Job Description P39383 Confidence 99.62% Date Thu Jan 5 12:00:15 GMT 2012 Rank 25 Aligned Residues 247 % Identity 16% Template c3g25B_ PDB info PDB header:transferase Chain: B: PDB Molecule:glycerol kinase; PDBTitle: 1.9 angstrom crystal structure of glycerol kinase (glpk) from2 staphylococcus aureus in complex with glycerol. Resolution 1.90 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20		.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	Y	S	I	G	I	D	S	G	S	T	A	T	K	G	I	L	L	A	.	D	G	V	I	T	R	R	F	L	V	P	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	R	P	A	T	A	I	T	E	A	W	E	T	L	R	E	G	L	E	T	T	P	F	L	T	L	T	G	Y	G
Query Conservation																					.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	Y	I	L	S	I	D	Q	G	T	T	S	S	R	A	I	L	F	N	Q	K	G	E	I	A	G	V	A	Q	R	E	F	K	Q	Y	F	P	Q	S	G	W	V	E	H	D	A	N	E	I	W	T	S	V	L	A	V	X	T	E	V	I	N	E	N	D	V	R	A	D	Q	I	A	G	I	G	I	T	N	Q	R
Template Known Secondary structure											S	S									T	T	S													B			S	T	T																								S	S			G	G	G										S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
		64	.	.																																																										.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	Q	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	D	F	A	D	K	Q	V	T	E	I	S	C	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	T	T	V	V	W	D	K	H	T	G	R	P	I	Y	H	A	I	V	W	Q	S	R	Q	T	Q	S	I	C	S	E	L	K	Q	Q	G	Y	E	Q	T	F	R	D	K	T	G	L	L	L	D	P	Y	F	A	G	T	K	V	K	W	I	L	D	N	V	E	G	A	R	E	K	A	E	N	G	D	L	L	F	G
Template Known Secondary structure		S							T	T	T			B	S	S					T	T			T	T										T	T										S			S	S	T	T	S												S	T	T							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
				80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	H	G	L	G	A	R	F	L	A	P	A	T	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	I	D	T	W	L	V	W	K	L	S	G	K	A	A	H	I	T	D	Y	S	N	A	S	R	T	L	X	F	N	I	H	D	L	E	W	D	D	E	L	L	E	L	L	T	V	P	K	N	X	L	P	E	V	K	A	S	S	E	V	Y	G	K	T	I	D	Y	H	F	Y	G	Q	E	V	P	I	A	G	V	A
Template Known Secondary structure												T	T	T											T	T	S	S	S			T	T	T	T										T	T			G	G	G							S									G	G	G	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
																			94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.		.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	I	D	I	G	G	Q	D	S	K	V	I	Q	L	D	D	D	G	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	C	D	F	L	M	N	D	K	C	A	A	G	T	G	R	F	L	E	V	I	S	R	T	L	G	.	T
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Template Conservation
Template Sequence		G	D	Q	Q	A	A	L	F	G	Q	A	C	F	E	R	G	D	V	K	N	T	Y	G	T	G	G	F	X	L	X	N	T	G	D	K	A	V	K	S	E	S	G	L	L	T	T	I	A	Y	G	I	D	G	K	V	N	Y	A	L	E	G	S	I	F	V	S	G	S	A	I	Q	W	L	R	D	G	L	R	X	I
Template Known Secondary structure											T	T			S	T	T							S	S	S								T	T	S					S	S	S										T	T											S		S										T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
		140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.												.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200						.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.
Query Sequence		S	V	E	Q	L	D	S	I	T	E	N	V	T	P	H	A	I	T	S	M	C	T	V	F	A	E	S	E	A	I	S	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	S	A	G	V	A	P	E	A	I	L	A	G	V	I	N	A	M	A	R	R	S	A	N	F	I	A	R	L	.	.	.	.	.	S	C	E
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	S	A	P	Q	S	E	S	Y	A	T	R	V	D	S	T	E	G	V	Y	V	V	P	A	F	V	G	L	G	T	P	Y	W	D	S	E	A	R	G	A	I	F	G	L	T	R	G	T	E	K	E	H	F	I	R	A	T	L	E	S	L	C	Y	Q	T	R	D	V	X	E	A	X	S	K	D	S	G	I	D	V
Template Known Secondary structure		S	S	G	G	G							T	S	S			T	T							T	T		B		T	T	T		B	T	T										T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	P	I	L	F	T	G	G	V	S	H	C	Q	K	F	A	R	M	L	E	S	H	L	R	M	P	V	N	T	H	P	D	A	Q	F	A	G	A	I	G	A	A	V	I	G	Q
Query Conservation
Alig confidence																																				.
Template Conservation																																				.
Template Sequence		Q	S	L	R	V	D	G	G	A	V	K	N	N	F	I	X	Q	F	Q	A	D	I	V	N	T	S	V	E	R	P	E	I	Q	E	.	T	T	A	L	G	A	A	F	L	A	G
Template Known Secondary structure		S						S	G	G	G	G													T	S						S				.
Template Predicted Secondary structure																																				.
Template SS confidence
		403	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.		.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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