Job Description P00959 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:21 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 574 % Identity 21% Template c1gaxB_ PDB info PDB header:ligase/rna Chain: B: PDB Molecule:valyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of thermus thermophilus valyl-trna2 synthetase complexed with trna(val) and valyl-adenylate3 analogue Resolution 2.90 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.					.	.	.	.	70
Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	V	A	K	K	I	L	V	T	C	A	L	P	Y	A	N	G	S	I	H	L	G	H	M	L	E	H	I	Q	A	D	V	W	V	R	Y	Q	R	M	R	G	H	E	V	N	F	I	C	A	D	D	A	H	G	T	P	I	M	L	K	A	Q	Q	.	.	.	.	L	G	I	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																																	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	G	K	P	P	F	V	I	F	M	P	P	P	N	V	T	G	S	L	H	M	G	H	A	L	D	N	S	L	Q	D	A	L	I	R	Y	K	R	M	R	G	F	E	A	V	W	L	P	G	T	D	H	A	G	I	A	T	Q	V	V	V	E	R	L	L	L	K	E	G	K	T	R	H	D	L	G	R	E	K	F
Template Known Secondary structure			S	S											B	S	S	S																							T	T	S									B			T									T	T	T	T	T	T	S	S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110
						71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.			.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.																								.	.
Query SS confidence		.	.	.	.																								.	.
Query Sequence		.	.	.	.	E	Q	M	I	G	E	M	S	Q	E	H	Q	T	D	F	A	G	F	N	I	S	Y	D	.	.	N	Y	H	S	T	H	S	E	E	N	R	Q	L	S	E	L	I	Y	S	R	L	K	E	N	G	F	I	K	N	R	T	I	S	Q	L	Y	D	P	E	K	G	M	F	L	P	D	R	F	V	K	G
Query Conservation		.	.	.	.																								.	.
Alig confidence		.	.	.	.																								.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	E	R	V	W	Q	W	K	E	E	S	G	G	T	I	L	K	Q	L	K	R	L	G	A	S	A	D	W	S	R	E	A	F	T	M	D	E	K	R	S	R	A	V	R	Y	A	F	S	R	Y	Y	H	E	G	L	A	Y	R	A	P	R	L	V	N	W	C	P	R	C	E	T	T	L	S	D	L	E	V	E	T
Template Known Secondary structure																							T	T					G	G	G				T	T	S																T	T	S	S											B	T	T	T	T	B				G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		111	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	P	T	P	G	K	L	Y	T	L	R	Y	E	V	E	G	G	G	F	I	E	I	A	T	V	R	P	E	T	V	F	A	D	Q	A	I	A	V	H	P	E	D	E	R	Y	R	H	L	L	G	K	R	A	R	I	P	L	T	E	V	W	I	P	I	L	A	D	P	A	V	E	K	D	F	G	T	G	A	L	K
Template Known Secondary structure																S	S	S								S		S	G	G	G	T	T								T	T	G	G	G	T		S		S	S						T	T	S										T	T			T	T	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		191	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270
		145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	160	.	.	.	.	.			.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.
Query Sequence		T	C	P	K	C	K	S	P	D	Q	Y	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	N	C	E	V	C	G	A	T	.	.	Y	S	P	T	E	L	I	E	P	K	S	V	V	S	G	A	T
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	T	P	A	H	D	P	L	D	Y	E	I	G	E	R	H	G	L	K	P	V	S	V	I	N	L	E	G	R	M	E	G	E	R	V	P	E	A	L	R	G	L	D	R	F	E	A	R	R	K	A	V	E	L	F	R	E	A	G	H	L	V	K	E	E	D	Y	T	I	A	L	A	T	C	S	R	C	G	T	P
Template Known Secondary structure				T	T	T																		S	B		T	T	S		B			S	S	S		T	T	T	S	S	S		S	S	T	T					T					T	T	T																T	T	T			B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		271	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350
		183	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.			.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	V	M	R	D	S	E	H	F	F	F	D	L	P	S	F	S	E	M	L	Q	A	W	T	R	S	.	.	G	A	L	Q	E	Q	V	A	N	K	M	Q	E	W	F	E	S	G	L	Q	Q	W	D	I	S	R	D	A	P	Y	F	G	F	E	I	P	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																												.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.																													.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																										.
Template Sequence		I	E	Y	A	I	F	P	Q	W	W	L	R	M	R	P	L	A	E	E	V	L	K	G	L	R	R	G	D	I	A	F	V	P	E	R	W	K	K	V	N	M	D	W	L	E	N	V	K	D	W	N	I	S	R	Q	L	.	W	W	G	H	Q	I	P	A	W	Y	C	E	D	C	Q	A	V	N	V	P	R	P	E
Template Known Secondary structure																												T		S			S	S	S	T											T											.	S	S	S		B							T	T	T								G	G
Template Predicted Secondary structure																																																										.
Template SS confidence
		351	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.		.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																				246	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	P	G	K	Y	F	Y	V	W	L	D	A	P	I	G	Y	M	G	S	F	K	N	L	C	D	K	R	G	D	S	V	S	F	D	E	Y	W	K	K	D	S	T	A	E	L	Y	H	F	I	G	K	D	I	V	Y	F	H	S	L	F	W	P
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.													.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.	.	.													.	.	.	.	.
Template Sequence		R	Y	L	E	D	P	T	S	C	E	A	C	G	S	P	R	L	K	R	D	E	D	V	F	D	T	W	F	S	S	A	L	W	P	L	S	T	L	G	W	P	E	.	.	.	.	E	T	E	D	L	K	A	F	Y	P	G	D	.	.	.	.	.	V	L	V	T	G	Y	D	I	L	F	L	W	V	S	R	M	E
Template Known Secondary structure		G	T	T	S				S		T	T	T			S								B								T	S		T	T	G	G	G	T	T	T	T	.	.	.	.	T		S					S		S			.	.	.	.	.						G	G	G	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.													.	.	.	.	.
Template SS confidence
		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.					.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.						.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
		308	.	310	.	.	.		.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.		.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.																.
Query SS confidence								.																.
Query Sequence		A	M	L	E	G	S	.	N	F	R	K	P	S	N	L	F	V	H	G	Y	V	T	.	V	N	G	A	K	M	S	K	S	R	G	T	F	I	K	A	S	T	W	L	N	H	F	D	A	D	S	L	R	Y	Y	Y	T	A	K	L	S	S	R	I	D	D	I	D	L	N	L	E	D	F	V	Q	R	V	N	A	D
Query Conservation								.																.
Alig confidence								.																.																																								.													.	.
Template Conservation																																																																.													.	.
Template Sequence		V	S	G	Y	H	F	M	G	E	R	P	F	K	T	V	L	L	H	G	L	V	L	D	E	K	G	Q	K	M	S	K	S	K	G	N	V	I	D	P	L	E	M	V	E	R	Y	G	A	D	A	L	R	F	A	L	I	Y	L	A	T	G	G	.	Q	D	I	R	L	D	L	R	W	L	E	M	.	.	A	R	N
Template Known Secondary structure						T	T	S	S	S		S													T	T	S		B			T	T	T	T												T															T	T	.							T						.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																.													.	.
Template SS confidence
		501	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.		.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.			.	.	.
		386	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.			450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																		.	.
Query SS confidence																																																																		.	.
Query Sequence		I	V	N	K	V	V	N	L	A	S	R	N	A	G	F	I	N	K	R	F	D	G	V	L	A	S	E	L	A	D	P	Q	L	Y	K	T	F	T	D	A	A	E	V	I	G	E	A	W	E	S	R	E	F	G	K	A	V	R	E	I	M	A	L	A	.	.	D	L	A	N	R	Y	V	D	E	Q	A	P	W	V
Query Conservation																																																																		.	.
Alig confidence																																																																		.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	A	N	K	L	Y	N	A	A	R	F	V	L	L	S	R	E	G	F	Q	A	K	E	D	T	P	T	L	A	D	R	F	M	R	S	R	L	S	R	G	V	E	E	I	T	A	L	Y	E	A	L	D	L	A	Q	A	A	R	E	V	Y	E	L	V	W	S	E	F	C	D	W	Y	L	E	A	A	K	P	A	L
Template Known Secondary structure																		T	T					B																											T	T																			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		578	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.
		464	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	A	K	Q	E	G	R	D	A	D	L	Q	A	I	C	S	M	G	I	N	L	F	R	V	L	M	T	Y	L	K	P	V	L	P	K	L	T	E	R	A	E	A	F	L	N	T	E	L	T	W	D	G	I	Q	Q	P	L	L	G	H	K	V	N	P	F	K	A	L	Y	N	R	I	D	M	R	Q	V	E	A	L
Query Conservation
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.	.	.
Template Sequence		K	A	G	N	.	.	.	.	.	.	.	A	H	T	L	R	T	L	E	E	V	L	A	V	L	L	K	L	L	H	P	M	M	P	F	L	T	S	E	L	Y	Q	A	L	T	G	K	E	E	L	A	L	E	A	W	P	E	P	G	G	R	D	E	E	A	E	R	A	F	.	.	.	.	.	E	A	L	K	Q	A
Template Known Secondary structure			T	T	B	.	.	.	.	.	.	.																			T	T	T	S															S		G	G	G	S																	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.	.	.
Template SS confidence
		658	.	660	.								.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.						720	.	.	.	.	.
		544	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	E	A	S	K	E	E	V	K	A	A	A	A	P	V	T	G	P	L	A	D	D	P	I	Q	E	T	I	T	F	D	D	F	A	K	V	D	L	R	V	A	L	I	E	N	A	E	F	V	E	G	S	D	K	L	L	R	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V	T	A	V	R	A	L	K	A	E	A	G	L	P	P	A	Q	E	V	R	V	Y	L	E	G	E	T	A	P	V	E	E	N	L	E	V	F	R	F	L	S	R	A	D	L	L	P	E	R	P	A	K	A	L	V	K	A	M
Template Known Secondary structure													T			T	T	S									S							T															S			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		726	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.