Job Description P33595 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:20 GMT 2012 Rank 14 Aligned Residues 431 % Identity 13% Template c2o7jA_ PDB info PDB header:sugar binding protein Chain: A: PDB Molecule:oligopeptide abc transporter, periplasmic PDBTitle: the x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose2 binding protein bound with cellopentaose Resolution 1.50 Å

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		119	120	.	.	.	.	.	.	.			.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.
Query SS confidence											.	.
Query Sequence		R	H	I	L	R	V	L	Y	Y	.	.	R	P	L	R	N	L	L	P	G	S	A	L	R	R	S	E	T	H	I	A	R	Q	I	F	S	S	L	T	R	I	N	E	E	N	G	E	L	E	A	D	I	A	H	H	W	Q	Q	I	S	P	L	H	W	R	F	F	L	R	P	G	V	H	F	H	H	G	R	E	L
Query Conservation											.	.
Alig confidence											.	.																	.	.
Template Conservation																													.	.
Template Sequence		E	D	T	V	Y	I	G	G	A	L	W	G	P	A	T	T	W	N	L	Y	A	P	Q	S	T	W	G	.	.	T	D	Q	F	M	Y	L	P	A	F	Q	Y	D	L	G	R	D	A	W	I	P	V	I	A	E	R	Y	E	F	V	D	D	K	T	L	R	I	Y	I	R	P	E	A	R	W	S	D	G	V	P	I
Template Known Secondary structure		G	G						S	S			S					S		T	T	S	S	S			T	T	.	.					T	S			S					T	T	T	T					S	S									T	T								T	T		B		T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure																													.	.
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.			.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
		197	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.							.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.		.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.																																		.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.																																		.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	M	D	D	V	I	A	S	L	K	R	I	N	T	L	P	.	.	.	.	.	.	L	Y	S	H	I	A	D	I	V	S	P	T	P	W	T	L	D	I	H	L	T	Q	P	D	R	W	L	P	L	L	L	G	Q	.	V	P	A	M	I	L	P	R	E	W	E	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.																																		.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.																																		.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	A	D	D	F	V	Y	A	L	E	L	T	K	E	L	G	I	G	P	G	G	G	W	D	T	Y	I	E	Y	V	K	A	V	D	T	K	V	V	E	F	K	A	K	E	E	N	L	N	Y	F	Q	F	L	S	Y	S	L	G	A	Q	P	M	P	K	H	V	Y	E	R	I	R	A	Q	M	N	I	K	D	W	I
Template Known Secondary structure																	T		S	T	T	T	T													T	T								S	T	T												T																S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
		259	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.					.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																			.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	N	F	A	S	H	P	I	G	T	G	P	Y	A	V	I	R	N	S	T	N	Q	L	K	I	Q	A	F	D	D	F	F	G	.	.	.	.	Y	R	A	L	I	D	E	V	N	V	W	V	L	P	E	I	A	D	E	P	A	G	G	L	M	L	K	G	P	Q	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																			.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																			.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	D	K	P	E	E	Q	V	V	S	G	P	Y	K	L	Y	Y	Y	D	P	N	I	V	V	Y	Q	R	V	D	D	W	W	G	K	D	I	F	G	L	P	R	P	K	Y	L	A	H	V	I	Y	K	D	N	P	S	A	S	L	A	F	E	R	G	D	I	D	W	N	G	L	F	I	P	S	V	W	E	L	W	E
Template Known Secondary structure					T	T	T				S	S	S								T	T								T	T		T	T								S		S								S	S										T	T			S							T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
											324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	K	E	I	E	S	R	L	E	E	G	C	Y	Y	L	L	F	D	S	R	T	H	R	G	A	N	Q	Q	V	R	D	W	V	S	Y	V	L	S	P	T	N	L	V	Y	F	A	E	E	Q	Y	Q	Q	L	W	F	P	A	Y	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	K	G	L	P	V	G	T	W	Y	K	K	E	P	Y	F	I	P	D	G	V	G	F	V	Y	V	N	N	T	K	P	G	L	S	D	P	A	V	R	K	A	I	A	Y	A	I	P	Y	N	E	M	L	K	K	A	Y	F	G	Y	G	S	Q	A	H	P	S	M	V	I	D	L	F	E	P	Y	K	Q	Y	I	D
Template Known Secondary structure		T	S			S				S		S	S	T	T		S												T	T	S	T	T	T	T	S											S									T	S	T	T	S	S		B			T	T				T	T	S	G	G	G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		244	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
																													384	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.			.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	R	W	H	H	A	R	T	I	K	S	E	K	P	A	G	L	E	S	.	.	L	T	L	T	F	Y	Q	D	H	S	E	H	R	V	I	A	G	I	M	Q	Q	I	L	A	S	H	Q	V	T	L	K
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	E	L	A	K	K	T	F	G	T	E	D	G	R	I	P	F	D	L	D	M	A	N	K	I	L	D	E	A	G	Y	K	K	G	P	D	G	V	R	V	G	P	D	G	T	K	L	G	P	Y	T	I	S	V	P	Y	G	W	T	D	W	M	M	M	C	E	M	I	A	K	N	L	R	S	I	G	I	D	V	K
Template Known Secondary structure											S	S	S																	T	T					T	T	S					T	T	S		B			S							T	T																		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
		435	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.			.	.	.	450	.	.	.	.	.	.		.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.											.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.											.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	K	E	I	D	Y	D	Q	W	H	T	G	.	.	E	I	E	S	D	I	W	L	N	S	.	A	N	F	T	L	P	L	D	F	S	V	F	A	H	L	C	E	V	P	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	Q	H	C	I	P	I	D	W	Q	A	D	A	A	R	W	R	N
Query Conservation														.	.											.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.											.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	E	F	P	D	F	S	V	W	A	D	R	M	T	K	G	T	F	D	L	I	I	S	W	S	V	G	P	S	F	D	H	P	F	N	I	Y	R	F	V	L	D	K	R	L	S	K	P	V	G	E	V	T	W	A	G	D	W	E	R	Y	D	N	D	E	V	V	E	L	L	D	K	A	V	S	T	L	D	P	E
Template Known Secondary structure																	T			S											T	T	T	T										G	G	G				T	T	S			S	S	S		T	T															T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.
		495	.	.	.	.	500		.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.		.	.	.	530								.	.	.	.	.	.	.	.					.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.
Predicted Secondary structure								.																											.					.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.
Query SS confidence								.																											.					.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.
Query Sequence		G	E	M	N	L	A	.	N	W	C	Q	Q	L	V	A	S	K	A	M	V	P	L	L	H	H	W	L	I	I	Q	G	Q	R	.	S	M	R	G	.	.	.	.	.	.	.	L	R	M	N	T	L	G	W	.	.	.	.	F	D	F	K	S	A	W	F	A	P	P	D	P
Query Conservation								.																											.					.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.
Alig confidence								.																											.					.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	R	K	Q	A	Y	F	R	I	Q	Q	I	I	Y	R	D	M	P	S	I	P	A	F	Y	T	A	H	W	Y	E	Y	S	T	K	Y	W	I	N	W	P	S	E	D	N	P	A	W	F	R	P	S	P	W	H	A	D	A	W	P	T	L	F	I	I	S	K	K	S	D	P
Template Known Secondary structure																				S															S	S						B	T	T	B		S		S				T	T	S	T	T		T	T								T	T	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		484	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.