Job Description P0A8N3 Confidence 97.95% Date Thu Jan 5 11:08:14 GMT 2012 Rank 86 Aligned Residues 173 % Identity 17% Template d1j5wa_ SCOP info Class II aaRS and biotin synthetases Class II aaRS and biotin synthetases Class II aminoacyl-tRNA synthetase (aaRS)-like, catalytic domain Resolution 1.95

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		188	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	Q	I	L	S	G	I	R	Q	F	M	V	N	R	G	F	M	E	V	E	T	P	M	M	Q	V	I	P	G	G	A	A	A	R	P	F	I	T	H	H	N	A	L	D	L	D	M	Y	L	R	I	A	P	E	L	Y	L	K	R	L	V	V	G	G	F	E	R	V	F	E	I	N	R	N	F	R	N	E	G	I
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.
Template Conservation																			.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.
Template Sequence		Q	D	V	I	X	K	L	N	D	F	W	A	S	K	G	C	L	.	.	.	.	.	L	E	Q	P	Y	D	X	E	V	G	A	G	T	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	P	A	T	F	F	G	.	S	L	R	K	G	P	W	K	V	A	Y	V	Q	P	S	R	R	P	T	E	N
Template Known Secondary structure															T	T			.	.	.	.	.						S	S			S	S	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S					T	G	.	G	G		S	S
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20						.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.																.	.	.	.	.	40	.		.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.
		268	.			270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.
Query SS confidence				.	.
Query Sequence		S	V	.	.	R	H	N	P	E	F	T	M	M	E	L	Y	M	A	Y	A	D	Y	K	D	L	I	E	L	T	E	S	L	F	R	T	L	A	Q	D	I	L	G	K	T	E	V	T	Y	G	D	V	T	L	D	F	G	K	P	F	E	K	L	T	M	R	E	A	I	K	K	Y	R	P	E	T	D	M	A	D	L
Query Conservation				.	.
Alig confidence				.	.										.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	N	R	L	Q	R	Y	F	Q	Y	Q	V	I	.	I	K	P	S	P	E	N	S	Q	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T			S									.			S			S	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure															.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		68	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80		.	.	.	.	.	.	.	.	.	90
		346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	N	F	D	S	A	K	A	I	A	E	S	I	G	I	H	V	E	K	S	W	G	L	G	R	I	V	T	E	I	F	E	E	V	A	E	A	H	L	I	Q	P	T	F	I	T	E	Y	P	A	E	V	S	P	L	A	R	R	N	D	V	N	P	E	I	T	D	R	F	E	F	F	I	G	G	R	E	I	G	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.												.	.
Template Conservation		.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.												.	.
Template Sequence		.	.	.	.	L	Y	L	E	S	L	E	Y	L	G	I	N	L	K	E	H	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	R	F	V	E	D	N	.	.	.	.	.	.	W	E	S	P	T	L	G	A	W	G	V	.	.	G	W	E	V	W	L	D	G	X	E	I	T	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.									T	T			T	T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.				G	G	G	T					.	.							T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.												.	.
Template SS confidence
						91	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	110	.	.	.	.							.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.			.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.
		426	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	F	S	E	L	N	D	A	E	D	Q	A	Q	R	F	L	D	Q	V	A	A	K	D	A	G	D	D	E	A	M	F	Y	D	E	D	Y	V	T	A	L	E	H	G	L	P	P	T	A	G	L	G	I	G	I	D	R	M	V	M	L	F	T	N	S	H	T	I	R	D	V	I	L	F	P	A	M
Query Conservation
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	Y	F	Q	Q	I	G	G	I	S	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	D	I	P	L	E	I	T	Y	G	L	E	R	I	A	X	Y	L	Q	G	V	D	N	V	Y	E	V	Q	W	N	E	N	V
Template Known Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						B	T	T	B			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S																		T		S	S	G	G	G					T	T
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		139													140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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