Job Description P33595 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:20 GMT 2012 Rank 17 Aligned Residues 419 % Identity 15% Template c1ztyA_ PDB info PDB header:sugar binding protein, signaling protein Chain: A: PDB Molecule:chitin oligosaccharide binding protein; PDBTitle: crystal structure of the chitin oligasaccharide binding2 protein Resolution 2.30 Å

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		119	120	.	.	.	.	.				.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.		.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.		.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.																																					.													.
Query SS confidence									.	.	.																																					.													.
Query Sequence		R	H	I	L	R	V	L	.	.	.	Y	Y	R	P	L	R	N	L	L	P	G	S	A	L	R	R	S	E	T	H	I	A	R	Q	I	F	S	S	L	T	R	I	N	E	E	N	.	G	E	L	E	A	D	I	A	H	H	W	Q	.	Q	I	S	P	L	H	W	R	F	F	L	R	P	G	V	H	F	H	H	G
Query Conservation									.	.	.																																					.													.
Alig confidence									.	.	.																			.	.																	.													.
Template Conservation																														.	.
Template Sequence		R	S	E	L	T	I	V	P	D	F	Y	P	T	M	V	R	N	F	N	P	Y	L	A	T	N	L	R	T	.	.	T	T	D	F	I	Y	E	P	L	V	V	F	N	E	M	K	G	N	T	P	V	F	R	L	A	E	S	Y	K	M	A	D	D	L	M	S	V	T	F	D	I	R	K	G	V	K	W	S	D	G
Template Known Secondary structure									S				S	S							T	T		S	S	S		T	T	.	.	S	B	T	T	T	B			S					G	G	G	T	T					S	S								T	T	S	S								T	T		B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																														.	.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.			.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.
		194	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.							.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260						.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	E	L	E	M	D	D	V	I	A	S	L	K	R	I	N	T	L	P	.	.	.	.	.	.	L	Y	S	H	I	A	D	I	V	S	P	T	P	W	T	L	D	I	H	L	T	Q	P	D	R	W	L	P	L	L	L	G	Q	V	P	A	M	I	L	P	R	E	W	E	T	L	S	N	.	.	.	.	.	F	A
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.																																				.	.												.	.	.	.	.
Template Conservation																																																														.	.
Template Sequence		E	A	F	T	A	D	D	V	V	Y	S	F	G	L	L	K	A	K	P	E	L	D	Q	R	G	I	N	K	W	V	T	S	V	E	K	V	D	E	Y	K	V	R	F	R	L	S	E	A	N	S	N	V	P	Y	E	I	S	L	I	P	.	.	I	V	A	E	H	V	W	K	D	V	K	D	P	T	T	F	T	N
Template Known Secondary structure			B																S	G	G	G		T	T		G	G	G	T									T	T							S	S			T	T							T	S		.	.								T	T		S		T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																														.	.
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.			.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.
		263	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280		.	.	.	.	.	.	.	.	.	290		.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320															.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.											.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.											.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	H	P	I	G	T	G	P	Y	A	V	I	R	N	S	T	N	Q	.	L	K	I	Q	A	F	D	D	F	F	.	G	Y	R	A	L	I	D	E	V	N	V	W	V	L	P	E	I	A	D	E	P	A	G	G	L	M	L	K	G	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	G	E	E	K	E
Query Conservation																				.											.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.											.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	N	P	V	G	T	G	P	F	T	V	I	D	T	F	T	P	Q	L	Y	I	Q	C	R	N	P	N	Y	W	D	A	A	N	L	E	V	D	C	L	R	V	P	Q	I	A	N	N	D	Q	L	L	G	K	I	V	N	S	E	L	D	W	T	S	S	F	V	P	D	I	D	R	T	Y	A	A	A	N	P	N	H
Template Known Secondary structure		S	S				S	S	S									S	S								T	T		T	T	G	G	G													S										T	T			S							T	T					T	G	G	G		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
		327	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.							.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	E	S	R	L	E	E	G	C	Y	Y	L	L	F	D	S	R	T	H	.	.	.	.	.	.	R	G	A	N	Q	Q	V	R	D	W	V	S	Y	V	L	S	P	T	N	L	V	Y	F	A	E	E	Q	Y	Q	Q	L	W	F	P	A	Y	G	L	L	P	R	W	H	H	A	R	T	I	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	Y	W	Y	P	A	A	G	T	Q	A	F	M	V	N	F	K	N	P	D	P	A	K	K	E	A	L	D	N	V	D	F	R	R	A	F	S	M	A	L	D	R	Q	T	I	I	D	I	A	F	Y	G	S	G	T	V	N	D	F	A	S	G	L	G	Y	A	F	E	A	W	S	D	E	A	T	H	K	K	Y	K
Template Known Secondary structure																	T	T		S	S								T																						T	T	T		S						T	T				G	G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
				394	.	.	.	.	.	400	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	K	S	E	K	P	A	G	L	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	T	L	T	F	Y	Q	D	H	S	E	H	R	V	I	A	G	I	M	Q	Q	I	L	A	S	H	Q	V	T	L	K	I	K	E	I	D	Y	D	Q	W	H	T	G
Query Conservation		.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	F	N	T	Y	D	V	E	G	S	K	K	L	L	A	K	A	G	F	K	D	V	N	G	D	G	F	V	E	T	P	S	G	K	S	F	E	L	L	I	Q	S	P	N	G	W	T	D	F	N	N	T	V	Q	L	A	V	E	Q	L	Q	E	V	G	I	K	A	K	A	R	T	P	E	F	A	V	Y	N	Q	A
Template Known Secondary structure		G	G	G	S														T					S	S	S	S	S				T	T	S											T	T																	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		317	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.
				447	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.															.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Query SS confidence		.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Query Sequence		.	.	E	I	E	S	D	I	W	L	N	S	A	N	F	T	L	P	L	D	F	S	V	F	A	H	L	C	E	V	P	L	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	H	C	I	P	I	D	W	Q	A	D	A	A	R	W	R	N	G	E	M	N	L	A	.	N	W	C	Q	Q	L	V	A	S
Query Conservation		.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Alig confidence		.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Template Conservation
Template Sequence		M	L	E	G	T	Y	D	V	A	Y	T	N	Y	F	H	G	A	D	P	F	T	Y	W	N	S	G	Y	N	S	A	L	Q	S	G	D	G	M	P	R	F	A	M	H	Y	F	T	D	K	K	L	D	G	L	L	D	S	F	Y	K	T	A	D	K	N	E	Q	L	A	I	A	H	G	I	Q	K	I	I	A	E	N
Template Known Secondary structure				T	T			S										S	S	T										G	G	G	G	S	S	T	T			S	T	T	T	T												T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		397	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.
		510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.		.	.	.	.	530			.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.
Predicted Secondary structure																		.						.	.
Query SS confidence																		.						.	.
Query Sequence		K	A	M	V	P	L	L	H	H	W	L	I	I	Q	G	Q	.	R	S	M	R	G	.	.	L	R	M	N	T	L	G	W	F	D	F
Query Conservation																		.						.	.
Alig confidence																		.						.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	V	T	I	P	V	M	S	G	A	W	M	Y	Q	Y	N	T	T	R	F	T	G	W	W	S	E	E	N	P	K	G	R	P	S	V
Template Known Secondary structure		T		S														T	T	T						B	T	T	B			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		477	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.