Job Description P00959 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:21 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 571 % Identity 20% Template c1qu2A_ PDB info PDB header:ligase/rna Chain: A: PDB Molecule:isoleucyl-trna synthetase; PDBTitle: insights into editing from an ile-trna synthetase structure2 with trna(ile) and mupirocin Resolution 2.20 Å

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		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70													.	.
Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	K	K	I	L	V	T	C	A	L	P	Y	A	N	G	S	I	H	L	G	H	M	L	E	H	I	Q	A	D	V	W	V	R	Y	Q	R	M	R	G	H	E	V	N	F	I	C	A	D	D	A	H	G	T	P	I	M	L	K	A	Q	Q	L	G	I	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	Q
Query Conservation																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	E	T	F	I	L	H	D	G	P	P	Y	A	N	G	N	L	H	M	G	H	A	L	N	K	I	L	K	D	F	I	V	R	Y	K	T	M	Q	G	F	Y	A	P	Y	V	P	G	W	D	T	H	G	L	P	I	E	Q	A	L	T	K	K	G	V	D	R	K	K	M	S	T	A	E	F	R	E	K	C	K	E
Template Known Secondary structure		S		B									B	S	S	S																						T	T	T		B								B			S											T			S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		47	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.
		73	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90			.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	I	G	E	M	S	Q	E	H	Q	T	D	F	A	G	F	N	I	.	.	S	Y	D	N	Y	H	S	T	H	S	E	E	N	R	Q	L	S	E	L	I	Y	S	R	L	K	E	N	G	F	I	K	N	R	T	I	S	Q	L	Y	D	P	E	K	G	M	F	L	P	D	R	F	V	K	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																				.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	A	L	E	Q	I	E	L	Q	K	K	D	F	R	R	L	G	V	R	G	D	F	N	D	P	Y	I	T	L	K	P	E	Y	E	A	A	Q	I	R	I	F	G	E	M	A	D	K	G	L	I	Y	K	G	K	K	P	V	Y	W	S	P	S	S	E	S	S	L	A	E	A	E	I	E	Y	H	D	K	R	S	A
Template Known Secondary structure																T	T	T			S		T	T	S				T	T	S																	T	T													T	T	T	T					G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		127	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	I	Y	V	A	F	N	V	K	D	D	K	G	V	V	D	A	D	A	K	F	I	I	W	T	T	T	P	W	T	I	P	S	N	V	A	I	T	V	H	P	E	L	K	Y	G	Q	Y	N	V	N	G	E	K	Y	I	I	A	E	A	L	S	D	A	V	A	E	A	L	D	W	D	K	A	S	I	K	L	E	K
Template Known Secondary structure							B				S	S	T	T	G	G	G	T	T			B					S		G	G	G	S	S			B						T	T								T	T	T	T														T	T	T	T			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		207	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.
																																								144	.	.	.	.	.	150	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	C	P	K	C	K	S	P	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Y	G	D	N	C	E	V	C	G	A	T	Y	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	Y	T	G	K	E	L	E	W	V	V	A	Q	H	P	F	L	D	R	E	S	L	V	I	N	G	D	H	V	T	T	D	A	G	T	G	C	V	H	T	A	P	G	H	G	E	D	D	Y	I	V	G	Q	Q	Y	E	L	P	V	I	S	P	I	D	D	K	G	V	F	T	E	E	G	G	Q	F	E	G	M	F
Template Known Secondary structure					T	T	T		T	T				B			T	T			S	B							S	S			S	S	S		S				B		T	T	S		S					T	T	T	S	S	S									S	S	S				T	T		S	S		S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.
																							167	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	P	T	E	L	I	E	P	K	S	V	V	S	G	A	T	P	V	M	R	D	S	E	H	F	F	F	D	L	P	S	F	S	E	M	L	Q	A	W	T	R	S	G	A	L	Q	E	Q	V	A	N	K	M	Q	E	W	F	E	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	D	K	A	N	K	A	V	T	D	L	L	T	E	K	G	A	L	L	K	L	D	F	I	T	H	S	Y	P	H	D	W	R	T	K	K	P	V	I	F	R	A	T	P	Q	W	F	A	S	I	S	K	V	R	Q	D	I	L	D	A	I	E	N	T	N	F	K	V	N	W	G	K	T	R	I	Y	N	M	V	R
Template Known Secondary structure		S	S					T	T	G	G	G	S	S																			T	T	T			B																										T	S			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		367	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.
		226	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.																																																							.	.	.	250	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	L	Q	Q	W	D	I	S	R	D	A	P	Y	F	G	F	E	I	P	N	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	G	K	Y	F
Query Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.
Template Sequence		D	R	G	E	W	V	I	S	R	Q	R	.	V	W	G	V	P	L	P	V	F	Y	A	E	N	G	E	I	I	M	T	K	E	T	V	N	H	V	A	D	L	F	A	E	H	G	S	N	I	W	F	E	R	E	A	K	D	L	L	P	E	G	F	T	H	P	G	S	P	N	G	T	F	T	K	E	T	D	I	M
Template Known Secondary structure											S		.	S	S	S		B							T	T	S																					T						S						S	S	T	T				S	S		T	T	S
Template Predicted Secondary structure													.
Template SS confidence
		447	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.		.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.		.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.		.
Predicted Secondary structure																																																																.																.
Query SS confidence																																																																.																.
Query Sequence		Y	V	W	L	D	A	P	I	G	Y	M	G	S	F	K	N	L	C	D	K	R	G	D	S	V	S	F	D	E	Y	W	K	K	D	S	T	A	E	L	Y	H	F	I	G	K	D	I	V	Y	F	H	S	L	F	W	P	A	M	L	E	G	S	.	N	F	R	K	P	S	N	L	F	V	H	G	Y	V	T	.	V
Query Conservation																																																																.																.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.																								.																.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.
Template Sequence		D	V	W	F	D	S	G	S	S	H	R	G	V	L	E	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	P	E	L	S	F	P	A	D	.	.	.	.	.	M	Y	L	E	G	S	D	Q	Y	R	G	W	F	N	S	S	I	T	T	S	V	A	T	R	G	V	S	P	Y	K	F	L	L	S	H	G	F	V	M	D	G
Template Known Secondary structure									T					T	T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T			S	S	B	S	.	.	.	.	.						G	G	G	G	T	T														S	S		S	B	S											T
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.
Template SS confidence
		526	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.										.	.	.	.	.	.	.	.	550						.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.
		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																													.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																													.	.	.	.	.
Query Sequence		N	G	A	K	M	S	K	S	R	G	T	F	I	K	A	S	T	W	L	N	H	F	D	A	D	S	L	R	Y	Y	Y	T	A	K	L	S	S	R	I	D	D	I	D	L	N	L	E	D	F	V	Q	R	V	N	A	D	I	V	N	K	V	V	N	L	A	S	R	N	A	G	F	I	N	K	R	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																													.	.	.	.	.
Alig confidence																																						.	.														.	.																							.	.	.	.	.
Template Conservation																																						.	.														.	.
Template Sequence		E	G	K	K	M	S	K	S	L	G	N	V	I	V	P	D	Q	V	V	K	Q	K	G	A	D	I	A	R	L	W	V	S	S	T	D	Y	.	.	L	A	D	V	R	I	S	D	E	I	L	K	Q	.	.	T	S	D	D	Y	R	K	I	R	N	T	L	R	F	M	L	G	N	I	N	D	F	N	P	D	T	D
Template Known Secondary structure		T	S					S	S	S	S												T											T	S		T	.	.	T	S												.	.																		T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																						.	.														.	.
Template SS confidence
		592	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.			.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640			.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.
		405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.			450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.
Query SS confidence																																															.	.
Query Sequence		F	D	G	V	L	A	S	E	L	A	D	P	Q	L	Y	K	T	F	T	D	A	A	E	V	I	G	E	A	W	E	S	R	E	F	G	K	A	V	R	E	I	M	A	L	A	.	.	D	L	A	N	R	Y	V	D	E	Q	A	P	W	V	V	A	K	Q	E	G	R	D	A	D	L	Q	A	I	C	S	M	G	I
Query Conservation																																															.	.
Alig confidence																																															.	.														.
Template Conservation																																																														.
Template Sequence		S	I	P	E	S	E	L	L	E	V	D	R	Y	L	L	N	R	L	R	E	F	T	A	S	T	I	N	N	Y	E	N	F	D	Y	L	N	I	Y	Q	E	V	Q	N	F	I	N	V	E	L	S	N	F	Y	L	D	Y	G	K	D	I	.	L	Y	I	E	Q	R	D	S	H	I	R	R	S	M	Q	T	V	L	Y
Template Known Secondary structure					G	G	G	S																								T	T																													.		T	T	S		T	T
Template Predicted Secondary structure																																																														.
Template SS confidence
		668	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.		.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.
		483	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.			.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.			.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.																														.	.
Query SS confidence																												.	.																														.	.
Query Sequence		N	L	F	R	V	L	M	T	Y	L	K	P	V	L	P	K	L	T	E	R	A	E	A	F	L	N	.	.	T	E	L	T	W	D	G	I	Q	Q	P	L	L	G	H	K	V	N	P	F	K	A	L	Y	N	R	I	D	M	.	.	R	Q	V	E	A	L	V	E	A	S	K	E	E	V	K	A	A	A	A	P	V
Query Conservation																												.	.																														.	.
Alig confidence																												.	.																														.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	I	L	V	D	M	T	K	L	L	A	P	I	L	V	H	T	A	E	E	V	W	S	H	T	P	H	V	K	E	E	S	V	H	L	A	D	M	P	K	V	V	E	V	D	Q	A	L	L	D	K	W	R	T	F	M	N	L	R	D	D	V	N	R	A	L	E	T	A	R	N	E	K	V	I	G	K	S	L	E
Template Known Secondary structure												T	T	T	S									T	T	S	T	T		S	S	S	S	G	G	G	S																																				T	T	S		S	S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		747	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.
		559	560	.	.	.	.	.	.	.					.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.
Query Sequence		T	G	P	L	A	D	D	P	I	.	.	.	.	Q	E	T	I	T	F	D	D	F	A	K	V	D	L	R	V	A	L	I	E	N	A	E	F	V	E	G	S
Query Conservation											.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	K	V	T	I	A	S	N	D	K	F	N	A	S	E	F	L	T	S	F	D	A	L	H	Q	L	F	I	V	S	Q	V	K	V	V	D	K	L	D	D	Q
Template Known Secondary structure										S	S							G	G	G		S						T	T	S	S						S				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		827	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.