Job Description P39396 Confidence 97.16% Date Thu Jan 5 12:00:30 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 448 % Identity 14% Template c2jlnA_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: A: PDB Molecule:mhp1; PDBTitle: structure of mhp1, a nucleobase-cation-symport-1 family2 transporter Resolution 2.85 Å

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		59	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.		.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.
Query SS confidence																																																								.
Query Sequence		A	Q	K	V	M	K	L	D	P	T	R	A	T	P	A	V	I	N	N	D	G	L	N	Y	V	P	T	N	R	Y	V	L	F	G	H	H	F	A	A	I	A	G	A	G	P	L	V	G	P	V	L	A	A	Q	.	M	G	Y	L	P	G	T	L	W	L	L	A	G	V	V	L	A	G	A	V	Q	D	F	M	V
Query Conservation																																																								.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.																														.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	A	R	S	L	L	N	P	S	N	A	P	T	R	Y	A	E	R	.	.	.	.	.	.	.	S	V	G	P	F	S	L	A	A	I	W	F	A	M	A	I	Q	V	A	I	F	I	A	A	G	Q	M	T	S	S	F	Q	V	W	Q	V	I	V	A	I	A	A	G	C	T	I	A	V	I	L	L	F	F	T	Q
Template Known Secondary structure					B				S	T	T	S				G	G	G		.	.	.	.	.	.	.		B															S	T										T	T	T	S																								T
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.								.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
		138	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	F	I	S	S	R	R	N	G	A	S	L	G	E	M	I	K	E	E	M	G	P	V	P	G	T	I	A	L	F	G	C	F	L	I	M	I	I	I	L	A	V	L	A	L	I	V	V	K	A	L	A	E	S	P	W	G	V	F	T	V	C	S	T	V	P	I	A	L	F	M	G	I	Y	M	R	F	I	R	P
Query Conservation
Alig confidence								.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	A	A	I	R	W	.	.	G	I	N	F	T	V	A	A	R	M	P	F	G	I	R	G	S	L	I	P	I	T	L	K	A	L	L	S	L	F	W	F	G	F	Q	T	W	L	G	A	L	A	L	D	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	T	R	L	L	T	G
Template Known Secondary structure								.	.								T	T	T	T	S		T	T	T	T																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure								.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		81	.	.	.	.	.			.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.																					.	.	.	.	.	.	.
		218	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	R	V	G	E	V	S	V	I	G	I	V	L	L	V	A	S	I	Y	F	G	G	V	I	A	H	D	P	Y	W	G	P	A	L	T	F	K	D	T	T	I	T	F	A	L	I	G	Y	A	F	V	S	A	L	L	P	V	W	L	I	L	A	P	R	D	Y	L	A	T	F	L	K	I	G	V	I	V	G	L	A
Query Conservation
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	T	N	L	P	L	W	I	V	I	F	G	A	I	Q	V	V	T	T	F	Y	G	I	T	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	R	W	M	N	V	F	A	S	P	V	L	L	A	M	G	V
Template Known Secondary structure																					T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.		.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.
Query SS confidence																																																				.
Query Sequence		L	G	I	V	V	L	N	P	E	L	K	M	P	A	M	T	Q	Y	I	D	G	T	G	P	L	W	K	G	A	L	F	P	F	L	F	I	T	I	A	C	G	A	V	S	G	F	H	A	L	I	.	S	S	G	T	T	P	K	L	L	A	N	E	T	D	A	R	F	I	G	Y	G	A	M	L	M	E	S	F	V
Query Conservation																																																				.
Alig confidence																										.	.																									.
Template Conservation																										.	.
Template Sequence		Y	M	V	Y	L	M	L	D	G	A	D	V	S	L	G	E	V	M	S	M	G	G	E	N	.	.	P	G	M	P	F	S	T	A	I	M	I	F	V	G	G	W	I	A	V	V	V	S	I	H	D	I	V	K	E	C	K	V	D	P	N	A	S	R	E	G	Q	T	K	A	D	A	R	Y	A	T	A	Q	W	L
Template Known Secondary structure												T							T	T				S	S	.	.			S											T	T	T					T	T	T					T	T	B				T	T
Template Predicted Secondary structure																										.	.
Template SS confidence
		181	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.			.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.
		377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	I	M	A	L	V	A	A	S	I	I	E	P	G	L	Y	F	A	M	N	T	P	P	A	G	L	G	I	T	M	P	N	L	H	E	M	G	G	E	N	A	P	I	I	M	A	Q	L	K	D	V	T	A	H	A	A	A	T	V	S	S	W	G	F	V	I	S	P	E	Q	I	L	Q	T	A	K	D	I	G	E
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	M	V	P	A	S	I	I	F	G	F	I	G	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		259	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.
		457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	S	V	L	N	R	A	G	G	A	P	T	L	A	V	G	I	A	H	V	F	H	K	V	L	P	M	A	D	M	G	F	W	Y	H	F	G	I	L	F	E	A	L	F	I	L	T	A	L	D	A	G	T	R	S	G	R	F	M	L	Q	D	L	L	G	N	F	I	P	F	L	K	K	T	D	S	L	V	A	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.																																									.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.																																									.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	S	M	V	L	V	G	E	W	N	P	V	I	A	I	T	E	V	V	G	G	V	S	I	P	.	.	.	.	M	A	I	L	F	Q	V	F	V	L	L	A	T	W	S	T	N	P	A	A	N	L	L	S	P	A	Y	T	L	C	S	T	F	P	R	V	F	T	F	K	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.						S		S											T						.	.	.	.															T	T						T											S	T	T	T					.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.																																									.	.	.	.	.
Template SS confidence
									274	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.					.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.
		537	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.													.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	I	G	T	A	G	C	V	G	L	W	G	Y	L	L	Y	Q	G	V	V	D	P	L	G	G	V	K	S	L	W	P	L	F	G	I	S	N	Q	M	L	A	A	V	A	L	V	L	G	T	V	V	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	K	M	K	R	T	Q	Y	I	W	V	T	V	V	P	A
Query Conservation																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	T	G	V	I	V	S	A	V	V	G	L	L	M	M	P	W	Q	F	A	G	V	L	N	T	F	L	N	L	L	A	S	A	L	G	P	L	A	G	I	M	I	S	D	Y	F	L	V	R	R	R	R	I	S	L	H	D	L	Y	R	T	K	G	I	Y	T	Y	W	R	G	V	N	W	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.													T		G	G	G	T														T	T													T	T	S	T	T								T	B	S	S	S	T	T		T	B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
									338	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
		605	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	W	L	L	I	C	T	T	W	A	L	G	L	K	L	F	S	T	N	P	Q	M	E	G	F	F	Y	M	A	S	Q	Y	K	E	K	I	A	N	G	T	D	L	T	A	Q	Q	I	A	N	M	N	H	I	V	V	N	N	Y	T	N	A	G	L	S	I	L	F	L	I	V	V	Y	S	I	I	F	Y	G	F	K
Query Conservation
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	L	A	V	Y	A	V	A	L	A	V	S	F	L	T	P	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	F	V	T	G	L	I	A	A	L	L	L	H	I	P	A	M	R	W	V
Template Known Secondary structure															T		G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.
		685	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	W	L	A	V	R	N	S	D	K	R	T	D	K	E	T	P	Y	V	P	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	K	T	F	P	L	F	S	E	A	E	S	R	N	E	D	Y	L	R	P	I
Template Known Secondary structure		T	T	T	S		S			G	G	G	G	G						S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		449	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.