	A	K	Q	E	G	R	D	A	D	L	Q
Query Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.
Template Conservation																																																																						.	.	.	.
Template Sequence		A	G	K	K	I	D	D	V	M	K	A	D	L	Q	S	L	N	Q	D	G	V	N	L	L	F	E	A	L	N	L	K	A	V	L	N	D	A	F	E	A	R	A	L	Q	K	I	P	D	Y	L	K	N	L	A	A	N	F	H	K	F	Y	N	E	N	K	V	V	G	.	.	.	.	S	A	N	E	N	D	L	L
Template Known Secondary structure		T	T			T	T	T	S	T	T				T	T														T												T		T	T																							T	T	.	.	.	.	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.
Template SS confidence
		428	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.					.	.	.	.	500	.	.	.
		476	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	I	C	S	M	G	I	N	L	F	R	V	L	M	T	Y	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	L	F	S	L	V	A	L	S	I	K	T	A	F	S	L	M
Template Known Secondary structure																		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		504	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520