Job Description P00582 Confidence 99.95% Date Thu Jan 5 10:56:46 GMT 2012 Rank 27 Aligned Residues 438 % Identity 25% Template c3ikmD_ PDB info PDB header:transferase Chain: D: PDB Molecule:dna polymerase subunit gamma-1; PDBTitle: crystal structure of human mitochondrial dna polymerase2 holoenzyme Resolution 3.24 Å

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		415	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.		.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440		.	.	.	.	.	.	.	.																					.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.		.	.	.	470	.
Predicted Secondary structure													.																.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Query SS confidence													.																.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Query Sequence		L	K	V	G	Q	N	L	K	Y	D	R	.	G	I	L	A	N	Y	G	I	E	L	R	G	I	A	F	.	D	T	M	L	E	S	Y	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	N	S	V	A	G	R	H	D	M	D	S	L	A	E	R	W	L	.	K	H	K	T	I
Query Conservation													.																.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Alig confidence													.																.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Template Conservation
Template Sequence		L	V	V	G	H	N	V	S	F	D	R	A	H	I	R	E	Q	Y	L	I	Q	G	S	R	M	R	F	L	D	T	M	S	M	H	M	A	I	S	G	L	S	S	F	Q	R	S	L	W	I	A	A	K	Q	G	W	D	W	L	D	I	S	S	V	N	S	L	A	E	V	H	R	L	Y	V	G	G	P	P	L	E
Template Known Secondary structure								S	T	T	S								T	T	T	T																																T										S	T	T	T	S						T		S	S	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		265	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
		472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.								.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.		.	.	.	.	.	540	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.																																							.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.																																							.
Query Sequence		T	F	E	E	I	A	G	K	G	K	N	Q	L	T	F	N	Q	I	A	L	E	E	A	G	R	.	.	.	.	.	.	.	Y	A	A	E	D	A	D	V	T	L	Q	L	H	L	K	M	W	P	D	L	Q	K	H	K	G	P	L	N	V	F	E	N	I	E	M	P	L	V	.	P	V	L	S	R	I	E	R	N
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.																																							.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.							.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	.	.	.	.	.	.	.	.	E	P	R	E	L	F	V	K	G	T	M	K	D	I	R	E	N	F	Q	D	L	M	Q	Y	C	A	Q	D	V	W	A	T	H	E	V	F	Q	Q	Q	L	P	L	F	L	E	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	P	H	P	V	T	L	A	G	M	L	E	M	G	V	S
Template Known Secondary structure		S	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S	S	G	G	G	S	S		S								T	T																									S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S			S
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		371									.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.										.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.
		544	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	V	K	I	D	P	K	V	L	H	N	H	S	E	E	L	T	L	R	L	A	E	L	E	K	K	A	H	E	I	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.
Template Sequence		Y	L	P	V	N	.	Q	N	W	E	R	Y	L	A	E	A	Q	G	T	Y	E	E	L	Q	R	E	M	K	K	S	L	M	D	L	A	N	D	A	C	Q	L	L	S	G	E	R	Y	K	E	D	P	W	L	W	D	L	E	W	D	L	Q	E	F	K	Q	K	K	A	K	K	V	K	K	E	P	A	T	A	S	K
Template Known Secondary structure							.																																				S			S	S	T	T	S	S												S								S		S			S			S	S
Template Predicted Secondary structure							.
Template SS confidence
		434	.	.	.	.		.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.
																																																																													576	.	.	.	580
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	E	F	N	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	P	I	E	G	A	G	A	P	G	D	P	M	D	Q	E	D	L	G	P	C	S	E	E	E	E	F	Q	Q	D	V	M	A	R	A	C	L	Q	K	L	K	G	T	T	E	L	L	P	K	R	P	Q	H	L	P	G	H	P	G	W	Y	R	K	L	C	P	R	L	D	D	P	A	W	T	P	G	P	S	L	L
Template Known Secondary structure								T	T	T													S			S		S	S																			S	T	T		S	S	T	T	T							S	S		S	S						S			S	S	S			G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		513	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.
		581	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.													.	.	.	.	.			.	.	.	600	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	S	T	K	Q	L	Q	T	I	L	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	K	Q	G	I	.	.	K	P	L	K	K	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	L	Q	M	R	V	T	P	K	L	M	A	L	T	W	D	G	F	P	L	H	Y	S	E	R	H	G	W	G	Y	L	V	P	G	R	R	D	N	L	A	K	L	P	T	G	T	T	L	E	S	A	G	V	V	C	P	Y	R	A	I	E	S	L	Y	R	K	H	C	L	E	Q	G	K	Q	Q	L	M	P	Q	E
Template Known Secondary structure		G	G	T	S	T	T					T	T				S	S	S						T	T	S									S	S	S						T	T					T	T	S	S		S	T	T	T																				T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		593	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.
																																																							603	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620								.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	G	G	A	P	S	T	S	E	E	V	L	E	E	L	A	L	D	.	.	.	.	.	.	.	Y	P
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					.														.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																											.
Template Sequence		A	R	A	A	V	P	G	Q	P	L	A	L	T	A	R	G	G	P	K	D	T	Q	P	S	Y	H	H	G	N	G	P	Y	N	D	V	D	I	P	G	C	W	F	F	K	L	P	H	K	D	G	N	S	C	N	V	G	S	.	P	F	A	K	D	F	L	P	K	M	E	D	G	T	L	Q	A	G	P	G	G	A
Template Known Secondary structure					S	S	S		S					T		S	S	S	S		S				S	S			S				S	S	S			T	T										T	T	T		S	S	S				.	S	S		S	T						S	S	S	S			S		S	S		S
Template Predicted Secondary structure																																																											.
Template SS confidence
		673	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.		730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.
		623	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.					.	650	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.							.	670	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	P	K	V	I	L	E	Y	R	G	L	A	K	L	K	S	T	Y	T	D	K	L	P	L	M	I	.	.	.	.	N	P	K	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	V	H	T	S	Y	H	Q	A	V	T	A	T	G	R	.	.	.	.	.	.	L	S	S	T	D	P	N
Query Conservation																												.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.						.	.
Template Conservation																																																																																.	.
Template Sequence		S	G	P	R	A	L	E	I	N	K	M	I	S	F	W	R	N	A	H	K	R	I	S	S	Q	M	V	V	W	L	P	R	S	A	L	P	R	A	V	I	R	H	P	D	Y	D	E	E	G	L	Y	G	A	I	L	P	Q	V	V	T	A	G	T	I	T	R	R	A	V	E	P	T	W	L	T	A	S	N	.	.
Template Known Secondary structure		S	T	T																				T	T								S			S							S	S				S	S	S											S	S		S	S	S						T	T	T	T	S				.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Template SS confidence
		787	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.
		676	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.			.	.	.	.	.													.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.
Predicted Secondary structure																																																		.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																		.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	Q	N	I	P	V	R	N	E	E	G	R	R	I	R	Q	A	F	I	A	P	E	D	Y	V	I	V	S	A	D	Y	S	Q	I	E	L	R	I	M	A	H	L	S	R	D	K	G	L	.	.	L	T	A	F	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	G	K	D	I	H	R	A	T	A	A	E	V
Query Conservation																																																		.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																																			.										.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																																			.
Template Sequence		.	.	.	.	A	R	P	D	R	V	G	S	E	L	K	A	M	V	Q	A	P	P	G	Y	T	L	V	G	A	D	V	D	S	Q	E	L	W	I	.	A	A	V	L	G	D	A	H	F	A	G	M	H	G	C	T	A	F	G	W	M	T	L	Q	G	R	K	S	R	G	T	D	L	H	S	K	T	A	T	T	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	S	S	S		S													T	T																.									S	S		T	T	T	T	T	T	T	T	T	S		S			T	T	S	T	T										T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																			.
Template SS confidence
						865	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.		.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		742	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.						.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																						.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	G	L	P	L	E	T	V	T	S	E	Q	R	R	S	A	K	A	I	N	F	G	L	I	Y	G	M	S	A	F	G	L	A	R	Q	L	.	.	.	.	.	N	I	P	R	K	E	A	Q	K	Y	M	D	L	Y	F	E	R	Y	P	G	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																						.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.				.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	G	I	S	.	.	.	.	.	.	.	.	R	E	H	A	K	I	F	N	Y	G	R	I	Y	G	A	G	Q	P	F	A	E	R	L	L	M	Q	F	N	H	R	L	T	Q	Q	E	A	A	E	K	A	Q	Q	M	Y	A	A	T	K	G	L	R	W	Y	R	L	S	D	E	G	E	W	L	V	R	E	L	N	L
Template Known Secondary structure		.		S		.	.	.	.	.	.	.	.	S											S	S	S			T											S		S	S																T	T		S	S	S	S		S	S	S	T	T	T								S
Template Predicted Secondary structure		.				.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			940	.	.									.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010
																																						799	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.								.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	E	Y	M	E	R	T	R	A	Q	A	K	E	Q	.	.	.	.	.	.	.	G	Y	V	E	T	L	D	G	R	R	L	Y	L	P	D	I	K	S	S	N	G	A	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.								.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																		.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	V	D	R	T	E	G	G	W	I	S	L	Q	D	L	R	K	V	Q	R	E	T	A	R	K	S	Q	W	K	K	W	E	V	V	A	E	R	A	W	K	G	G	T	E	S	E	M	F	N	K	L	E	S	I	A	T	S	D	I	P	R	T	P	V	.	.	E	E	F	M	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	S	S	S	S		T	T	S	S	S			T	T		T	T	S	S	S			S			S			S	T	T	T	T					T										S		S	S		S	S		B	S	S	S	B				.	.			S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																		.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1011	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.			.	.	.	.	.
		836	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.							.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																											.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	A	A	A	E	R	A	A	I	N	A	P	M	Q	G	T	A	A	D	I	I	K	R	A	M	I	A	V	D	A	W	L	Q	A	E	Q	P	R	V	R	M	I	M	Q	V	H	D	E	L	V	F	E	V	H	K	D	D	.	.	.	.	.	.	V	D	A	V	A	K	Q	I	H	Q	L	M
Query Conservation																																																											.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	S	R	V	N	W	V	V	Q	S	S	A	V	D	Y	L	H	L	M	L	V	A	M	K	W	L	F	E	E	F	A	I	D	G	R	F	C	I	S	I	H	D	E	V	R	Y	L	V	R	E	E	D	R	Y	R	A	A	L	A	L	Q	I	T	N	L	L	T	R	C	M
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.																												S	S	S										T	T								S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
								1095	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.