Job Description P00959 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:21 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 541 % Identity 23% Template c1ileA_ PDB info PDB header:aminoacyl-trna synthetase Chain: A: PDB Molecule:isoleucyl-trna synthetase; PDBTitle: isoleucyl-trna synthetase Resolution 2.50 Å

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		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.																		.
Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	K	K	I	L	V	T	C	A	L	P	Y	A	N	G	S	I	H	L	G	H	M	L	E	H	I	Q	A	D	V	W	V	R	Y	Q	R	M	R	G	H	E	V	N	F	I	C	A	D	D	A	H	G	T	P	I	M	L	K	A	Q	Q	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G
Query Conservation																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	P	R	Y	T	V	Y	E	G	P	P	T	A	N	G	L	P	H	V	G	H	A	Q	A	R	S	Y	K	D	L	F	P	R	Y	K	T	M	R	G	Y	Y	A	P	R	R	A	G	W	D	T	H	G	L	P	V	E	L	E	V	E	K	K	L	G	L	K	S	K	R	E	I	E	A	Y	G	I	E	R	F	N
Template Known Secondary structure		S		B			B							T	T	S				T	T																		T	T		B																						T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		37	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.
		68	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.			.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.																																																				.
Query SS confidence																												.	.																																																				.
Query Sequence		I	T	P	E	Q	M	I	G	E	M	S	Q	E	H	Q	T	D	F	A	G	F	N	I	S	Y	D	.	.	N	Y	H	S	T	H	S	E	E	N	R	Q	L	S	E	L	I	Y	S	R	L	K	E	N	G	F	I	K	N	R	T	I	S	Q	L	Y	D	P	E	K	G	M	F	L	P	D	R	F	V	K	G	.
Query Conservation																												.	.																																																				.
Alig confidence																												.	.																																																				.
Template Conservation
Template Sequence		Q	A	C	R	E	S	V	F	T	Y	E	K	E	W	E	A	F	T	E	R	I	A	Y	W	V	D	L	E	D	A	Y	A	T	L	E	P	T	Y	I	E	S	I	W	W	S	L	K	N	L	F	D	R	G	L	L	Y	R	D	H	K	V	V	P	Y	C	P	R	C	G	T	P	L	S	S	H	E	V	A	L	G
Template Known Secondary structure								T	T	T	T					T	T					T	T											T	T	S																	T	T													T	T	T	T											T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		117	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	K	E	I	Q	D	P	S	V	Y	V	R	F	P	L	K	E	P	K	K	L	G	L	E	K	A	S	L	L	I	W	T	T	T	P	W	T	L	P	G	N	V	A	A	A	V	H	P	E	Y	T	Y	A	A	F	Q	V	G	D	E	A	L	I	L	E	E	G	L	G	R	K	L	L	G	E	G	T	Q	V	L
Template Known Secondary structure																B	S	S	G	G	G	G	T		S	S								S		G	G	G	G	G	G								T	T	S								T	T							T	T						T		T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		197	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
																												145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	C	P	K	C	K	S	P	D	Q	Y	G	D	N	C	E	V	C	G	A	T	Y	S	P	T	E	L	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	T	F	P	G	K	A	L	E	G	L	P	Y	T	P	P	Y	P	Q	A	L	E	K	G	Y	F	V	V	L	A	D	Y	V	S	Q	E	D	G	T	G	I	V	H	Q	A	P	A	F	G	A	E	D	L	E	T	A	R	V	Y	G	L	P	L	L	K	T	V	D	E	E	G	K	L	L	V	E	P	F	K	G
Template Known Secondary structure										T	T		B	B			S	S					S	S		S	B					T	T			S	S	S	S		S						T	T	S											T	T							B		T	T	S	B	B		S	G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		277	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.
																															173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.		.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	P	K	S	V	V	S	G	A	T	P	V	M	R	D	S	E	H	F	F	F	D	L	P	S	F	S	E	M	L	Q	A	W	T	R	S	G	A	L	.	Q	E	Q	V	A	N	K	M	Q	E	W
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.
Template Conservation
Template Sequence		L	Y	F	R	E	A	N	R	A	I	L	R	D	L	R	G	R	G	L	L	F	K	E	E	S	Y	L	H	S	Y	P	H	C	W	R	C	S	T	P	L	M	Y	Y	A	T	E	S	W	F	I	K	N	T	L	F	K	D	E	L	I	R	N	N	Q	E	I	H	W	V	P	P	H	I	K	E	G	R	Y	G	E
Template Known Secondary structure			B															T	T														B		S	S	S			B													G	G	G	G											S			S	S	G	G	G	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		357	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.
		223	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	250	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	E	S	G	L	Q	Q	W	D	I	S	R	D	A	P	Y	F	G	F	E	I	P	N	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	G	K	Y	F
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.
Template Sequence		W	L	K	N	L	V	D	W	A	L	S	R	N	R	.	Y	W	G	T	P	L	P	I	W	V	C	Q	A	C	G	K	E	E	A	I	G	S	F	Q	E	L	K	A	R	A	T	K	P	L	P	E	P	F	D	P	H	R	P	Y	V	D	Q	V	E	L	A	C	A	C	G	G	T	M	R	R	V	P	Y	V	I
Template Known Secondary structure					T								B			.	S	S	S		B							S	S	S	S							S								B	S	S				S	S				S					T	T						T	T	S	S						S		B
Template Predicted Secondary structure																.
Template SS confidence
		437	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450		.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.		.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.		.
Predicted Secondary structure																																																																.																.
Query SS confidence																																																																.																.
Query Sequence		Y	V	W	L	D	A	P	I	G	Y	M	G	S	F	K	N	L	C	D	K	R	G	D	S	V	S	F	D	E	Y	W	K	K	D	S	T	A	E	L	Y	H	F	I	G	K	D	I	V	Y	F	H	S	L	F	W	P	A	M	L	E	G	S	.	N	F	R	K	P	S	N	L	F	V	H	G	Y	V	T	.	V
Query Conservation																																																																.																.
Alig confidence																					.	.	.													.	.	.	.	.																								.																.
Template Conservation																					.	.	.													.	.	.	.	.
Template Sequence		D	V	W	Y	D	S	G	A	M	P	F	A	S	L	H	Y	P	F	E	.	.	.	H	E	E	V	F	R	E	S	F	P	A	D	.	.	.	.	.	F	I	A	E	G	I	D	Q	T	R	G	W	F	N	S	L	H	Q	L	G	V	M	L	F	G	S	I	A	F	K	N	V	I	C	H	G	L	I	L	D	E
Template Known Secondary structure														T	T	T	T	T	T	S	.	.	.									S	S	B	S	.	.	.	.	.	B					G	G	G	G	G	T														S	S		S	B	S											T
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.													.	.	.	.	.
Template SS confidence
		516	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.				.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.						.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.
		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.							.
Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																											.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	G	A	K	M	S	K	S	R	G	T	F	I	K	A	S	T	W	L	N	H	F	D	A	D	S	L	R	Y	Y	Y	T	A	K	L	S	S	R	I	D	D	I	D	L	N	L	E	D	F	V	Q	R	V	N	A	D	I	V	N	K	V	V	N	L	A	S	R	N	A	G	F	I	N	.	.	.	.	.	.	K
Query Conservation																																																																											.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																								.																.																			.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.																.
Template Sequence		K	G	Q	K	M	S	K	S	K	G	N	V	V	D	P	W	D	I	I	R	K	F	G	A	D	A	L	R	W	Y	I	Y	V	S	A	P	P	E	.	A	D	R	R	F	G	P	N	L	V	R	E	T	V	R	.	D	Y	F	L	T	L	W	N	V	Y	S	F	F	V	T	Y	A	N	L	D	R	P	D	L	K
Template Known Secondary structure		T	S	S				T	T	T	T										T	T	T													S		S	S	.	S															.		T																						T	T
Template Predicted Secondary structure																																								.																.
Template SS confidence
		588	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.		.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640		.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.
		404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.			450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.
Predicted Secondary structure																																																.	.
Query SS confidence																																																.	.
Query Sequence		R	F	D	G	V	L	A	S	E	L	A	D	P	Q	L	Y	K	T	F	T	D	A	A	E	V	I	G	E	A	W	E	S	R	E	F	G	K	A	V	R	E	I	M	A	L	A	.	.	D	L	A	N	R	Y	V	D	E	Q	A	P	W	V	V	A	K	Q	E	G	R	D	A	D	L	Q	A	I	C	S	M	G
Query Conservation																																																.	.
Alig confidence																																																.	.																							.	.
Template Conservation																																																																								.	.
Template Sequence		N	P	P	P	P	E	K	R	P	E	M	D	R	W	L	L	A	R	M	Q	D	L	I	Q	R	V	T	E	A	L	E	A	Y	D	P	T	T	S	A	R	A	L	R	D	F	V	V	E	D	L	S	Q	W	Y	V	R	R	N	R	R	R	F	W	K	N	E	D	A	L	D	.	.	R	E	A	A	Y	A	T	L
Template Known Secondary structure		S				S	T	T	S																								T	T																	S	S	T	T	T										T		T	T	T	S	S	.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																								.	.
Template SS confidence
		666	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.			.	.	.	.	740	.	.	.
		482	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	N	L	F	R	V	L	M	T	Y	L	K	P	V	L	P	K	L	T	E	R	A	E	A	F	L	N	T	E	L	T	W	D	G	I	Q	Q	P	L	L	G	H	K	V	N	P	F	K	A	L	Y	N	R	I	D	M	R	Q	V	E	A	L	V	E	A	S	K	E	E	V	K	A	A	A	A	P	V
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Y	E	A	L	V	L	V	A	T	L	A	A	P	F	T	P	F	L	A	E	V	L	W	Q	N	L	V	R	S	V	R	L	E	A	K	E	S	V	H	L	A	D	W	P	E	A	D	P	A	L	A	D	E	A	L	V	A	Q	M	R	A	V	L	K	V	V	D	L	A	R	A	A	R	A	K	S	G
Template Known Secondary structure													T	T	T	S	T	T										T	T	T	T	S	T	T	S		S	S	G	G	G	S							T	T	T																				T	T		T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		744	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820