Job Description P33595 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:20 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 427 % Identity 15% Template d1vr5a1 SCOP info Periplasmic binding protein-like II Periplasmic binding protein-like II Phosphate binding protein-like Resolution 1.73

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Show / Hide Conservation and Alignment quality

		117	.	.	120	.	.	.	.			.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.
Query SS confidence										.	.
Query Sequence		Q	G	R	H	I	L	R	V	.	.	L	Y	Y	R	P	L	R	N	L	L	P	G	S	A	L	R	R	S	E	T	H	I	A	R	Q	I	F	S	S	L	T	R	I	N	E	E	N	G	E	L	E	A	D	I	A	H	H	W	Q	Q	I	S	P	L	H	W	R	F	F	L	R	P	G	V	H	F	H	H	G	R
Query Conservation										.	.
Alig confidence										.	.																				.
Template Conservation																															.
Template Sequence		E	R	N	K	T	L	Y	W	G	G	A	L	W	S	P	P	S	N	W	N	P	F	T	P	W	N	A	V	A	.	G	T	I	G	L	V	Y	E	P	L	F	L	Y	D	P	L	N	D	K	F	E	P	W	L	A	E	K	G	E	W	V	S	N	N	E	Y	V	L	T	L	R	K	G	L	R	W	Q	D	G	V
Template Known Secondary structure			G	G	G						S	S			S							T	T		T	T	T	S		T	.	T	T	B	T	T	T	B			S					T	T	T	T					S	S									T	T								S	S		B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																															.
Template SS confidence
		23	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.		.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.
		195	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.							.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260								.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	L	E	M	D	D	V	I	A	S	L	K	R	I	N	T	L	P	.	.	.	.	.	.	L	Y	S	H	I	A	D	I	V	S	P	T	P	W	T	L	D	I	H	L	T	Q	P	D	R	W	L	P	L	L	L	G	Q	V	P	A	M	I	L	P	R	E	W	E	T	L	S	N	.	.	.	.	.	.	.	F
Query Conservation																				.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.																																		.															.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																											.
Template Sequence		P	L	T	A	D	D	V	V	F	T	F	E	I	A	K	K	Y	T	G	I	S	Y	S	P	V	W	N	W	L	G	R	I	E	R	V	D	E	R	T	L	K	F	V	F	S	D	P	R	Y	Q	E	W	K	Q	X	L	I	.	N	T	P	I	V	P	K	H	I	W	E	N	K	T	E	E	E	V	L	Q	A	A
Template Known Secondary structure		B																	T	T	S	T	T	G	G	G	G	G	T									T	T							S	S												.											T	T
Template Predicted Secondary structure																																																											.
Template SS confidence
		102	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.		.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180
		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.						.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	S	H	P	I	G	T	G	P	Y	A	V	I	R	N	S	T	N	Q	L	K	I	Q	A	F	D	D	F	F	G	Y	R	.	.	.	.	.	A	L	I	D	E	V	N	V	W	V	L	P	E	I	A	D	E	P	A	G	G	L	M	L	K	G	P	Q	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																		.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	E	N	P	V	G	S	G	P	Y	Y	V	E	S	W	A	D	D	R	C	V	F	K	K	N	G	N	W	W	G	I	R	E	L	G	Y	D	P	K	P	E	R	I	V	E	L	R	V	L	S	N	N	V	A	V	G	X	L	X	K	G	E	L	D	W	S	N	F	F	L	P	G	V	P	V	L	K	K	A	Y
Template Known Secondary structure			S	S				S	S	S								T	T								T	T														S								S												T	S						S			T	T								T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		181	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260
						323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	E	E	K	E	I	E	S	R	L	E	E	G	C	Y	Y	L	L	F	D	S	R	T	H	R	G	A	N	Q	Q	V	R	D	W	V	S	Y	V	L	S	P	T	N	L	V	Y	F	A	E	E	Q	Y	Q	Q	L	W	F	P	A	Y	G	L	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	I	V	T	W	Y	E	N	A	P	Y	X	L	P	A	N	T	A	G	I	Y	I	N	V	N	K	Y	P	L	S	I	P	E	F	R	R	A	X	A	Y	A	I	N	P	E	K	I	V	T	R	A	Y	E	N	X	V	T	A	A	N	P	A	G	I	L	P	L	P	G	Y	X	K	Y	Y	P	K	E	V	V	D
Template Known Secondary structure				B		S	S	S	S	T	T		S												T	T	S	T	T	T	T																					T	T	T	T	S	S					T	T				S	S					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		261	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340
																						386	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	W	H	H	A	R	T	I	K	S	E	K	P	A	G	L	E	S	L	T	L	T	F	Y	Q	D	H	S	E	H	R	V	I	A	G	I	M	Q	Q	I	L	A	S	H	Q	V	T	L	K	I	K	E	I	D	Y	D	Q	W	H	T
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	Y	G	F	K	Y	D	P	E	X	A	K	K	I	L	D	E	L	G	F	K	D	V	N	K	D	G	F	R	E	D	P	N	G	K	P	F	K	L	T	I	E	C	P	Y	G	W	T	D	W	X	V	S	I	Q	S	I	A	E	D	L	V	K	V	G	I	N	V	E	P	K	Y	P	D	Y	S	K	Y	A	D
Template Known Secondary structure							S												T	T		B			S	S	S	S	S		B		T	T	S											T	T																	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		341	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420
		446			.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.		.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.																.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500		.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.																.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Query SS confidence			.	.																.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Query Sequence		G	.	.	E	I	E	S	D	I	W	L	N	S	A	N	F	T	L	.	P	L	D	F	S	V	F	A	H	L	C	E	V	P	L	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	H	C	I	P	I	D	W	Q	A	D	A	A	R	W	R	N	G	E	M	N	L	A	.	N	W	C	Q	Q	L
Query Conservation			.	.																.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Alig confidence			.	.																.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Template Conservation
Template Sequence		D	L	Y	G	G	K	F	D	L	I	L	N	N	F	T	T	G	V	S	A	T	I	W	S	Y	F	N	G	V	F	Y	P	D	A	V	E	S	E	Y	S	Y	S	G	N	F	G	K	Y	A	N	P	E	V	E	T	L	L	D	E	L	N	R	S	N	D	D	A	K	I	K	E	V	V	A	K	L	S	E	I	L
Template Known Secondary structure						T			S						S	S		B			S												G	G	G	G	T	S	S	S		S	S	S		T	T																T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		421	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
		507	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.								.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	A	S	K	A	M	V	P	L	L	H	H	W	L	I	I	Q	G	Q	R	S	M	.	.	.	.	.	.	.	R	G	L	R	M	N	T	L	G	W	F	D	F	K	S	A	W
Query Conservation																								.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	K	D	L	P	F	I	P	L	W	Y	N	G	A	W	F	Q	A	S	E	A	V	W	T	N	W	P	T	E	K	N	P	Y	A	V	P	I	G	W	N	G	W	W	Q	L	T
Template Known Secondary structure						S																S	S						B	T	T	B		S	S					S	T	T	T	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		501	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.