Job Description P45420 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:02:33 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 729 % Identity 22% Template c3rfzB_ PDB info PDB header:cell adhesion/transport/chaperone Chain: B: PDB Molecule:outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis; PDBTitle: crystal structure of the fimd usher bound to its cognate fimc:fimh2 substrate Resolution 2.80 Å

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		54	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.						.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.							.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	F	L	P	G	E	Y	S	L	I	V	S	V	N	G	E	K	K	G	N	I	A	T	R	F	D	E	N	G	D	.	.	.	.	.	I	C	L	D	Q	A	F	L	Q	Q	A	G	L	K	I	.	.	.	.	.	.	P	S	E	E	K	N	G	C	Y	D	Y	I	L	S	Y	P	G	T	T	I	T	P	L	P
Query Conservation																																.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	L	P	P	G	T	Y	R	V	D	I	Y	L	N	N	G	Y	M	A	T	R	D	V	T	F	N	T	G	D	S	E	Q	G	I	V	P	C	L	T	R	A	Q	L	A	S	M	G	L	N	T	A	S	V	A	G	M	N	L	L	A	D	D	A	C	V	P	L	T	T	M	V	Q	D	A	T	A	H	L	D	V
Template Known Secondary structure															T	T														S	S	T	T	S													T	T	B		G	G	G	S	T	T	T	T	T	S		S	S									S	T	T							T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		27	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.
		123	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.				140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.		170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.																															.
Query SS confidence																			.	.	.																															.
Query Sequence		N	Q	E	A	L	D	I	I	V	S	P	Q	A	I	I	P	I	.	.	.	G	L	D	L	T	N	A	A	T	G	G	T	A	A	L	L	N	Y	S	L	M	S	S	R	A	E	F	S	N	G	.	S	S	D	Y	S	Q	A	A	L	E	G	G	I	N	I	N	D	W	M	L	R	S	H	Q	F	L	T	Q	T
Query Conservation																			.	.	.																															.
Alig confidence																			.	.	.																															.
Template Conservation
Template Sequence		G	Q	Q	R	L	N	L	T	I	P	Q	A	F	M	S	N	R	A	R	G	Y	I	P	P	E	L	W	D	P	G	I	N	A	G	L	L	N	Y	N	F	S	G	N	S	V	Q	N	R	I	G	G	N	S	H	Y	A	Y	L	N	L	Q	S	G	L	N	I	G	A	W	R	L	R	D	N	T	T	W	S	Y	N
Template Known Secondary structure		T	T	T								G	G	G	B	S			S	T	T				G	G	G		B																				T	T	T																	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		107	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.
		199	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.				.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.
Query Sequence		N	G	T	F	S	N	Q	N	S	S	T	Y	L	Q	R	T	F	T	D	L	K	T	L	M	R	A	G	E	V	N	L	N	N	S	V	L	E	G	A	S	I	Y	G	I	E	I	A	P	D	N	A	L	Q	T	.	.	.	S	G	S	G	V	Q	V	T	G	I	A	N	T	S	Q	A	R	V	E	I	R	Q	Q
Query Conservation																																																								.	.	.
Alig confidence				.	.																																																			.	.	.														.
Template Conservation				.	.																																																																			.
Template Sequence		S	N	.	.	K	W	Q	H	I	N	T	W	L	E	R	D	I	I	P	L	R	S	R	L	T	L	G	D	G	Y	T	Q	G	D	I	F	D	G	I	N	F	R	G	A	Q	L	A	S	D	D	N	M	L	P	D	S	Q	R	G	F	A	P	V	I	H	G	I	A	R	G	.	T	A	Q	V	T	I	K	Q	N
Template Known Secondary structure				.	.														T	T	T	T												S	S	S	S														G	G	G	S		G	G	G	S	S										S	S	.	S								T
Template Predicted Secondary structure				.	.																																																																			.
Template SS confidence
		187	.			.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.		.	.	.	.	.	260	.	.	.
		276	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320		.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.			.	.	.	.	.	.	350	.	.
Predicted Secondary structure																																															.																								.	.
Query SS confidence																																															.																								.	.
Query Sequence		G	V	L	I	H	S	I	L	V	P	A	G	A	F	T	I	P	D	V	P	V	R	N	G	N	S	D	L	N	V	T	V	V	E	T	D	G	S	S	H	N	Y	I	V	P	.	S	T	L	F	N	Q	H	V	E	S	F	Q	G	Y	R	F	A	I	G	R	V	D	D	.	.	D	Y	D	E	S	P	W	V	I
Query Conservation																																															.																								.	.
Alig confidence																																															.																								.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	Y	D	I	Y	N	S	T	V	P	P	G	P	F	T	I	N	D	I	Y	A	A	G	N	S	G	D	L	Q	V	T	I	K	E	A	D	G	S	T	Q	I	F	T	V	P	Y	S	S	V	P	L	L	Q	R	E	G	H	T	R	Y	S	I	T	A	G	E	Y	R	S	G	N	A	Q	Q	E	K	P	R	F	F
Template Known Secondary structure		T										S												T	T	S										S	S	S													T	T				T	T														S		T	T	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
		353	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.			.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.		.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.		.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.																	.																						.
Query SS confidence																																			.	.																	.																						.
Query Sequence		S	A	S	S	G	W	N	L	T	R	W	S	A	M	N	G	G	V	I	V	A	E	N	Y	Q	A	A	S	I	R	S	S	L	.	.	V	P	L	P	D	L	T	V	S	S	Q	I	S	T	S	Q	.	D	T	K	D	S	L	Q	G	Q	K	Y	R	L	D	A	N	Y	N	L	P	F	.	S	L	G	L	T	T
Query Conservation																																			.	.																	.																						.
Alig confidence																																			.	.																	.																						.
Template Conservation
Template Sequence		Q	S	T	L	L	H	G	L	P	A	G	W	T	I	Y	G	G	T	Q	L	A	D	R	Y	R	A	F	N	F	G	I	G	K	N	M	G	A	L	G	A	L	S	V	D	M	T	Q	A	N	S	T	L	P	D	D	S	Q	H	D	G	Q	S	V	R	F	L	Y	N	K	S	L	N	E	S	G	T	N	I	Q	L
Template Known Secondary structure										G	G	G											T	T														T	T															T	T	S																		T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.
			429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450					.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																							.	.	.	.
Query SS confidence		.																							.	.	.	.
Query Sequence		.	S	L	T	R	S	D	R	H	Y	R	E	L	S	E	A	I	D	D	D	Y	T	D	.	.	.	.	P	T	K	S	T	Y	A	L	G	L	N	W	S	N	S	I	L	G	G	F	N	I	S	G	Y	K	T	Y	S	Y	D	G	D	N	D	S	S	N	L	N	I	N	W	N	K	A	F	K	H	A	T	V	S
Query Conservation		.																							.	.	.	.
Alig confidence		.																							.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	G	Y	R	Y	S	T	S	G	Y	F	N	F	A	D	T	T	Y	S	R	M	N	Y	N	L	A	Y	N	K	R	G	K	L	Q	L	T	V	T	Q	Q	L	G	R	T	S	T	L	Y	L	S	G	S	H	Q	T	Y	W	G	T	S	N	V	D	E	Q	F	Q	A	G	L	N	T	A	F	E	D	I	N	W	T
Template Known Secondary structure									T	T									B	S	S					T	T	S															S	S	S													S	S																	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		432	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.
		504	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.													.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	N	W	Q	H	Q	L	S	A	S	E	N	N	E	D	D	G	D	L	F	Y	V	N	I	S	I	P	F	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	S	N	T	A	T	L	Y	T	R	H	D	D	H	K	T	H	Y	G	T	G	V	M	G	V	V	S	D	E	M	S	Y	Y	V	N	A	E	R	D
Query Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.
Template Sequence		L	S	Y	S	L	T	K	N	.	.	A	W	Q	K	G	R	D	Q	M	L	A	L	N	V	N	I	P	F	S	H	W	L	R	S	D	S	K	S	Q	W	R	H	A	S	A	S	Y	S	M	S	H	D	L	N	G	R	M	T	N	L	A	G	V	Y	G	T	L	L	E	D	N	N	L	S	Y	S	V	Q	T	G
Template Known Secondary structure										.	.	S	S	S		S													S	G	G	G	S		T	T			S	G	G	G	G											S	S	S													S	T	T
Template Predicted Secondary structure										.	.
Template SS confidence
		532	.	.	.	.	.	.	.			540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.
							572	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	H	D	E	R	E	T	S	L	N	G	S	I	S	S	N	L	H	Y	T	Q	V	S	L	A	A	G	A	S	G	S	D	S	R	T	Y	N	G	T	M	S	G	G	I	A	V	H	D	Q	G	V	T	F	S	P	W	T	I	N	D	T	F	A	I	A	K	M	D	N	N	I	A	G	V	R	I
Query Conservation		.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																													.																										.													.
Template Conservation																																			.																										.													.
Template Sequence		Y	A	G	G	G	D	G	N	S	G	S	T	G	Y	A	T	L	N	Y	R	G	G	Y	G	N	A	N	I	G	Y	S	H	S	.	D	D	I	K	Q	L	Y	Y	G	V	S	G	G	V	L	A	H	A	N	G	V	T	L	G	Q	.	P	L	N	D	T	V	V	L	V	K	A	P	.	G	A	K	D	A	K	V
Template Known Secondary structure					S	T	T	T															S	S											.	S	S																T	T						S	.				S	S							T	.	T			S		B	B
Template Predicted Secondary structure																																			.																										.													.
Template SS confidence
		610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.		.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.		.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.		680	.	.	.	.	.	.
		647	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	S	Q	A	G	P	V	W	T	D	F	R	G	N	A	V	I	P	S	I	Q	P	W	R	T	S	G	V	E	I	D	T	A	S	L	P	K	N	V	D	I	G	N	G	T	K	M	I	K	Q	G	R	G	A	V	G	K	V	G	F	S	A	I	T	Q	R	R	A	L	L	N	I	T	L	S	D	G	K	K	L
Query Conservation
Alig confidence							.																																																																					.
Template Conservation							.																																																																					.
Template Sequence		E	N	Q	T	G	.	V	R	T	D	W	R	G	Y	A	V	L	P	Y	A	T	E	Y	R	E	N	R	V	A	L	D	T	N	T	L	A	D	N	V	D	L	D	N	A	V	A	N	V	V	P	T	R	G	A	I	V	R	A	E	F	K	A	R	V	G	I	K	L	L	M	T	L	T	H	.	N	N	K	P	L
Template Known Secondary structure		T	T	S	T	T	.		B			T	T	S					S				T	T	S						B		G	G	G	S		T	T				S		S						B		T	T												S										.	T	T
Template Predicted Secondary structure							.																																																																					.
Template SS confidence
		687	.	.	690	.		.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.		760	.	.	.	.
		727	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	R	G	V	A	I	E	D	S	E	G	N	Y	L	T	T	S	V	D	D	G	V	V	F	L	N	N	I	K	P	D	M	V	L	D	I	K	D	E	Q	Q	S	C	R	I	H	L	T	F	P	E	D	A	P	K	D	V	F	Y	E	T	A	T	G	E	C	Q
Query Conservation
Alig confidence																																																														.
Template Conservation																																																														.
Template Sequence		P	F	G	A	M	V	T	S	E	S	S	Q	S	S	G	I	V	A	D	N	G	Q	V	Y	L	S	G	M	P	L	A	G	K	V	Q	V	K	W	G	E	A	H	C	V	A	N	Y	Q	L	P	P	E	S	Q	Q	Q	L	L	T	Q	.	L	S	A	E	C	R
Template Known Secondary structure			T	T						S	S	S	S							G	G	G									S								S													G	G	G	S	S		S				.
Template Predicted Secondary structure																																																														.
Template SS confidence
		765	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.		.	.	.	.	.	830