Job Description P00959 Confidence 99.81% Date Thu Jan 5 10:57:21 GMT 2012 Rank 46 Aligned Residues 406 % Identity 16% Template c1irxA_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:lysyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of class i lysyl-trna synthetase Resolution 2.60 Å

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		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.			.	.	60	.	.	.	.	.	.																.
Predicted Secondary structure																																																							.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	K	K	I	L	V	T	C	A	L	P	Y	A	N	G	S	I	H	L	G	H	M	L	E	H	I	Q	A	D	V	W	V	R	Y	Q	R	M	R	G	H	E	V	N	F	I	C	A	D	D	A	H	G	T	.	.	P	I	M	L	K	A	Q	Q	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G
Query Conservation																																																							.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.																																											.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.
Template Sequence		K	E	K	Y	V	V	E	S	G	I	.	T	P	S	G	Y	V	H	V	G	N	F	R	E	L	F	T	A	Y	I	V	G	H	A	L	R	D	K	G	Y	E	V	R	H	I	H	M	W	D	D	Y	D	R	F	R	K	V	P	R	N	V	P	Q	E	W	K	D	Y	L	G	M	P	I	S	E	V	P	D	P	W
Template Known Secondary structure			S									.			S	S																						T	T	T											T	T	S	B						S	S	S		G	G	G	G	G	G	T	T	S	B	G	G	G	S			T	T
Template Predicted Secondary structure												.
Template SS confidence
		19	20	.	.	.	.	.	.	.	.		.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.
		68	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	T	P	E	Q	M	I	G	E	M	S	Q	E	H	Q	T	D	F	A	G	F	N	I	S	Y	D	N	Y	H	S	T	H	S	E	E	N	R	Q	L	S	E	L	I	Y	S	R	L	K	E	N	G	F	I	K	N	R	T	I	S	Q	L	Y	D	P	E	K	G	M	F	L	P	D	R	F	V	K	G	T	C	P
Query Conservation
Alig confidence																												.																																																		.	.	.	.
Template Conservation																												.																																																		.	.	.	.
Template Sequence		G	C	H	E	S	Y	A	E	H	F	M	R	K	F	E	E	E	V	E	K	L	G	I	E	V	D	.	L	L	Y	A	S	E	L	Y	K	R	G	E	Y	S	E	E	I	R	L	A	F	E	K	R	D	K	I	M	E	I	L	N	K	Y	R	E	I	A	K	Q	P	P	L	P	E	N	W	W	P	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	S	S	S	S															T	T	T					.										T	T	T	T										T															T	T						T	T			S	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																												.																																																		.	.	.	.
Template SS confidence
		98	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.		.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.
		148	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	C	K	S	P	D	Q	Y	G	D	N	C	E	V	C	G	A	T	Y	S	P	T	E	L	I	E	P	K	S	V	V	S	G	A	T	P	V	M	R	D	S	E	H	F	F	F	D	L	P	S	F	S	E	M	L	Q	A	W	T	R	S	G	A	L	Q	E	Q	V	A	N	K	M	Q	E	W	F	E	S	G	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	M	V	Y	C	P	E	H	R	R	E	A	E	I	I	E	W	D	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T	T											S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																										173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.
		228	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	Q	W	D	I	S	R	D	A	P	Y	F	G	F	E	I	P	N	A	P	G	K	Y	F	Y	V	W	L	D	A	P	I	G	Y	M	G	S	F	K	N	L	C	D	K	R	G	D	S	V	S	F	D	E	Y	W	K	K	D	S	T	A	E	L	Y	H	F	I	G	K	D	I	V	Y	F	H	S	L	F	W	P
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	W	K	V	K	Y	K	C	P	E	.	.	.	.	.	.	.	G	H	E	G	W	V	D	I	R	S	G	N	V	K	L	R	W	R	V	D	W	P	M	R	W	S	H	F	G	V	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	E	P	A	G	K	D	H	L	V	A	G	S	S	Y	D	T
Template Known Secondary structure		S	S							S	S	.	.	.	.	.	.	.	S							T	T	S	S																	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B									S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		192	.	.	.	.	.	.	.	200	.								.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.																.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		308				.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.
Query SS confidence			.	.	.
Query Sequence		A	.	.	.	M	L	E	G	S	N	F	R	K	P	S	N	L	F	V	H	G	Y	V	T	V	N	G	A	K	M	S	K	S	R	G	T	F	I	K	A	S	T	W	L	N	H	F	D	A	D	S	L	R	Y	Y	Y	T	A	K	L	S	S	R	I	D	D	I	D	L	N	L	E	D	F	V	Q	R	V	N	A
Query Conservation			.	.	.
Alig confidence			.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	K	E	I	I	K	E	V	Y	G	K	E	A	P	L	S	L	M	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	E	F	V	G	I	K	G	Q	N	V	I	L	L	S	D	L	Y	E	V	L	E	P	G	L	V	R	F	I	Y	A	R	H	R	P	N	K	E	I	K	I	D	L	G	L	G	I	L	N	L	Y	D	E	F
Template Known Secondary structure																B					.	.	.	.	.	.	.	.						S												T	T	S											S	S		T	T	S							S	T	T
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.									.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
		385	.	.	.	.	390						.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.										.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	I	V	N	K	V	.	.	.	.	.	V	N	L	A	S	R	N	A	G	F	I	N	K	R	F	D	G	V	L	A	S	E	L	A	D	P	Q	L	Y	K	T	F	T	D	A	A	E	V	I	G	E	A	W	E	S	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	F	G	K	A	V	R	E	I	M	A	L	A	D
Query Conservation								.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	K	V	E	R	I	Y	F	G	V	E	G	E	E	L	R	R	T	Y	E	L	S	M	P	K	K	P	E	R	L	V	A	Q	A	P	F	R	F	L	A	V	L	V	Q	L	P	H	L	T	E	E	D	I	I	N	V	L	I	K	Q	G	H	I	P	R	D	L	S	K	E	D	V	E	R	V	K	L	R	I	N
Template Known Secondary structure									T	T	S														S	S																		T	T		T	T													T	T	S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		331	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
		451	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	N	R	Y	V	D	E	Q	A	P	W	V	V	A	K	Q	E	G	R	D	A	D	L	Q	A	I	C	S	M	G	I	N	L	F	R	V	L	M	T	Y	L	K	P	V	L	P	K	L	T	E	R	A	E	A	F	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	A	R	N	W	V	K	K	Y	A	P	E	D	V	K	F	S	I	L	E	K	P	P	E	V	E	V	S	E	D	V	R	E	A	M	N	E	V	A	E	W	L	E	N	H	E	E	F	S	V	E	E	F	N	N	I	L
Template Known Secondary structure										T	S		G	G	G						S	S																							S		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		416	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.