Job Description P00959 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:21 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 585 % Identity 33% Template c1rqgA_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:methionyl-trna synthetase; PDBTitle: methionyl-trna synthetase from pyrococcus abyssi Resolution 2.90 Å

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		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.		.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
Predicted Secondary structure																											.
Query SS confidence																											.
Query Sequence		V	A	K	K	I	L	V	T	C	A	L	P	Y	A	N	G	S	I	H	L	G	H	M	L	E	.	H	I	Q	A	D	V	W	V	R	Y	Q	R	M	R	G	H	E	V	N	F	I	C	A	D	D	A	H	G	T	P	I	M	L	K	A	Q	Q	L	G	I	T	P	E	Q	M	I	G	E	M	S	Q	E	H	Q
Query Conservation																											.
Alig confidence			.																								.
Template Conservation			.
Template Sequence		M	.	V	R	Y	M	V	T	S	A	L	P	Y	A	N	G	P	I	H	A	G	H	L	A	G	A	Y	L	P	A	D	I	F	V	R	Y	L	R	L	K	G	E	D	V	V	F	I	C	G	T	D	E	H	G	T	P	I	S	F	R	A	L	K	E	G	R	S	P	R	E	I	V	D	E	F	H	E	Q	I	K
Template Known Secondary structure			.											B	T	T	S			B								T													T	T										B			S											T
Template Predicted Secondary structure			.
Template SS confidence
		1		.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	D	F	A	G	F	N	I	S	Y	D	N	Y	H	S	T	H	S	E	E	N	R	Q	L	S	E	L	I	Y	S	R	L	K	E	N	G	F	I	K	N	R	T	I	S	Q	L	Y	D	P	E	K	G	M	F	L	P	D	R	F	V	K	G	T	C	P	K	C	K	S	P	D	Q	Y	G	D	N	C	E	V	C
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	T	F	Q	R	A	K	I	S	F	D	F	F	G	R	T	E	L	P	I	H	Y	K	L	S	Q	E	F	F	L	K	A	Y	E	N	G	H	L	V	K	K	V	T	K	Q	A	Y	C	E	H	D	K	M	F	L	P	D	R	F	V	I	G	T	C	P	Y	C	G	A	E	D	Q	K	G	D	Q	C	E	V	C
Template Known Secondary structure								T				S					T	T	S																	T	T												B	T	T	T	T	B				G	G	G			S	B		S	S	S			S				T	T	T		S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	A	T	Y	S	P	T	E	L	I	E	P	K	S	V	V	S	G	A	T	P	V	M	R	D	S	E	H	F	F	F	D	L	P	S	F	S	E	M	L	Q	A	W	T	R	S	G	A	L	Q	E	Q	V	A	N	K	M	Q	E	W	F	E	S	G	L	Q	Q	W	D	I	S	R	D	A	P	Y	F	G	F	E
Query Conservation
Alig confidence																																																																												.
Template Conservation																																																																												.
Template Sequence		G	R	P	L	T	P	E	I	L	I	N	P	R	C	A	I	C	G	R	P	I	S	F	R	D	S	A	H	Y	Y	I	K	M	Q	D	F	A	E	R	L	K	R	W	I	E	K	Q	P	W	K	P	N	V	K	N	M	V	L	S	W	I	E	E	G	L	E	E	R	A	I	T	R	D	L	.	N	W	G	I	P
Template Known Secondary structure							T	T	S	S	B	S		B		T	T	T			B													G	G	G	T										S	S															T	T												.	S	S	S		B
Template Predicted Secondary structure																																																																												.
Template SS confidence
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.		.	.	.	.	.
		243	.					.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.		.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.																																								.																																.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.																																								.																																.	.	.
Query Sequence		I	P	.	.	.	.	N	A	P	G	K	Y	F	Y	V	W	L	D	A	P	I	G	Y	M	G	S	F	K	N	L	C	D	K	R	G	D	S	V	S	F	D	E	Y	W	K	.	K	D	S	T	A	E	L	Y	H	F	I	G	K	D	I	V	Y	F	H	S	L	F	W	P	A	M	L	E	G	S	N	.	.	.
Query Conservation				.	.	.	.																																								.																																.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.																																								.																																.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	P	L	D	E	E	D	M	K	G	K	V	L	Y	V	W	F	E	A	P	I	G	Y	I	S	I	T	I	E	H	F	K	R	I	G	K	P	N	E	W	K	K	Y	W	L	N	I	D	G	Q	T	R	V	I	H	F	I	G	K	D	N	I	P	F	H	A	I	F	W	P	A	F	L	M	A	Y	G	K	Y	K
Template Known Secondary structure			S				S	S	S	T	T									G	G	G													T	T		T	T	T	T					B		S	S											G	G	G						T								T	T			B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
									315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	F	R	K	P	S	N	L	F	V	H	G	Y	V	T	V	N	G	A	K	M	S	K	S	R	G	T	F	I	K	A	S	T	W	L	N	H	F	D	A	D	S	L	R	Y	Y	Y	T	A	K	L	S	S	R	I	D	D	I	D	L	N	L	E	D	F	V	Q	R	V	N	A	D	I	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																																																						.
Template Conservation																																																														.
Template Sequence		D	E	E	V	E	A	E	W	N	L	P	Y	D	I	P	A	N	E	Y	L	T	L	E	G	K	K	F	S	T	S	R	N	W	A	I	W	V	H	E	F	L	D	V	F	P	A	D	Y	L	R	Y	Y	L	T	T	I	M	P	E	T	.	R	D	S	D	F	S	F	S	D	F	K	V	R	I	N	E	E	L	V
Template Known Secondary structure		S	S	S			B		B				S	B										T	T				B	T	T	T	T	B	S		B					T	T	T	S												T			S	S	.	S																T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																														.
Template SS confidence
		319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.		.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.
		388	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410					.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.
Query Sequence		N	K	V	V	N	L	A	S	R	N	A	G	F	I	N	K	R	F	D	G	V	L	A	.	.	.	.	S	E	L	A	D	P	Q	L	Y	K	T	F	T	D	A	A	E	V	I	G	E	A	W	E	S	R	E	F	G	K	A	V	R	E	I	M	A	L	A	D	L	A	N	R	Y	V	D	E	Q	A	P	W	V
Query Conservation																									.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	N	L	G	N	F	V	H	R	A	L	T	F	V	N	R	Y	F	D	G	V	V	P	E	R	G	E	L	D	E	L	D	R	E	A	L	E	E	I	E	K	A	F	K	E	V	G	E	L	I	M	N	Y	R	F	K	D	A	L	K	R	V	M	S	L	A	S	F	G	N	R	Y	F	D	H	K	Q	P	W	K
Template Known Secondary structure		T	T																S	T	T	B																															T	T																						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		398	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.
		464	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510		.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.
Query SS confidence																																																	.
Query Sequence		V	A	K	Q	E	G	R	D	A	D	L	Q	A	I	C	S	M	G	I	N	L	F	R	V	L	M	T	Y	L	K	P	V	L	P	K	L	T	E	R	A	E	A	F	L	N	T	E	.	L	T	W	D	G	I	Q	Q	P	L	L	G	H	K	V	N	P	F	K	A	L	Y	N	R	I	D	M	R	Q	V	E	A
Query Conservation																																																	.
Alig confidence							.	.																																									.
Template Conservation							.	.
Template Sequence		T	A	K	E	D	.	.	K	V	R	T	G	T	T	V	N	I	S	L	Q	I	V	K	A	L	G	I	L	L	E	P	F	L	P	D	A	S	E	K	I	W	H	L	L	N	L	D	E	V	K	R	W	E	F	R	E	L	P	A	G	H	K	V	R	K	P	E	I	L	F	K	K	V	T	D	D	Q	I	I	Y
Template Known Secondary structure			T	T	T		.	.																							T	T	T												T	T			S				S	S						T	T		B							S
Template Predicted Secondary structure							.	.
Template SS confidence
		478	.	480	.	.			.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.
		543	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	V	E	A	S	K	E	E	V	K	A	A	A	A	P	V	T	G	P	L	A	D	D	P	I	Q	E	T	I	T	F	D	D	F	A	K	V	D	L	R	V	A	L	I	E	N	A	E	F	V	E	G	S	D	K	L	L	R	L	T	L	D	L	G	G	E	K	R	N	V	F	S	G	I	R	S	A	Y	P	D
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.
Template Sequence		F	I	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	Y	M	A	K	G	N	P	E	G	A	R	I	L	L	D	K	Y	Y	K	R	E	D	V	I	R	V	A	K	E	K	F	G	D	E	A	E	V	V	L	R	R	V	Y	K	D	I	.	K
Template Known Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	T	T	T													S														G	G	G	T								S	S			.
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.
Template SS confidence
		556	.	.																													.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.		.