Job Description P75733 Confidence 69.62% Date Thu Jan 5 12:13:33 GMT 2012 Rank 18 Aligned Residues 256 % Identity 14% Template d3prna_ SCOP info Transmembrane beta-barrels Porins Porin Resolution 1.90

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	L	T	G	G	I	Y	Y	W	Q	R	E	R	D	R	K	D	V	T	D	G	D	K	Y	K	T	N	L	S	H	S	T	W	N	A	N	L	D	F	Q	S	G	Y	A	A	D	M	F	G	L	D	I	A	A	F	T	A	I	E	M	A	E	N	G	D	S	S	H	P	N	E	I	A	F	S	K	S	N	K	A
Query Conservation
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.																.					.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.																.					.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	L	N	G	Y	G	R	F	G	L	Q	Y	V	E	D	R	G	V	G	.	.	.	.	.	.	L	E	D	T	I	I	S	S	R	L	R	I	N	I	V	.	G	T	T	E	.	.	T	D	Q	G	V	T	F	G	A	K	L	R	M	Q	W	D	D	G	D	A	F	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure															T	T		S	T	T	.	.	.	.	.	.			S													.					.	.		T	T	S													T	T		G	G	G		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.																.					.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.							.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.		.	.	.	40			.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.
		120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	D	E	D	W	S	G	D	K	S	G	I	S	L	Y	K	A	A	A	K	F	K	Y	G	P	V	W	A	R	A	G	Y	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	P	T	G	Q	T	L	L	A	P	H	W	S	F	M	P	G
Query Conservation																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	A	G	N	A	A	Q	F	W	T	S	Y	N	G	V	T	V	S	V	G	N	V	D	T	A	F	D	S	V	A	L	T	Y	D	S	E	M	G	Y	E	W	S	S	F	G	D	A	Q	S	S	F	F	A	Y	N	S	K	Y	D	A	S	G	A	L	D	N	Y	N	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			B										T	T							S								S	S	S	T	T	T	T		B	T	T	T	T	B		T	T	S			S								S			T	T	S	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
													64	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.
		170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.		.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																													.
Query SS confidence																																																																													.
Query Sequence		T	Y	Q	G	A	E	A	G	A	N	F	D	Y	G	D	A	G	A	L	S	F	S	Y	M	W	T	N	E	Y	K	A	P	W	H	L	E	M	D	E	F	Y	Q	N	D	K	T	T	K	V	D	Y	L	H	S	F	G	A	K	Y	D	F	K	N	N	F	V	L	E	A	A	F	G	Q	A	E	.	G	Y	I	D
Query Conservation																																																																													.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.															.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Template Sequence		I	A	V	T	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	I	S	G	V	N	L	Y	L	S	Y	V	D	P	D	Q	T	V	D	S	S	L	V	T	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	F	G	I	A	A	D	W	S	.	N	D	M	I	S	L	A	A	A	Y	T	T	D	A	G	G	I	V	D
Template Known Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S										T	T	T	T	S		G	G	G	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.		S	S										S	G	G	G		T	T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Template SS confidence
		133	.	.	.	.										.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.													.	.	.	.	.	.	.	170	.		.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	Y	F	A	K	A	S	Y	K	F	D	I	A	G	S	P	L	T	T	S	Y	Q	F	Y	G	T	R	D	K	V	D	D	R	S	V	N	D	L	Y	D	G	T	A	W	L	Q	A	L	T	F	G	Y	R	A	A	D	V	V	D	L	R	L	E	G	T	W	V	K	A	D	G	Q	Q	G	Y	F	L	Q	R	M
Query Conservation
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	D	I	A	F	V	G	A	A	Y	K	F	N	D	A	G	T	V	G	L	N	W	Y	D	N	G	L	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	D	Q	V	T	L	Y	G	N	Y	A	F	.	.	.	G	A	T	T	V	R	A	Y	V	S	D	I	D	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure														S	S	S											T	T	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T		S											.	.	.	T	T												S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		191	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.											220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.				.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.
		329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	P	T	Y	A	S	S	N	G	R	L	D	I	W	W	D	N	R	S	D	F	N	A	N	G	E	K	A	V	F	F	G	A	M	Y	D	L	K	N	W	N	L	P	G	F	A	I	G	A	S	Y	V	Y	A	W	D	A	K	P	A	T	W	Q	S	N	P	D	A	Y	Y	D	K	N	R	T	I	E	E	S	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	D	T	A	Y	G	I	G	A	D	Y	Q	F	A	.	.	.	.	E	G	V	K	V	S	G	S	V	Q	S	G	F	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	E	T	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T															.	.	.	.	T	T											T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																									248	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.					.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	280
		409	410	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	S	L	D	A	V	Y	T	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	D	V	G	V	R	F	D	F
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		281	.	.	.	.	.	.	.	.

---

Phyre is for academic use only

Please cite: Protein structure prediction on the web: a case study using the Phyre server
Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
© Structural Bioinformatics Group, Imperial College, London Lawrence Kelley, Benjamin Jefferys   Disclaimer Terms and Conditions