Job Description P39396 Confidence 97.41% Date Thu Jan 5 12:00:30 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 481 % Identity 16% Template c2xq2A_ PDB info PDB header:transport protein Chain: A: PDB Molecule:sodium/glucose cotransporter; PDBTitle: structure of the k294a mutant of vsglt Resolution 2.73 Å

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		38	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.		.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																												.
Query SS confidence																																																																												.
Query Sequence		W	I	V	V	A	S	V	S	V	Y	L	V	A	Y	R	Y	Y	S	L	Y	I	A	Q	K	V	M	K	L	D	P	T	R	A	T	P	A	V	I	N	N	D	G	L	N	Y	V	P	T	N	R	Y	V	L	F	G	H	H	F	A	A	I	A	G	A	G	P	L	V	G	P	V	L	A	A	.	Q	M	G	Y	L
Query Conservation																																																																												.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.					.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Template Sequence		F	I	D	I	M	V	F	A	I	Y	V	A	I	I	I	G	V	G	L	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	S	L	P	W	W	A	V	G	A	S	L	I	A	A	N	I	S	A	E	Q	F	I	G	M	S	G	S	G	Y	S	I	G	L	.
Template Known Secondary structure																					T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														G	G	G	S	S														T		G	.
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Template SS confidence
		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.
		117	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	G	T	L	W	L	L	A	G	V	V	L	A	G	A	V	Q	D	F	M	V	L	F	I	S	S	R	R	N	G	A	S	L	G	E	M	I	K	E	E	M	G	P	V	P	G	T	I	A	L	F	G	C	F	L	I	M	I	I	I	L	A	V	L	A	L	I	V	V	K	A	L	A	E	S	P	W	G	V	F
Query Conservation
Alig confidence		.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	A	I	A	S	Y	E	W	M	S	A	I	T	L	I	I	V	G	K	Y	F	L	P	I	F	I	E	K	G	I	Y	T	I	P	E	F	V	E	K	R	F	N	K	K	L	K	T	I	L	A	V	F	W	I	S	L	Y	I	F	V	N	L	T	S	V	L	Y	L	G	G	L	A	L	E	T	I	L	G	I	P
Template Known Secondary structure		.	G	G	G																T								T	T			S									T																			T
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
		197	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	V	C	S	T	V	P	I	A	L	F	M	G	I	Y	M	R	F	I	R	P	G	R	V	G	E	V	S	V	I	G	I	V	L	L	V	A	S	I	Y	F	G	G	V	I	A	H	D	P	Y	W	G	P	A	L	T	F	K	D	T	T	I	T	F	A	L	I	G	Y	A	F	V	S	A	L	L	P	V	W	L
Query Conservation
Alig confidence																				.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	M	Y	S	I	L	G	L	A	L	F	A	L	V	Y	S	I	Y	.	.	.	G	G	V	V	W	T	D	V	I	Q	V	F	F	L	V	L	G	G	F	M	T	T	Y	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																			T	.	.	.	T																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.				180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.
		277	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.				.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.
Query SS confidence																																																																					.	.	.
Query Sequence		I	L	A	P	R	D	Y	L	A	T	F	L	K	I	G	V	I	V	G	L	A	L	G	I	V	V	L	N	P	E	L	K	M	P	A	M	T	Q	Y	I	D	G	T	G	P	L	W	K	G	A	L	F	P	F	L	F	I	T	I	A	C	G	A	V	S	G	F	.	.	.	H	A	L	I	S	S	G	T	T	P
Query Conservation																																																																					.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	V	S	F	I	G	G	T	D	G	W	F	A	G	V	S	K	M	V	D	A	A	P	G	H	F	E	M	I	L	D	Q	S	N	P	Q	Y	M	N	L	P	G	I	A	V	L	I	G	G	L	W	V	A	N	L	Y	Y	W	G	F	N	Q	Y	I	I	Q	R	T	L	A	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.							G	G	G														G	G	G	S		S	S			S	S	S	G	G	G	G	T	S		T	T					S	T										T	T	T		S							T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
											207	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.
		354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	L	L	A	N	E	T	D	A	R	F	I	G	Y	G	A	M	L	M	E	S	F	V	A	I	M	A	L	V	A	A	S	I	I	E	P	G	L	Y	F	A	M	N	T	P	P	A	G	L	G	I	T	M	P	N	L	H	E	M	G	G	E	N	A	P	I	I	M	A	Q	L	K	D	V	T	A	H	A	A	A
Query Conservation
Alig confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	S	V	S	E	A	Q	K	G	I	V	F	A	A	F	L	A	L	I	V	P	F	L	V	V	L	P	G	I	A	A	Y	V	I	T	S	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S																T	T	T						T											T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		278	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
		434	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	V	S	S	W	G	F	V	I	S	P	E	Q	I	L	Q	T	A	K	D	I	G	E	P	S	V	L	N	R	A	G	G	A	P	T	L	A	V	G	I	A	H	V	F	H	K	V	L	P	M	A	D	M	G	F	W	Y	H	F	G	I	L	F	E	A	L	F	I	L	T	A	L	D	A	G	T	R	S	G	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	Q	L	M	A	S	L	G	N	L	P	S	A	A	N	A	D	K	A	Y	P	W	L	T	Q	F	L	P	V	G	V	K	G	.	.	.	.	V	V	F	A	A	L	A	A	A	I	V	S	S	L	A	S	M	L	N	S	T	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													S	T	B	G	G	G								T	S							.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.
Template SS confidence
																							315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.					.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		514	.	.	.	.	.	520			.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.
Predicted Secondary structure									.	.
Query SS confidence									.	.
Query Sequence		F	M	L	Q	D	L	L	.	.	G	N	F	I	P	F	L	K	K	T	D	S	L	V	A	G	I	I	G	T	A	G	C	V	G	L	W	G	Y	L	L	Y	Q	G	V	V	D	P	L	G	G	V	K	S	L	W	P	L	F	G	I	S	N	Q	M	L	A	A	V	A	L	V	L	G	T	V	V	L	I	K	M
Query Conservation									.	.
Alig confidence									.	.																																		.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.
Template Sequence		T	I	F	T	M	D	I	Y	K	E	Y	I	S	P	D	S	G	D	H	K	L	V	N	V	G	R	T	A	A	V	V	A	L	I	I	A	A	L	I	A	P	M	.	.	.	.	.	L	G	G	I	G	Q	C	F	Q	Y	I	Q	E	Y	T	G	L	V	S	P	G	I	L	A	V	F	L	L	G	L	F	W	K
Template Known Secondary structure								T					T		S																										G	G	G	.	.	.	.	.	G	G	G		B											T	T	T															T
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.
Template SS confidence
		375	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.						.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		592	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	R	T	Q	Y	I	W	V	T	V	V	P	A	V	W	L	L	I	C	T	T	W	A	L	G	L	K	L	F	S	T	N	P	Q	M	E	G	F	F	Y	M	A	S	Q	Y	K	E	K	I	A	N	G	T	D	L	T	A	Q	Q	I	A	N	M	N	H	I	V	V	N	N	Y	T	N	A	G	L	S	I	L	F
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	T	T	S	K	G	A	I	I	G	V	.	.	.	.	.	V	A	S	I	P	F	A	L	F	L	K	F	M	P	L	S	M	P	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	D	Q	M	L	Y	T	L	L
Template Known Secondary structure		T											.	.	.	.	.													S	S						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460						.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					480	.	.	.	.	.	.	.	.
		672	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	I	V	V	Y	S	I	I	F	Y	G	F	K	T	W	L	A	V	R	N	S	D	K	R	T	D	K	E	T	P	Y	V	P	I	P	E	G	G	V	K	I	S	S	H
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	T	M	V	V	I	A	F	T	S	L	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	I	N	D	D	D	P	K	G	I	S	V	T	S	S	M	F	V	T	D	R	S
Template Known Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S	S	S		T	T						S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		489	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.										.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.