Job Description P00959 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:21 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 458 % Identity 28% Template c2ct8A_ PDB info PDB header:ligase/rna Chain: A: PDB Molecule:methionyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of aquifex aeolicus methionyl-trna2 synthetase complexed with trna(met) and methionyl-adenylate3 anologue Resolution 2.70 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	T	Q	V	A	K	K	I	L	V	T	C	A	L	P	Y	A	N	G	S	I	H	L	G	H	M	L	E	H	I	Q	A	D	V	W	V	R	Y	Q	R	M	R	G	H	E	V	N	F	I	C	A	D	D	A	H	G	T	P	I	M	L	K	A	Q	Q	L	G	I	T	P	E	Q	M	I	G	E	M	S	Q	E
Query Conservation
Alig confidence				.
Template Conservation				.
Template Sequence		M	T	.	L	M	K	K	F	Y	V	T	T	P	I	Y	Y	V	N	D	V	P	H	L	G	H	A	Y	T	T	I	A	A	D	T	I	A	R	Y	Y	R	L	R	D	Y	D	V	F	F	L	T	G	T	D	E	H	G	L	K	I	Q	K	K	A	E	E	L	G	I	S	P	K	E	L	V	D	R	N	A	E	R
Template Known Secondary structure				.	S	S												S	S	S																							T	T													S	S									T	T	S
Template Predicted Secondary structure				.
Template SS confidence
		1	.		.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	Q	T	D	F	A	G	F	N	I	S	Y	D	N	Y	H	S	T	H	S	E	E	N	R	Q	L	S	E	L	I	Y	S	R	L	K	E	N	G	F	I	K	N	R	T	I	S	Q	L	Y	D	P	E	K	G	M	F	L	P	D	R	F	V	K	G	T	C	P	K	C	K	S	P	D	Q	Y	G	D	N	C	E
Query Conservation
Alig confidence																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	K	K	L	W	E	F	L	K	I	E	Y	T	K	F	I	R	T	T	D	P	Y	H	V	K	F	V	Q	K	V	F	E	E	C	Y	K	R	G	D	I	Y	L	G	E	Y	E	K	E	P	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									T	T				S					T	T	S																	T	T	S												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210				.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.
Query Sequence		V	C	G	A	T	Y	S	P	T	E	L	I	E	P	K	S	V	V	S	G	A	T	P	V	M	R	D	S	E	H	F	F	F	D	L	P	S	F	S	E	M	L	Q	A	W	T	R	S	G	A	.	.	.	L	Q	E	Q	V	A	N	K	M	Q	E	W	F	E	S	G	L	Q	Q	W	D	I	S	R	D	A	P
Query Conservation																																																				.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	F	F	R	L	S	K	Y	Q	D	K	L	L	E	L	Y	E	K	N	P	E	F	I	Q	P	D	Y	R	R	N	E	I	I	S	F	V	K	Q	G	L	K	D	L	S	V	T	R	P	R	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					G	G	G	S											S	G	G	G	B		S											T	T	T											T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.
				238	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.
Query SS confidence		.	.
Query Sequence		.	.	Y	F	G	F	E	I	P	N	A	P	G	K	Y	F	Y	V	W	L	D	A	P	I	G	Y	M	G	S	F	K	N	L	C	D	K	R	G	D	S	V	S	F	D	E	Y	W	K	K	D	S	T	A	E	L	Y	H	F	I	G	K	D	I	V	Y	F	H	S	L	F	W	P	A	M	L	E	G	S	N	F
Query Conservation		.	.
Alig confidence		.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.
Template Conservation																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.
Template Sequence		R	V	K	W	G	I	P	V	P	F	D	P	E	H	T	I	Y	V	W	F	D	A	L	F	N	Y	I	S	A	L	E	D	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	E	I	Y	W	P	A	D	.	.	.	.	.	L	H	L	V	G	K	D	I	L	R	F	H	T	V	Y	W	P	A	F	L	M	S	L	G	Y
Template Known Secondary structure		T			S	S		B		T	T		T	T											T					T	T	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.						S		S	.	.	.	.	.						G	G	G						T										T
Template Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.
Template SS confidence
		212	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.										.	.	.	.	.	250	.	.						.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.
		316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	K	P	S	N	L	F	V	H	G	Y	V	T	V	N	G	A	K	M	S	K	S	R	G	T	F	I	K	A	S	T	W	L	N	H	F	D	A	D	S	L	R	Y	Y	Y	T	A	K	L	S	S	R	I	D	D	I	D	L	N	L	E	D	F	V	Q	R	V	N	A	D	I	V	N	K	V	V	N	L	A	S
Query Conservation
Alig confidence																																																				.
Template Conservation																																																				.
Template Sequence		E	L	P	K	K	V	F	A	H	G	W	W	T	V	E	G	K	K	M	S	K	T	L	G	N	V	V	D	P	Y	E	V	V	Q	E	Y	G	L	D	E	V	R	Y	F	L	L	R	E	V	P	.	F	G	Q	D	G	D	F	S	K	K	A	I	L	N	R	I	N	G	E	L	A	N	E	I	G	N	L	Y	S
Template Known Secondary structure					S										S	S	S	S				T	T	T	T																								S	S		.	T	T	S																T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																				.
Template SS confidence
		278	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.		.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.
		396	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	N	A	G	F	I	N	K	R	F	D	G	V	L	A	S	E	L	A	D	P	Q	L	Y	K	T	F	T	D	A	A	E	V	I	G	E	A	W	E	S	R	E	F	G	K	A	V	R	E	I	M	A	L	A	D	L	A	N	R	Y	V	D	E	Q	A	P	W	V	V	A	K	Q	E	G	R	D	A	D	L	Q
Query Conservation
Alig confidence																	.																																																										.
Template Conservation																	.																																																										.
Template Sequence		R	V	V	N	M	A	H	K	F	L	G	G	E	V	S	.	G	A	R	D	E	E	Y	A	K	I	A	Q	E	S	I	K	N	Y	E	N	Y	M	E	K	V	N	F	Y	K	A	I	E	E	I	L	K	F	T	S	Y	L	N	K	Y	V	D	E	K	Q	P	W	A	L	N	K	E	R	.	K	K	E	E	L	Q
Template Known Secondary structure											S	T	T				.																							T	T	T																													T	T	T	T	.
Template Predicted Secondary structure																	.																																																										.
Template SS confidence
		357	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.		.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.		.	430	.	.	.	.
		476	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.		.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.
Query SS confidence																																																.
Query Sequence		A	I	C	S	M	G	I	N	L	F	R	V	L	M	T	Y	L	K	P	V	L	P	K	L	T	E	R	A	E	A	F	L	N	T	E	L	T	W	D	G	I	Q	Q	P	L	L	.	G	H	K	V	N	P	F	K	A	L	Y	N	R	I	D
Query Conservation																																																.
Alig confidence																																																.
Template Conservation
Template Sequence		K	V	L	Y	A	L	V	D	G	L	F	V	L	T	H	L	L	Y	P	I	T	P	N	K	M	K	E	A	L	Q	M	L	G	E	K	E	F	L	K	E	L	K	P	Y	S	K	N	T	Y	K	L	G	E	R	K	I	L	F	P	K	R	E
Template Known Secondary structure																			T	T	T	S											T	T		S	S			S	S			T	T		S	S										S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		435	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.