Job Description P00959 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:21 GMT 2012 Rank 27 Aligned Residues 398 % Identity 17% Template c2zufA_ PDB info PDB header:ligase/rna Chain: A: PDB Molecule:arginyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of pyrococcus horikoshii arginyl-trna2 synthetase complexed with trna(arg) Resolution 2.30 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	Q	V	A	K	K	I	L	V	T	C	A	L	P	Y	A	N	G	S	I	H	L	G	H	M	L	E	H	I	Q	A	D	V	W	V	R	Y	Q	R	M	R	G	H	E	V	N	F	I	C	A	D	D	A	H	G	T	P	I	M	L	K	A	Q	Q	L	G	I	T	P	E	Q	M	I	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	G	K	G	K	K	V	I	V	E	H	T	S	V	N	P	T	K	P	L	H	M	G	H	A	R	N	A	I	L	G	D	V	M	A	R	I	L	R	F	L	G	Y	E	V	E	V	Q	N	Y	I	D	D	L	G	I	Q	F	A	Q	V	Y	W	G	Y	L	R	L	K	E	E	F	E	R	I	M	N	E	L	R
Template Known Secondary structure		T	T	T	T												T	T	S			B																				T	T											T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		115	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.
																																																						75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	E	M	S	Q	E	H	Q	T	D	F	A	G	F	N	I	S	Y	D	N	Y	H	S	T	H	S	E	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	R	G	L	K	D	N	P	I	D	H	A	L	G	L	L	Y	V	E	V	N	R	R	L	E	D	N	P	E	L	E	N	E	I	R	D	I	M	K	K	L	E	S	G	E	L	Y	G	R	K	L	A	E	E	V	V	R	A	Q	M	V	T	T	Y	K	L	G	V	K	Y	D	L	L	V	W	E	S	D	I	V
Template Known Secondary structure		T	T	T	S		S		T																				T	T															S	S	S																				T	T				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		195	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.
		103	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.				.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.
Query Sequence		N	R	Q	L	S	E	L	I	Y	S	R	L	K	E	N	G	F	I	K	N	.	.	.	R	T	I	S	Q	L	Y	D	P	E	K	G	M	F	L	P	D	R	F	V	K	G	T	C	P	K	C	K	S	P	D	Q	Y	G	D	N	C	E	V	C	G	A	T	Y	S	P	T	E	L	I	E	P	K	S	V	V	S
Query Conservation																						.	.	.
Alig confidence																						.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	R	K	L	F	E	I	A	L	E	L	L	S	K	N	E	N	F	Y	I	P	S	D	G	K	Y	R	G	A	F	V	M	D	L	R	K	L	F	P	D	M	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T											T	S	T	T					S	S	S	T	T	T	T							T	T	T		S	S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		275	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
		180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.		.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																													.
Query SS confidence																																																													.
Query Sequence		G	A	T	P	V	M	R	D	S	E	H	F	F	F	D	L	P	S	F	S	E	M	L	Q	A	W	T	R	S	G	A	L	Q	E	Q	V	A	N	K	M	Q	E	W	F	E	S	G	L	Q	Q	W	D	I	S	R	D	A	P	Y	.	F	G	F	E	I	P	N	A	P	G	K	Y	F	Y	V	W	L	D	A	P
Query Conservation																																																													.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.									.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	P	I	L	V	L	R	R	S	D	G	T	A	T	Y	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	D	I	A	Y	H	L	W	K	F	G	K	I	D	V	D	L	L	Y	K	.	.	.	.	.	.	.	E	W	D	S	T
Template Known Secondary structure										T	T	S		B				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T		S								.	.	.	.	.	.	.		S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		317	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.								.	.	.	.	.
		259	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.				.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.
Query SS confidence																																																																				.	.	.
Query Sequence		I	G	Y	M	G	S	F	K	N	L	C	D	K	R	G	D	S	V	S	F	D	E	Y	W	K	K	D	S	T	A	E	L	Y	H	F	I	G	K	D	I	V	Y	F	H	S	L	F	W	P	A	M	L	E	G	S	N	F	R	K	P	S	N	L	F	V	H	.	.	.	G	Y	V	T	V	N	G	A	K	M	S
Query Conservation																																																																				.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.																		.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Template Sequence		T	W	T	T	A	P	D	G	K	S	M	P	N	K	F	G	N	A	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	V	I	N	V	I	G	A	E	Q	K	H	P	Q	L	A	I	K	.	Y	A	L	Q	L	L	G	F	E	D	A	A	A	N	L	Y	H	L	A	Y	E	H	V	E	R	P	E	G	K	F	S
Template Known Secondary structure													T	T	S	S				S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								G	G	G									.						T	T							T											B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Template SS confidence
		359	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.												.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.		.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.
		336	.	.	.	340	.	.			.	.	.	.	.	.	.	350																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	S	R	G	T	F	I	.	.	K	A	S	T	W	L	N	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	A	D	S	L	R	Y	Y	Y	T	A	K	L	S	S	R	I	D	D	I	D	L	N	L	E	D	F	V	Q	R	V	N	A	D	I
Query Conservation									.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.															.
Template Conservation																																																													.	.															.
Template Sequence		G	R	K	G	T	W	V	G	F	T	V	D	E	V	I	Q	E	A	V	K	R	A	R	E	L	I	E	E	K	N	P	A	L	S	D	E	E	K	A	E	V	A	E	K	V	G	I	G	A	I	R	Y	N	L	I	K	Y	S	P	.	.	D	K	K	I	I	F	R	W	E	D	V	L	N	F	.	E	G	E	S
Template Known Secondary structure		T	T	T	T	T	T	T	T		B																					T	T	S																							S	S		T	.	.	T	S						T							.	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																													.	.															.
Template SS confidence
		427	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.			.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.		500	.	.	.
		387	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410															.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	N	K	V	V	N	L	A	S	R	N	A	G	F	I	N	K	R	F	D	G	V	L	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	E	L	A	D	P	Q	L	Y	K	T	F	T	D	A	A	E	V	I	G	E	A	W	E	S	R	E	F	G	K	A	V	R	E	I	M	A	L	A	D	L	A
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	P	Y	I	Q	Y	A	H	A	R	C	S	S	I	L	R	K	A	E	E	E	G	I	K	V	D	P	E	T	L	F	K	N	A	D	F	T	K	L	S	E	R	E	R	E	L	V	I	M	L	S	K	F	P	R	I	V	E	Q	A	G	K	D	V	K	P	H	L	I	A	W	F	A	N	E	L	A	S	L	F
Template Known Secondary structure																						T	T															S	S																									T	T		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		504	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.
		453	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	R	Y	V	D	E	Q	A	P	W	V	V	A	K	Q	E	G	R	D	A	D	L	Q	A	I	C	S	M	G	I	N	L	F	R	V	L	M	T	Y	L
Query Conservation
Alig confidence										.	.
Template Conservation										.	.
Template Sequence		N	K	F	Y	M	D	H	P	.	.	V	L	K	A	E	E	G	V	R	E	A	R	L	L	L	V	M	A	V	E	Q	V	L	K	N	A	L	Y	L	M
Template Known Secondary structure										.	.	S	T	T	S		T	T																							T
Template Predicted Secondary structure										.	.
Template SS confidence
		584	.	.	.	.	.	590	.			.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.