Job Description P39383 Confidence 99.56% Date Thu Jan 5 12:00:15 GMT 2012 Rank 34 Aligned Residues 241 % Identity 20% Template c2d4wA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:glycerol kinase; PDBTitle: crystal structure of glycerol kinase from cellulomonas sp.2 nt3060 Resolution 2.30 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20		.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	Y	S	I	G	I	D	S	G	S	T	A	T	K	G	I	L	L	A	.	D	G	V	I	T	R	R	F	L	V	P	T	P	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	P	A	T	A	I	T	E	A	W	E	T	L	R	E	G	L	E	T	T	P	F	L	T	L	T	G	Y	G
Query Conservation																					.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	Y	V	L	A	I	D	Q	G	T	T	S	S	R	A	I	V	F	D	H	S	G	E	I	Y	S	T	G	Q	L	E	H	D	Q	I	F	P	R	A	G	W	V	E	H	N	P	E	Q	I	W	N	N	V	R	E	V	V	G	L	A	L	T	R	G	N	L	T	H	E	D	I	A	A	V	G	I	T	N	Q	R
Template Known Secondary structure											S	S									T	T	S													B		S	S	T	T																								T	T			G	G	G										S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
		64	.	.																																																										.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	Q	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	D	F	A	D	K	Q	V	T	E	I	S	C	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	T	A	V	V	W	D	K	T	T	G	K	P	V	Y	N	A	I	V	W	Q	D	T	R	T	Q	K	I	V	D	E	L	G	G	D	E	G	A	E	K	Y	K	S	I	V	G	L	P	L	A	T	Y	F	S	G	P	K	I	K	W	I	L	D	N	V	E	G	A	R	E	K	A	E	K	G	D	L	L	F	G
Template Known Secondary structure		S		B					T	T	T			B	S	S					T	T			T	T										S	S		G	G	G	G					S			S		T	T	S												S	T	T								T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
				80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	H	G	L	G	A	R	F	L	A	P	A	T	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	T	D	T	W	V	L	W	N	M	T	G	G	T	E	G	G	V	H	V	T	D	V	T	N	A	S	R	T	M	L	M	D	L	D	T	L	S	W	R	E	D	I	A	A	D	M	G	I	P	L	S	M	L	P	D	I	R	S	S	S	E	V	Y	G	H	G	R	P	R	G	L	V	P	G	V	P	I	A	G
Template Known Secondary structure												T	T	T	T	T	T											T	T	T	T				T	T	T	T										T	T			G	G	G	S						S									T	T	S	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
																					94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	I	D	I	G	G	Q	D	S	K	V	I	Q	L	D	D	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	N	L	C	D	F	L	M	N	D	K	C	A	A	G	T	G	R	F	L	E	V	I	S	R	T	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	L	G	D	Q	Q	A	A	T	F	G	Q	A	C	F	E	V	G	Q	A	K	N	T	Y	G	T	G	N	F	L	L	L	N	T	G	T	E	K	V	M	S	K	N	G	L	L	T	T	V	C	Y	K	I	G	D	A	P	A	V	Y	A	L	E	G	S	I	A	V	T	G	S	L	V	Q	W	L	R	D	N	L
Template Known Secondary structure													T	T			S	T	T							S	S	S								T	T	S					S	S	S										T	T	S											S		S										T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
		138	.	140						.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.														.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	T	S	.	.	.	.	.	V	E	Q	L	D	S	I	T	E	N	V	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	H	A	I	T	S	M	C	T	V	F	A	E	S	E	A	I	S	L	R	S	A	G	V	A	P	E	A	I	L	A	G	V	I	N	A	M	A	R	R	S	A	N	F	I	A	R
Query Conservation					.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	M	F	E	D	A	P	D	V	E	W	L	A	G	K	V	Q	D	N	G	G	A	Y	F	V	P	A	F	S	G	L	F	A	P	Y	W	R	P	D	A	R	G	A	L	V	G	.	.	.	.	.	.	L	T	R	Y	V	N	R	N	H	I	A	R	A	A	L	E	A	T	A	F	Q	S	R	E	V	V	D	A
Template Known Secondary structure			T	T	T	T		S		T					T	T	S	S	S		T	T						T	T				S	T	T	T					S							.	.	.	.	.	.			S	S
Template Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.							.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.
		200						.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.
Query Sequence		L	.	.	.	.	.	S	C	E	A	P	I	L	F	T	G	G	V	S	H	C	Q	K	F	A	R	M	L	E	S	H	L	R	M	P	V	N	T	H	P	D	A	Q	F	A	G	A	I	G	A	A	V	I	G	Q
Query Conservation			.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.																																						.
Template Conservation																																													.
Template Sequence		M	N	A	D	S	G	V	D	L	T	E	L	R	V	D	G	G	M	V	A	N	E	L	L	M	Q	F	Q	A	D	Q	L	G	V	D	V	V	R	P	K	V	A	E	.	T	T	A	L	G	A	A	Y	A	A	G
Template Known Secondary structure							S										S	G	G	G	G													T	S						S		S		.
Template Predicted Secondary structure																																													.
Template SS confidence
		397	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.		440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450

No model constructed - rank, confidence too low

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Please cite: Protein structure prediction on the web: a case study using the Phyre server
Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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